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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G261200
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 65309633-65310835 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1203 bp · TkA07G261200|TK1151|cDNA

ATGGAAATCACATCAAAGTTAACTCATTCCAAAACCAATTCCTCCTCCCAGAATCGTAAAGCCCATCGTCGGCATGGTTGTGTGTGTGTCCAATCATCCACCATCCGGTTGTCACTCCACAAACCTCACCGGAAAATTCTCCAACCGGTCAAGGATCCGACAAAGGAACTGATTCTAACCACCGCCGCTACCAACACTTCCTCTGACATTCTACGGTTGTTGGACTGCCTTGGCTTTCCGGTCCCCGATGCGTTATACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1203 bp · TkA07G261200|TK1151|CDS

ATGGAAATCACATCAAAGTTAACTCATTCCAAAACCAATTCCTCCTCCCAGAATCGTAAAGCCCATCGTCGGCATGGTTGTGTGTGTGTCCAATCATCCACCATCCGGTTGTCACTCCACAAACCTCACCGGAAAATTCTCCAACCGGTCAAGGATCCGACAAAGGAACTGATTCTAACCACCGCCGCTACCAACACTTCCTCTGACATTCTACGGTTGTTGGACTGCCTTGGCTTTCCGGTCCCCGATGCGTTATACAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

400 aa · TkA07G261200|TK1151|PROTEIN

MEITSKLTHSKTNSSSQNRKAHRRHGCVCVQSSTIRLSLHKPHRKILQPVKDPTKELILTTAATNTSSDILRLLDCLGFPVPDALYISFIKECTHFRDPNEALVLYAHLTRNRRNQPRLPLLNRTLIMFVSCGCIHNAQQVFDEMSKRDLNSWAIMIAAYADSGDYEEVIKLFTNSELQYLINGSSRFPVSWILVCVLKASANTLNLELGKQIHGWLLKTGYADDIFVGSSLINLYTNNEYSHDGDLVFDHISCHNVVVW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G261200
TK1151 IDTkA07G261200
OH-1004 IDLXL04_029009
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.500 / OH-1004 67.241
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G261200
位置Chr07:65309633-65310835 (-)
描述Similar to PCMP-A1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g31790
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g31790 含五重复肽重复序列的蛋白 At1g31790。 暂无已核实直接文献
At3g09040 含五肽重复序列的蛋白 At3g09040，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At2g34400 含五肽重复序列的蛋白 At2g34400。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029009 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31790
ath:AT3G24000
ath:AT4G18520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.504
排名 1 · TkA07G261200 · TK1151
质体0.332
排名 2 · TkA07G261200 · TK1151
细胞核0.053
排名 3 · TkA07G261200 · TK1151
细胞质0.028
排名 4 · TkA07G261200 · TK1151
细胞膜0.006
排名 5 · TkA07G261200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177PPR_long35-150 aa
PF26719TPR_Atp25_C57-92 aa
PF23276TPR_2468-174 aa
PF01535PPR86-107 aa
PF13041PPR_286-111 aa
PF29070MSC6_N86-174 aa
PF13041PPR_2128-150 aa
PF01535PPR129-149 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G261200PF17177PPR_long351500.0006119.9
TkA07G261200PF26719TPR_Atp25_C57920.1512.0
TkA07G261200PF23276TPR_24681740.0003821.1
TkA07G261200PF01535PPR861072.1e-2175.3
TkA07G261200PF13041PPR_2861111.8e-2073.5
TkA07G261200PF29070MSC6_N861742.6e-0627.5
TkA07G261200PF13041PPR_21281501.8e-2073.5
TkA07G261200PF01535PPR1291492.1e-2175.3
TkA07G261200PF12854PPR_11331461.4e-0628.7
TkA07G261200PF13812PPR_31351485.9e-0523.8
TkA07G261200PF26719TPR_Atp25_C1371770.1512.0
TkA07G261200PF13812PPR_31481735.9e-0523.8
TkA07G261200PF12854PPR_11491731.4e-0628.7
TkA07G261200PF13041PPR_21511741.8e-2073.5
TkA07G261200PF01535PPR1521732.1e-2175.3
TkA07G261200PF01535PPR2302512.1e-2175.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C6R9拟南芥sp|Q9C6R9|PPR66_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3179041.100%Swiss-Prot中等置信
Q9SS83拟南芥sp|Q9SS83|PP220_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial30.800%Swiss-Prot中等置信
Q9M9E2拟南芥sp|Q9M9E2|PPR45_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic31.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333028.400%Swiss-Prot低置信
O64705拟南芥sp|O64705|PP184_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3440032.300%Swiss-Prot中等置信

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