LXL04_027668 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027668

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 21527127-21530800 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2304 bp · LXL04_027668|LXL04_027668|OH1004|cDNA

ATGGACATCAGCGAAGAACAAAGGGCTTCCAACAAAAAGGCTTTCAGCGAATTGTTCGACACAAACGATAGTCTAGATGAAGATATCAGGAGCATGATCCACAACCAGCGCCGTCGTTTGATTTTTCAGCTTTCCCACCTCTTTCAACGCGGAGCGGAGGATTTAGCTCGACGGTTACTACAGACTCCTAACGAATATATCCAGTCGCTGTCGGATTTCATAACGGAAAGAACACGGAGCATCGACCCGAAGTTTCTAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2304 bp · LXL04_027668|LXL04_027668|OH1004|CDS

ATGGACATCAGCGAAGAACAAAGGGCTTCCAACAAAAAGGCTTTCAGCGAATTGTTCGACACAAACGATAGTCTAGATGAAGATATCAGGAGCATGATCCACAACCAGCGCCGTCGTTTGATTTTTCAGCTTTCCCACCTCTTTCAACGCGGAGCGGAGGATTTAGCTCGACGGTTACTACAGACTCCTAACGAATATATCCAGTCGCTGTCGGATTTCATAACGGAAAGAACACGGAGCATCGACCCGAAGTTTCTAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

767 aa · LXL04_027668|LXL04_027668|OH1004|PROTEIN

MDISEEQRASNKKAFSELFDTNDSLDEDIRSMIHNQRRRLIFQLSHLFQRGAEDLARRLLQTPNEYIQSLSDFITERTRSIDPKFLKEGEQVLVGFDGPFVSRKVTPRDLLSEFIGSMVKVEGIITKCSLVRPKVVKSVHFCPSTNQFTSREYRDITSTMGLPTGSVYPTRDDNGNLLVTEYGLCNYKDHQTLSMQEVPENSAPGQLPRTVDVIAEDDLVDSCKPGDRVAIVGVYKAIPGKSQGSVNGVFRTVLIANNVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027668`
TK1151 ID	TkA07G084790
OH-1004 ID	LXL04_027668
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027668

位置 Chr06:21527127-21530800 (-)

描述 Similar to MCM3: DNA replication licensing factor MCM3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g46280`	MCM2-7 复合物的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	Two E2F sites in the Arabidopsis MCM3 promoter have different roles in cell cycle activation and meristematic expression.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m205125200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0476200`	MCM2-7 复合物（MCM 复合物）的可能组成部分，可充当 DNA 解旋酶，对于真核细胞中每个细胞周期进行单轮复制起始和延伸至关重要。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027668 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000727 double-strand break repair via break-induced replication 生物过程

GO:0006271 DNA strand elongation involved in DNA replication 生物过程

GO:1902975 mitotic DNA replication initiation 生物过程

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0042555 MCM complex 细胞组分

GO:0003678 DNA helicase activity 分子功能

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G46280

dosa:Os05g0476200

zma:542738

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.931

排名 1 · LXL04_027668 · OH-1004

细胞质0.139

排名 2 · LXL04_027668 · OH-1004

线粒体0.026

排名 3 · LXL04_027668 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 4 · LXL04_027668 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_027668 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14551.12MCM_N27-92 aa

PF17207.10MCM_OB108-239 aa

PF00493.30MCM275-498 aa

PF01078.28Mg_chelatase382-449 aa

PF17855.8MCM_lid552-635 aa

PF23191.2WHD_MCM3_C697-764 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027668	`PF14551.12`	MCM_N	27	92	8.5e-06	26.8
LXL04_027668	`PF17207.10`	MCM_OB	108	239	1.1e-29	103.4
LXL04_027668	`PF00493.30`	MCM	275	498	1.4e-95	319.4
LXL04_027668	`PF01078.28`	Mg_chelatase	382	449	2.3e-09	37.7
LXL04_027668	`PF17855.8`	MCM_lid	552	635	4.2e-27	95.2
LXL04_027668	`PF23191.2`	WHD_MCM3_C	697	764	1.1e-07	32.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FL33`	拟南芥	DNA replication licensing factor MCM3	68.564%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DHC4`	水稻	DNA replication licensing factor MCM3	67.228%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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