LXL04_027370 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027370

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 14391185-14394722 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1278 bp · LXL04_027370|LXL04_027370|OH1004|cDNA

ATGGCGAAAGGCCCATCTTTTGCGTTTGTCAAATACCATAAATCTCGGGTTTCCTTTTCCATTTCTCTAACTCGCCAAAAGAGGAAAACTAATTTTCTCCTTTTTGCCGTCACGCTCGCCGGACGCCGGAGCACAGAATGGCCGGAAATGTCCGCCCCGGTTATAGACGGGAATGAAGCAGCAGCAGGCCACATCATATCAACAACAATCGGAGGCAAAAATGGTGAACCAAAACAGACAGTTAGTTACATGGCGGAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · LXL04_027370|LXL04_027370|OH1004|CDS

ATGGCGAAAGGCCCATCTTTTGCGTTTGTCAAATACCATAAATCTCGGGTTTCCTTTTCCATTTCTCTAACTCGCCAAAAGAGGAAAACTAATTTTCTCCTTTTTGCCGTCACGCTCGCCGGACGCCGGAGCACAGAATGGCCGGAAATGTCCGCCCCGGTTATAGACGGGAATGAAGCAGCAGCAGGCCACATCATATCAACAACAATCGGAGGCAAAAATGGTGAACCAAAACAGACAGTTAGTTACATGGCGGAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

425 aa · LXL04_027370|LXL04_027370|OH1004|PROTEIN

MAKGPSFAFVKYHKSRVSFSISLTRQKRKTNFLLFAVTLAGRRSTEWPEMSAPVIDGNEAAAGHIISTTIGGKNGEPKQTVSYMAERIVGTGSFGTVFQAKCIETGETVAIKKVLQDKRYKNRELQLMRAMDHPNLVTLKHCFYSTTSREELFLNLVMEYVPETISRVLKHYNDLRQNMPLVYVKLYTYQIFRGLAYMHTVAGVCHRDLKPQNVLVDPFTHQVKICDFGSAKMLVRGEANISYICSRFYRAPELIFGATE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027370`
TK1151 ID	TkA07G053350
OH-1004 ID	LXL04_027370
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.691 / OH-1004 88.706 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027370

位置 Chr06:14391185-14394722 (+)

描述 Similar to ASK7: Shaggy-related protein kinase eta

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g18710`	油菜素甾醇信号转导途径的负调节因子，对植物生长很重要。	Regulation of brassinosteroid signaling by a GSK3/SHAGGY-like kinase.2002 · DOI: 10.1126/science.1065769 The GSK3-like kinase BIN2 phosphorylates and destabilizes BZR1, a positive regulator of the brassinosteroid signaling pathway in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.152342599 Two putative BIN2 substrates are nuclear components of brassinosteroid signaling.2002 · DOI: 10.1104/pp.102.010918 Brassinosteroid regulates stomatal development by GSK3-mediated inhibition of a MAPK pathway.2012 · DOI: 10.1038/nature10794 SPEECHLESS integrates brassinosteroid and stomata signalling pathways.2012 · DOI: 10.1038/ncb2471 Brassinosteroid-regulated GSK3/Shaggy-like kinases phosphorylate mitogen-activated protein (MAP) kinase kinases, which control stomata development in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m112.384453 BSKs are partially redundant positive regulators of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12175 POLAR-guided signalling complex assembly and localization drive asymmetric cell division.2018 · DOI: 10.1038/s41586-018-0714-x
`At2g30980`	可能介导细胞外信号以调节分化细胞中的转录。	暂无已核实直接文献
`At1g06390`	体外磷酸化 BSK1、BSK3、BSK5、BSK6、BSK8 和 BSK11。	BSKs are partially redundant positive regulators of brassinosteroid signaling in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12175

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0207500`	丝氨酸-苏氨酸激酶，充当油菜素甾醇信号传导的负调节因子。	DWARF AND LOW-TILLERING acts as a direct downstream target of a GSK3/SHAGGY-like kinase to mediate brassinosteroid responses in rice.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.097394 OVATE Family Protein 8 Positively Mediates Brassinosteroid Signaling through Interacting with the GSK3-like Kinase in Rice.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006118 OsBZR1 turnover mediated by OsSK22-regulated U-box E3 ligase OsPUB24 in rice BR response.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14332
`Os01g0205700`	可能的丝氨酸-苏氨酸激酶，可能在花发育过程中充当油菜素甾醇信号传导的负调节因子。	T-DNA tagged knockout mutation of rice OsGSK1, an orthologue of Arabidopsis BIN2, with enhanced tolerance to various abiotic stresses.2007 · DOI: 10.1007/s11103-007-9213-4

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027370 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007033 vacuole organization 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009729 detection of brassinosteroid stimulus 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06390

ath:AT2G30980

ath:AT4G18710

dosa:Os01g0205700

dosa:Os05g0207500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.617

排名 1 · LXL04_027370 · OH-1004

细胞核0.483

排名 2 · LXL04_027370 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 3 · LXL04_027370 · OH-1004

线粒体0.051

排名 4 · LXL04_027370 · OH-1004

内质网0.039

排名 5 · LXL04_027370 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase84-367 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr86-286 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027370	`PF00069.32`	Pkinase	84	367	4.2e-62	210.6
LXL04_027370	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	86	286	1.8e-26	93.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39011`	拟南芥	Shaggy-related protein kinase eta	84.267%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39010`	拟南芥	Shaggy-related protein kinase zeta	84.492%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39012`	拟南芥	Shaggy-related protein kinase iota	85.246%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q60EZ2`	水稻	Shaggy-related protein kinase GSK2	83.516%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LWN0`	水稻	Shaggy-related protein kinase GSK1	82.597%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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