LXL04_028053 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_028053

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 29738538-29742506 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1476 bp · LXL04_028053|LXL04_028053|OH1004|cDNA

ATGGTTTCTAATGGCGGAGTAAGTTTACAAAGCAACAGCTATAGTAGTTCTCAAACTATTTGTGATCTTCAAATCAGTGGGGATAGAAATTTGGATGTTGCGTGTCTTGCAAGCCTTGTGAAAAAGATGAAAAGAGTGACAAAAAAGGTCGGGAAGTATGAGCTTGGGAGAACCATTGGTGAAGGCACATTTGCAAAGGTTAAATTTGCAAAAAATACAGAGACTGGGGAGTCAGTTGCCATTAAAGTTCTTCCAAAGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1476 bp · LXL04_028053|LXL04_028053|OH1004|CDS

ATGGTTTCTAATGGCGGAGTAAGTTTACAAAGCAACAGCTATAGTAGTTCTCAAACTATTTGTGATCTTCAAATCAGTGGGGATAGAAATTTGGATGTTGCGTGTCTTGCAAGCCTTGTGAAAAAGATGAAAAGAGTGACAAAAAAGGTCGGGAAGTATGAGCTTGGGAGAACCATTGGTGAAGGCACATTTGCAAAGGTTAAATTTGCAAAAAATACAGAGACTGGGGAGTCAGTTGCCATTAAAGTTCTTCCAAAGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

491 aa · LXL04_028053|LXL04_028053|OH1004|PROTEIN

MVSNGGVSLQSNSYSSSQTICDLQISGDRNLDVACLASLVKKMKRVTKKVGKYELGRTIGEGTFAKVKFAKNTETGESVAIKVLPKRSILKHKMVDQIKREISITKMMRHPNIVRLHEVLSSHTKIYIILEFINGGELFDRIVHKGKLYEQEARDYFQQLIDAVAYCHRKGVYHRDLKVREKPENLLLDSEGKLKVSDFGLSALPQQGVELLYTTCGTPNYIAPEVLSDNGYDGAAADIWSCGVILYVILAGYLPFEESD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_028053`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_028053

位置 Chr06:29738538-29742506 (-)

描述 Similar to CIPK24: CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g35410`	可能参与细胞内 Na⁺、K⁺ 稳态及耐盐性的调控。	The Arabidopsis SOS2 protein kinase physically interacts with and is activated by the calcium-binding protein SOS3.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.7.3735 Regulation of SOS1, a plasma membrane Na+/H+ exchanger in Arabidopsis thaliana, by SOS2 and SOS3.2002 · DOI: 10.1073/pnas.122224699 The protein kinase SOS2 activates the Arabidopsis H(+)/Ca(2+) antiporter CAX1 to integrate calcium transport and salt tolerance.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m309084200
`At4g24400`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0606000`	可能参与细胞内 Na⁺、K⁺ 稳态及耐盐性的调控。	Conservation of the salt overly sensitive pathway in rice.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092635
`Os01g0536000`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os07g0150700`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_028053 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G24400

ath:AT5G35410

dosa:Os01g0536000

dosa:Os06g0606000

dosa:Os07g0150700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.522

排名 1 · LXL04_028053 · OH-1004

细胞核0.368

排名 2 · LXL04_028053 · OH-1004

细胞膜0.230

排名 3 · LXL04_028053 · OH-1004

溶酶体／液泡0.062

排名 4 · LXL04_028053 · OH-1004

高尔基体0.060

排名 5 · LXL04_028053 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase53-310 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr54-302 aa

PF14531.13Kinase-like150-298 aa

PF03822.21NAF352-411 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_028053	`PF00069.32`	Pkinase	53	310	5e-73	246.4
LXL04_028053	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	54	302	7.2e-35	121.3
LXL04_028053	`PF14531.13`	Kinase-like	150	298	4.4e-07	30.2
LXL04_028053	`PF03822.21`	NAF	352	411	1.2e-18	67.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDI3`	拟南芥	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 24	70.199%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9STV4`	拟南芥	CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 8	64.516%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69Q47`	水稻	CBL-interacting protein kinase 24	69.438%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JLD8`	水稻	CBL-interacting protein kinase 8	63.934%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6ZLP5`	水稻	CBL-interacting protein kinase 23	58.810%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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