LXL04_026643 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026643

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 805816-807111 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

651 bp · LXL04_026643|LXL04_026643|OH1004|cDNA

ATGGGTTGTTTTTGTTCAACTCCTCATAGCTACAGAAAAGCACCTCCCTTTGATCCTGTTGCACTTGCTGCTGAGACTCCTTTTACTGAAAATGAGGTGGAGGCTCTATATGAGCTGTTTGAGAAACTAAGCAGTTCTCTTCATGATGATGGTCTTATAGGGAAGGATGAGTTCCTCCTGGCATTATTCAGGGATCATGGCCAAAGAAACCTGTTTGCAGATAGGATATTTGATCTTTTTGATGTGAATAGAAGTGGGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

651 bp · LXL04_026643|LXL04_026643|OH1004|CDS

ATGGGTTGTTTTTGTTCAACTCCTCATAGCTACAGAAAAGCACCTCCCTTTGATCCTGTTGCACTTGCTGCTGAGACTCCTTTTACTGAAAATGAGGTGGAGGCTCTATATGAGCTGTTTGAGAAACTAAGCAGTTCTCTTCATGATGATGGTCTTATAGGGAAGGATGAGTTCCTCCTGGCATTATTCAGGGATCATGGCCAAAGAAACCTGTTTGCAGATAGGATATTTGATCTTTTTGATGTGAATAGAAGTGGGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

216 aa · LXL04_026643|LXL04_026643|OH1004|PROTEIN

MGCFCSTPHSYRKAPPFDPVALAAETPFTENEVEALYELFEKLSSSLHDDGLIGKDEFLLALFRDHGQRNLFADRIFDLFDVNRSGHIDFTEFVRSLGVFHPKAPQADKILYAFKLYDLRRTGFIEREELKEMVSALLKESDLSLSDDIIESMVDKTFTEADTKGDGRIDQEEWKEYVNKNPSLLKNMTLPHLMDITLRFPSFVMNSQVEESHTTD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026643`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026643

位置 Chr06:805816-807111 (-)

描述 Similar to CBL4: Calcineurin B-like protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24270`	可能作为钙传感器，参与细胞内 Na⁺、K⁺ 稳态及耐盐性的调控。	The Arabidopsis SOS2 protein kinase physically interacts with and is activated by the calcium-binding protein SOS3.2000 · DOI: 10.1073/pnas.97.7.3735 SOS3 function in plant salt tolerance requires N-myristoylation and calcium binding.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.9.1667 Regulation of SOS1, a plasma membrane Na+/H+ exchanger in Arabidopsis thaliana, by SOS2 and SOS3.2002 · DOI: 10.1073/pnas.122224699 Calcium-dependent modulation and plasma membrane targeting of the AKT2 potassium channel by the CBL4/CIPK6 calcium sensor/protein kinase complex.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.50 Arabidopsis SOS3 plays an important role in salt tolerance by mediating calcium-dependent microfilament reorganization.2013 · DOI: 10.1007/s00299-012-1348-3

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0291000`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献
`Os05g0534400`	作为钙传感器，参与控制细胞内 Na(+) 和 K(+) 稳态和耐盐性的调节途径。	Conservation of the salt overly sensitive pathway in rice.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.092635
`Os02g0291400`	充当钙传感器。	Expression analysis of the calcineurin B-like gene family in rice (Oryza sativa L.) under environmental stresses.2008 · DOI: 10.1016/j.gene.2008.02.011
`Os10g0564800`	充当钙传感器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026643 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005513 detection of calcium ion 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0042539 hypotonic salinity response 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005955 calcineurin complex 细胞组分

GO:0032578 aleurone grain membrane 细胞组分

GO:0004723 calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G24270

dosa:Os02g0291000

dosa:Os05g0534400

osa:107276173

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.451

排名 1 · LXL04_026643 · OH-1004

细胞质0.380

排名 2 · LXL04_026643 · OH-1004

细胞核0.158

排名 3 · LXL04_026643 · OH-1004

溶酶体／液泡0.115

排名 4 · LXL04_026643 · OH-1004

高尔基体0.094

排名 5 · LXL04_026643 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_749-95 aa

PF30347.1RSA-1_C60-139 aa

PF00036.39EF-hand_174-95 aa

PF13202.13EF-hand_574-95 aa

PF13405.13EF-hand_675-97 aa

PF13499.13EF-hand_7108-177 aa

PF13405.13EF-hand_6110-136 aa

PF00036.39EF-hand_1111-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026643	`PF13499.13`	EF-hand_7	49	95	3.5e-18	66.4
LXL04_026643	`PF30347.1`	RSA-1_C	60	139	9.4e-06	26.6
LXL04_026643	`PF00036.39`	EF-hand_1	74	95	7e-21	72.9
LXL04_026643	`PF13202.13`	EF-hand_5	74	95	1.4e-15	56.7
LXL04_026643	`PF13405.13`	EF-hand_6	75	97	1.7e-17	62.1
LXL04_026643	`PF13499.13`	EF-hand_7	108	177	3.5e-18	66.4
LXL04_026643	`PF13405.13`	EF-hand_6	110	136	1.7e-17	62.1
LXL04_026643	`PF00036.39`	EF-hand_1	111	136	7e-21	72.9
LXL04_026643	`PF13833.13`	EF-hand_8	123	180	2.8e-10	40.5
LXL04_026643	`PF00036.39`	EF-hand_1	154	180	7e-21	72.9
LXL04_026643	`PF13202.13`	EF-hand_5	155	176	1.4e-15	56.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81223`	拟南芥	Calcineurin B-like protein 4	64.953%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3HRP0`	水稻	Calcineurin B-like protein 7	62.559%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75KU4`	水稻	Calcineurin B-like protein 4	60.194%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3HRN9`	水稻	Calcineurin B-like protein 8	61.137%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XC27`	水稻	Calcineurin B-like protein 1	59.535%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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