LXL04_028486 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028486

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 43340288-43342336 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1860 bp · LXL04_028486|LXL04_028486|OH1004|cDNA

ATGAAGGTGGTCGATGCCTATGTCCACCTCTTTCATGTTCTTGTTTGTATTTCGATCGTCCACCTTGTAAATAGCTCGGAAATCGACACCCTTATGGAGTTCAAGAAATCTGTAACCAATGGCAACAAGCTAACCACTTGGAACCCCTCCACCACCCCATGTAATGGCAACAAACCCAATTGGGAAGGTCTTCTTTGCACCAACGACACCGTTTCGGGTATAAGACTCGAGGGAAAAGATCTTGGAGGTATCATTGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1860 bp · LXL04_028486|LXL04_028486|OH1004|CDS

ATGAAGGTGGTCGATGCCTATGTCCACCTCTTTCATGTTCTTGTTTGTATTTCGATCGTCCACCTTGTAAATAGCTCGGAAATCGACACCCTTATGGAGTTCAAGAAATCTGTAACCAATGGCAACAAGCTAACCACTTGGAACCCCTCCACCACCCCATGTAATGGCAACAAACCCAATTGGGAAGGTCTTCTTTGCACCAACGACACCGTTTCGGGTATAAGACTCGAGGGAAAAGATCTTGGAGGTATCATTGACAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

619 aa · LXL04_028486|LXL04_028486|OH1004|PROTEIN

MKVVDAYVHLFHVLVCISIVHLVNSSEIDTLMEFKKSVTNGNKLTTWNPSTTPCNGNKPNWEGLLCTNDTVSGIRLEGKDLGGIIDINILMKLPSLTTISFQNNSFEGEFPEVKKIRGLRSIFLSGNKFSKEVPENAFEGMRRLKKLYLGDNKFKGRIPFSLTTLPRLRDLMLQNNQFEGEIPAFVNDKLTIVNFANNNLRGPIPKRLQSFPASQFAGNSELCGPPLKKCTAEIPTSTIILIASVVVAALAAITAAFLIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028486`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028486

位置 Chr06:43340288-43342336 (-)

描述 Similar to PRK1: Pollen receptor-like kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g35390`	受体样激酶参与花粉萌发和花粉管极性生长的控制。	AtPRK2 promotes ROP1 activation via RopGEFs in the control of polarized pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss103
`At3g20190`	参与控制花粉萌发和花粉管极性生长的受体样激酶。	暂无已核实直接文献
`At2g07040`	受体样激酶参与花粉萌发和花粉管极性生长的控制。	A distinct mechanism regulating a pollen-specific guanine nucleotide exchange factor for the small GTPase Rop in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0705874104 AtPRK2 promotes ROP1 activation via RopGEFs in the control of polarized pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss103 The juxtamembrane and carboxy-terminal domains of Arabidopsis PRK2 are critical for ROP-induced growth in pollen tubes.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert323
`At4g31250`	可能的 LRR 类似受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g31250。	暂无已核实直接文献
`At1g50610`	受体样激酶参与花粉萌发和花粉管极性生长的控制。	GRIM REAPER peptide binds to receptor kinase PRK5 to trigger cell death in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.15252/embj.201488582

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分

GO:0045177 apical part of cell 细胞组分

GO:0090406 pollen tube 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50610

ath:AT2G07040

ath:AT3G20190

ath:AT4G31250

ath:AT5G35390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.897

排名 1 · LXL04_028486 · OH-1004

内质网0.074

排名 2 · LXL04_028486 · OH-1004

细胞质0.071

排名 3 · LXL04_028486 · OH-1004

细胞核0.044

排名 4 · LXL04_028486 · OH-1004

溶酶体／液泡0.018

排名 5 · LXL04_028486 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_225-66 aa

PF13855.13LRR_8117-178 aa

PF12799.14LRR_4143-178 aa

PF00069.32Pkinase325-591 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr325-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028486	`PF08263.18`	LRRNT_2	25	66	8.2e-08	33.1
LXL04_028486	`PF13855.13`	LRR_8	117	178	2.2e-09	37.6
LXL04_028486	`PF12799.14`	LRR_4	143	178	3.7e-10	40.4
LXL04_028486	`PF00069.32`	Pkinase	325	591	5.8e-28	98.7
LXL04_028486	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	325	526	6.8e-28	98.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0LGU0`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 1	46.802%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LJY0`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 4	43.662%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84JQ4`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 2	45.469%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGR9`	拟南芥	Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g31250	42.654%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPT1`	拟南芥	Pollen receptor-like kinase 5	44.603%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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