LXL04_027995 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027995

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 28330303-28334711 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2139 bp · LXL04_027995|LXL04_027995|OH1004|cDNA

ATGCCGGATTTGAGACGTGGAGTTCGCCAAGCTAAAAAAGCCATAAATcttgataataataataataataataataatgatgaGGTTGTTGTAGTAGCCCCTACAACACGTCGTGGGGCCCGCAGAGGTAGAGGTCAGGCACCAAAAGCACCTGCCCCAAATCCGATTCCAATGCCGAGGCCAGCTGGCAGAGGGAGAGGGGGTAGAGCAGGAATTGATCAAGATAAAAATGGTGAGATGTTTGGggcgggtggtggtgg...

CDS

下载 CDS FASTA

2100 bp · LXL04_027995|LXL04_027995|OH1004|CDS

ATGCCGGATTTGAGACGTGGAGTTCGCCAAGCTAAAAAAGCCATAAATCTTGATAATAATAATAATAATAATAATAATGATGAGGTTGTTGTAGTAGCCCCTACAACACGTCGTGGGGCCCGCAGAGGTAGAGGTCAGGCACCAAAAGCACCTGCCCCAAATCCGATTCCAATGCCGAGGCCAGCTGGCAGAGGGAGAGGGGGTAGAGCAGGAATTGATCAAGATAAAAATGGTGAGATGTTTGGGGCGGGTGGTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

699 aa · LXL04_027995|LXL04_027995|OH1004|PROTEIN

MPDLRRGVRQAKKAINLDNNNNNNNNDEVVVVAPTTRRGARRGRGQAPKAPAPNPIPMPRPAGRGRGGRAGIDQDKNGEMFGAGGGGGGRGPQLNLDVGIRDQLVVGKSAEKLVVNGEEEGSSSPVPERVQVGNSPAYKLERKLGKGGFGQVYVGRRVTGGSGIAGPDALEVALKLEHRNGKGCSYGPPYEWQVYSTLNGCYGLPMVHHKGRQGDYYILVMDKLGPSLWDVWNSSNQALSEEMVACIAVESLSILEQLHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027995`
TK1151 ID	TkA07G111410
OH-1004 ID	LXL04_027995
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027995

位置 Chr06:28330303-28334711 (+)

描述 Similar to HD16: Casein kinase 1-like protein HD16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g03930`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献
`At5g44100`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0793500`	酪蛋白激酶在操作上通过其优先利用酸性蛋白（例如酪蛋白）作为底物来定义。	Hd16, a gene for casein kinase I, is involved in the control of rice flowering time by modulating the day-length response.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12268

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027995 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0030111 regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03930

ath:AT5G44100

cel:CELE_C03C10.1

dosa:Os03g0793500

pon:100172245

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.429

排名 1 · LXL04_027995 · OH-1004

细胞核0.419

排名 2 · LXL04_027995 · OH-1004

细胞膜0.117

排名 3 · LXL04_027995 · OH-1004

内质网0.075

排名 4 · LXL04_027995 · OH-1004

质体0.065

排名 5 · LXL04_027995 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase138-424 aa

PF17667.8Pkinase_fungal219-347 aa

PF24289.2DUF7477432-699 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027995	`PF00069.32`	Pkinase	138	424	2.7e-16	60.5
LXL04_027995	`PF17667.8`	Pkinase_fungal	219	347	3.5e-06	26.7
LXL04_027995	`PF24289.2`	DUF7477	432	699	7.3e-153	508.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZWB3`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 9	40.283%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FFH8`	拟南芥	Casein kinase 1-like protein 7	40.283%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q852L0`	水稻	Casein kinase 1-like protein HD16	75.966%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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