LXL04_026816 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026816

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 3356954-3376788 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

8847 bp · LXL04_026816|LXL04_026816|OH1004|cDNA

atggaagaagaagaagaaaaactagaaaatgtAGACATTTCTGGTGGCTATTCATTAGCAGAAGTAGATTCAAGAGCGGAATCATCTGATTCAGATCCTGGTACTGTTAATGTTACCATTACAGATGATGTGGGAAGAGTTGATTCCAAAAGTGGATATGTAGATGACGGCATGTTTGAGCAGGTATCATTAGATAAAGAGAAGATTGTTTCAGATCTGGATAATCTAAACATCTCAATGGAGGTTGATTCTTCACATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

8847 bp · LXL04_026816|LXL04_026816|OH1004|CDS

ATGGAAGAAGAAGAAGAAAAACTAGAAAATGTAGACATTTCTGGTGGCTATTCATTAGCAGAAGTAGATTCAAGAGCGGAATCATCTGATTCAGATCCTGGTACTGTTAATGTTACCATTACAGATGATGTGGGAAGAGTTGATTCCAAAAGTGGATATGTAGATGACGGCATGTTTGAGCAGGTATCATTAGATAAAGAGAAGATTGTTTCAGATCTGGATAATCTAAACATCTCAATGGAGGTTGATTCTTCACATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2948 aa · LXL04_026816|LXL04_026816|OH1004|PROTEIN

MEEEEEKLENVDISGGYSLAEVDSRAESSDSDPGTVNVTITDDVGRVDSKSGYVDDGMFEQVSLDKEKIVSDLDNLNISMEVDSSHSPPVAQLHQDNNRNSNSNSNVSSHEAGVQSPRLSEQSSTRTSYDSPSYADNRHSQSLSQSPSKPKHKPMPNVSPELLHLVDSVIMGKRECMESLKNIISGVEPFGDNEEPESISFLVVDSLLATMGGVESFEEDEDNNPPSVMLNSKAAVVSGELIPWLPWLSDTEGFMSPRTR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026816`
TK1151 ID	TkA07G009710
OH-1004 ID	LXL04_026816
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.523 / OH-1004 58.820 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026816

位置 Chr06:3356954-3376788 (+)

描述 Similar to BCHC2: BEACH domain-containing protein C2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45540`	含BEACH结构域的蛋白C2。	暂无已核实直接文献
`At3g60920`	可能在蛋白质贮藏液泡 (PSV) 转运调控和植物效应诱导免疫 (ETI) 中起负面作用。	BEACH-domain proteins act together in a cascade to mediate vacuolar protein trafficking and disease resistance in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2014.11.015

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026816 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0070821 tertiary granule membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G45540

ath:AT3G60920

hsa:23218

hsa:65065

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.494

排名 1 · LXL04_026816 · OH-1004

细胞核0.243

排名 2 · LXL04_026816 · OH-1004

高尔基体0.188

排名 3 · LXL04_026816 · OH-1004

细胞膜0.178

排名 4 · LXL04_026816 · OH-1004

溶酶体／液泡0.127

排名 5 · LXL04_026816 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15787.12DUF4704656-961 aa

PF15787.12DUF47041141-1256 aa

PF14844.13PH_BEACH2104-2204 aa

PF02138.24Beach2232-2508 aa

PF24814.2WD40_Prp192630-2803 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz2635-2703 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st2636-2707 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st2639-2712 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026816	`PF15787.12`	DUF4704	656	961	3.4e-68	231.3
LXL04_026816	`PF15787.12`	DUF4704	1141	1256	3.4e-68	231.3
LXL04_026816	`PF14844.13`	PH_BEACH	2104	2204	1.2e-26	93.5
LXL04_026816	`PF02138.24`	Beach	2232	2508	2.3e-121	405.1
LXL04_026816	`PF24814.2`	WD40_Prp19	2630	2803	1.2e-09	38.4
LXL04_026816	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	2635	2703	8.5e-06	26.0
LXL04_026816	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	2636	2707	4.6e-13	50.0
LXL04_026816	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	2639	2712	1.4e-07	31.7
LXL04_026816	`PF20426.5`	NBCH_WD40	2643	2845	1.4e-21	77.5
LXL04_026816	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	2653	2713	2e-09	37.6
LXL04_026816	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	2653	2704	6.4e-07	29.6
LXL04_026816	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	2654	2706	2.8e-13	50.6
LXL04_026816	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	2655	2709	5.7e-11	42.9
LXL04_026816	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	2665	2712	2.8e-10	40.5
LXL04_026816	`PF00400.39`	WD40	2673	2703	3e-12	47.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IG73`	拟南芥	BEACH domain-containing protein C2	63.204%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JD14`	拟南芥	BEACH domain-containing protein C1	62.406%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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