LXL04_026415 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026415

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 125977189-125985764 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1752 bp · LXL04_026415|LXL04_026415|OH1004|cDNA

ATGGCAAGCCCGCTGTCGCCGGCGGCGGTCAGTGGCGGCAGGACGGCGGTCTCCGGCGGAGGCATACCACATTCCCCCGGAACGACACTACGCGTCCCCTTACTTCGAAACCTGTTCAATGGGGTCGGAAATGGAAGCAATATGACGGCGATAGGCAATTCCGGCGAACCAATGGGTGAAGAACGGCGACCGgcagccggcagccctagctgccaaggctgCCGTTCTCGCAGCGCCAGTGGTCGCGGCGCCCGTCTTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1752 bp · LXL04_026415|LXL04_026415|OH1004|CDS

ATGGCAAGCCCGCTGTCGCCGGCGGCGGTCAGTGGCGGCAGGACGGCGGTCTCCGGCGGAGGCATACCACATTCCCCCGGAACGACACTACGCGTCCCCTTACTTCGAAACCTGTTCAATGGGGTCGGAAATGGAAGCAATATGACGGCGATAGGCAATTCCGGCGAACCAATGGGTGAAGAACGGCGACCGGCAGCCGGCAGCCCTAGCTGCCAAGGCTGCCGTTCTCGCAGCGCCAGTGGTCGCGGCGCCCGTCTTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

583 aa · LXL04_026415|LXL04_026415|OH1004|PROTEIN

MASPLSPAAVSGGRTAVSGGGIPHSPGTTLRVPLLRNLFNGVGNGSNMTAIGNSGEPMGEERRPAAGSPSCQGCRSRSASGRGARLPPFALLSHSPAPSRCACLLPDAYFPLDSALMSDSGVFELLWSLRGEDEGDERSRLSPSRFKNLTGTNHDEFDGNSGPTINSTTNNNVVVNVRNKLDEDLLLTWAGVQQKRSSEISPMEVGYITGRDFLLEHLHLKNPSSRRLLLPNDLQPSADLRRAIAHLRRSPSRYLLLPRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026415`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026415

位置 Chr05:125977189-125985764 (-)

描述 Similar to MPC4: Mitochondrial pyruvate carrier 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g22310`	介导丙酮酸进入线粒体的摄取。	暂无已核实直接文献
`At4g05590`	介导丙酮酸进入线粒体的摄取。	NRGA1, a putative mitochondrial pyruvate carrier, mediates ABA regulation of guard cell ion channels and drought stress responses in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu061
`At4g14695`	介导丙酮酸进入线粒体的摄取。	暂无已核实直接文献
`At4g12420`	可能是一种具有未知特异性的单铜氧化酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026415 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006086 pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA 生物过程

GO:0006850 pyruvate import into mitochondria 生物过程

GO:0009932 cell tip growth 生物过程

GO:2000070 regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G05590

ath:AT4G12420

ath:AT4G14695

ath:AT4G22310

mmu:70456

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.371

排名 1 · LXL04_026415 · OH-1004

细胞质0.356

排名 2 · LXL04_026415 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_026415 · OH-1004

细胞膜0.136

排名 4 · LXL04_026415 · OH-1004

内质网0.093

排名 5 · LXL04_026415 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732.22Cu-oxidase_3162-198 aa

PF03650.20MPC500-547 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026415	`PF07732.22`	Cu-oxidase_3	162	198	6e-08	33.5
LXL04_026415	`PF03650.20`	MPC	500	547	1.2e-08	35.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49636`	拟南芥	Mitochondrial pyruvate carrier 4	55.263%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LD38`	拟南芥	Mitochondrial pyruvate carrier 3	45.122%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L7H8`	拟南芥	Mitochondrial pyruvate carrier 2	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SU40`	拟南芥	Monocopper oxidase-like protein SKU5	75.676%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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