LXL04_027366 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_027366

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 14361599-14383818 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6792 bp · LXL04_027366|LXL04_027366|OH1004|cDNA

ATGGAAATGGTGGAAGAAGCGAGAGTCCCCCCAAAACGAATACAGTTTCAAGAAATCGTAGAGGAGGTAAAAGACGATCGATTCAGTGCCTTGCCAGATTGCTTACTTATTGAAATCCTCTCTCGTTTACCCTCCACAAAAGACGCCATTAGAACAGGTACACTCTCCAAACGTTGCAAACACCTTTGGACTATTGTTCCTACTCTAATCTTCAACGATTACGCTGAAAATCCCCTGTGGTTCGACATCGTCGACAAAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

6792 bp · LXL04_027366|LXL04_027366|OH1004|CDS

ATGGAAATGGTGGAAGAAGCGAGAGTCCCCCCAAAACGAATACAGTTTCAAGAAATCGTAGAGGAGGTAAAAGACGATCGATTCAGTGCCTTGCCAGATTGCTTACTTATTGAAATCCTCTCTCGTTTACCCTCCACAAAAGACGCCATTAGAACAGGTACACTCTCCAAACGTTGCAAACACCTTTGGACTATTGTTCCTACTCTAATCTTCAACGATTACGCTGAAAATCCCCTGTGGTTCGACATCGTCGACAAAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2263 aa · LXL04_027366|LXL04_027366|OH1004|PROTEIN

MEMVEEARVPPKRIQFQEIVEEVKDDRFSALPDCLLIEILSRLPSTKDAIRTGTLSKRCKHLWTIVPTLIFNDYAENPLWFDIVDKTLTQCRQLKLKRFKVETSYDNRFQSQVDHWIRYAIRCNVEELNLSLWSNGLAAEFLLDQSFFVCSSFTDLSLLGCIFNPVGAISWKNLLRLRICDAKLDEDLIENILSGSPVLETLELDSCYGFRLLDITSKSVKKLVVYGYNDPEDEIDLLADVIFINAPNILSLSIQGNLLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_027366`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_027366

位置 Chr06:14361599-14383818 (+)

描述 Similar to At1g49610: Putative F-box protein At1g49610

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g49610`	推测F-box蛋白At1g49610。	暂无已核实直接文献
`At3g18150`	推测的F-box/LRR重复蛋白 At3g18150。	暂无已核实直接文献
`At5g03100`	F-box蛋白At5g03100。	暂无已核实直接文献
`At3g03360`	F-box/LRR重复蛋白At3g03360。	暂无已核实直接文献
`At5g02700`	假定的F-box/LRR重复蛋白 At5g02700。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027366 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49610

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.542

排名 1 · LXL04_027366 · OH-1004

细胞质0.439

排名 2 · LXL04_027366 · OH-1004

细胞膜0.090

排名 3 · LXL04_027366 · OH-1004

内质网0.069

排名 4 · LXL04_027366 · OH-1004

质体0.031

排名 5 · LXL04_027366 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF194-266 aa

PF24758.2LRR_At5g56370113-257 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1507-677 aa

PF24758.2LRR_At5g56370526-667 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF1874-1045 aa

PF24758.2LRR_At5g56370894-1031 aa

PF02485.28Branch1172-1280 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF11557-1730 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_027366	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	94	266	1.5e-70	239.3
LXL04_027366	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	113	257	1.1e-67	228.7
LXL04_027366	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	507	677	1.5e-70	239.3
LXL04_027366	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	526	667	1.1e-67	228.7
LXL04_027366	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	874	1045	1.5e-70	239.3
LXL04_027366	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	894	1031	1.1e-67	228.7
LXL04_027366	`PF02485.28`	Branch	1172	1280	1.3e-15	58.4
LXL04_027366	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	1557	1730	1.5e-70	239.3
LXL04_027366	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	1575	1719	1.1e-67	228.7
LXL04_027366	`PF00646.39`	F-box	1886	1927	9.3e-23	79.9
LXL04_027366	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	1953	2115	1.5e-70	239.3
LXL04_027366	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	1976	2114	1.1e-67	228.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX89`	拟南芥	Putative F-box protein At1g49610	33.036%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LV26`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At3g18150	33.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q501G5`	拟南芥	F-box protein At5g03100	32.278%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84W80`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein At3g03360	31.302%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LZ15`	拟南芥	Putative F-box/LRR-repeat protein At5g02700	29.814%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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