LXL04_028750 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028750

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 60779098-60785630 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2907 bp · LXL04_028750|LXL04_028750|OH1004|cDNA

ATGGGCTCAAGAAATGGACAGTTGGTTGTAATCATTTTCATACAAATTTGGATAGCAACAGCTCAGAATCGAGATGGTAAGTTCAATTCTTTCAGTGCGGTTCTACAGGCTCTCAAGGAAGCTTGGCAGAAGAGTGTACCACCAAGCTGGAATGTTGGCTCAGACCCATGTCGTGATAGTTGGGAAGGCATCATCTGCACCAATTCACGTGTCACTTCCATATATTTGACAAGCATGCAATTAACTGGTGGGCTCCCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2907 bp · LXL04_028750|LXL04_028750|OH1004|CDS

ATGGGCTCAAGAAATGGACAGTTGGTTGTAATCATTTTCATACAAATTTGGATAGCAACAGCTCAGAATCGAGATGGTAAGTTCAATTCTTTCAGTGCGGTTCTACAGGCTCTCAAGGAAGCTTGGCAGAAGAGTGTACCACCAAGCTGGAATGTTGGCTCAGACCCATGTCGTGATAGTTGGGAAGGCATCATCTGCACCAATTCACGTGTCACTTCCATATATTTGACAAGCATGCAATTAACTGGTGGGCTCCCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

968 aa · LXL04_028750|LXL04_028750|OH1004|PROTEIN

MGSRNGQLVVIIFIQIWIATAQNRDGKFNSFSAVLQALKEAWQKSVPPSWNVGSDPCRDSWEGIICTNSRVTSIYLTSMQLTGGLPGDIGQLSELQILALSYNPGLTGSLTPAIGNLKKLTNLVLVGCSFSGPIPDTLGNLERLIILSLNSNRFTGSIPASIGNLKNLYWLDLTENQLTGSLPVSNGTIPGLDMLTHAKHFHLGDNQLSGNIPPRLFNSNMSLLHLLFENNKFTGSIPSTLGLVRSLEVVRLDRNSLTGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028750`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028750

位置 Chr06:60779098-60785630 (+)

描述 Similar to At5g49770: Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g49770

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49760`	富含亮氨酸的重复受体蛋白激酶，充当细胞外过氧化氢的传感器。	Hydrogen peroxide sensor HPCA1 is an LRR receptor kinase in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2032-3
`At5g49770`	可能的富含亮氨酸重复受体样蛋白激酶 At5g49770。	暂无已核实直接文献
`At1g06840`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g06840。	暂无已核实直接文献
`At5g37450`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g37450。	暂无已核实直接文献
`At3g53590`	推测的富含亮氨酸重复的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At3g53590。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028750 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009593 detection of chemical stimulus 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0004675 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06840

ath:AT5G37450

ath:AT5G49760

ath:AT5G49770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.870

排名 1 · LXL04_028750 · OH-1004

内质网0.074

排名 2 · LXL04_028750 · OH-1004

细胞质0.071

排名 3 · LXL04_028750 · OH-1004

细胞核0.041

排名 4 · LXL04_028750 · OH-1004

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · LXL04_028750 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_234-67 aa

PF23598.2LRR_1483-150 aa

PF13855.13LRR_8119-178 aa

PF23598.2LRR_14156-363 aa

PF13855.13LRR_8245-304 aa

PF13855.13LRR_8310-352 aa

PF00069.32Pkinase644-909 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr647-911 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028750	`PF08263.18`	LRRNT_2	34	67	1e-06	29.6
LXL04_028750	`PF23598.2`	LRR_14	83	150	1.2e-12	48.0
LXL04_028750	`PF13855.13`	LRR_8	119	178	1.6e-20	73.3
LXL04_028750	`PF23598.2`	LRR_14	156	363	1.2e-12	48.0
LXL04_028750	`PF13855.13`	LRR_8	245	304	1.6e-20	73.3
LXL04_028750	`PF13855.13`	LRR_8	310	352	1.6e-20	73.3
LXL04_028750	`PF00069.32`	Pkinase	644	909	7.3e-43	147.6
LXL04_028750	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	647	911	3e-46	158.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GZ99`	拟南芥	Leucine-rich repeat receptor protein kinase HPCA1	55.852%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LT96`	拟南芥	Probable leucine-rich repeat receptor-like protein kinase At5g49770	52.878%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`C0LGD7`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g06840	35.512%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGU1`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g37450	34.845%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFG1`	拟南芥	Putative leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g53590	33.952%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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