LXL04_026412 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_026412

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 125949796-125954515 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2805 bp · LXL04_026412|LXL04_026412|OH1004|cDNA

ATGAAGAAGATGGATTTAAAGGGAGTTGTTGGACTTGTGTTCGGAAACGAGAATTCAAGTTCCAATGAAGATAGGTTGGTTCCGATTCATAATTTTCATTTGATATTTAGTACATGTTATGTTGAACGCCTGCTTGATTGCATAAGTAATGGTCAGCTGGCTGATGATAGAAGAAATGCAATGGCAGAGCTTCAATCTGTTGTTGCAGAAAGTCATGCTGCCCAATTGGCTTTTGGAGAAATGGGCTTTCCTGTACTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2805 bp · LXL04_026412|LXL04_026412|OH1004|CDS

ATGAAGAAGATGGATTTAAAGGGAGTTGTTGGACTTGTGTTCGGAAACGAGAATTCAAGTTCCAATGAAGATAGGTTGGTTCCGATTCATAATTTTCATTTGATATTTAGTACATGTTATGTTGAACGCCTGCTTGATTGCATAAGTAATGGTCAGCTGGCTGATGATAGAAGAAATGCAATGGCAGAGCTTCAATCTGTTGTTGCAGAAAGTCATGCTGCCCAATTGGCTTTTGGAGAAATGGGCTTTCCTGTACTATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

934 aa · LXL04_026412|LXL04_026412|OH1004|PROTEIN

MKKMDLKGVVGLVFGNENSSSNEDRLVPIHNFHLIFSTCYVERLLDCISNGQLADDRRNAMAELQSVVAESHAAQLAFGEMGFPVLLGVLRDRDDVEMVRGALETLVSALTPIAHAKVHANEVQPALMNTDLLSRDGNSISLLLSLLGEDDFYIRYYTLQLLTALLTNSPIRLQEVILTIPRGITRLMDMLMDREVIRNEALLLLTYLTREAEEIQKILVFEGAFEKIFSIIKEEGGSEGGVVVQDCLELLNNLLRNNAS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_026412`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_026412

位置 Chr05:125949796-125954515 (-)

描述 Similar to GC6: Golgin candidate 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g27530`	高尔基体基质蛋白在将囊泡束缚到高尔基体膜和维持高尔基体的整体结构中发挥作用。	MAG4/Atp115 is a golgi-localized tethering factor that mediates efficient anterograde transport in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1093/pcp/pcq137

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026412 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0032252 secretory granule localization 生物过程

GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0045056 transcytosis 生物过程

GO:0048211 Golgi vesicle docking 生物过程

GO:0048219 inter-Golgi cisterna vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0048280 vesicle fusion with Golgi apparatus 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27530

bta:317724

hsa:8615

mmu:56041

rno:56042

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.460

排名 1 · LXL04_026412 · OH-1004

高尔基体0.274

排名 2 · LXL04_026412 · OH-1004

细胞核0.246

排名 3 · LXL04_026412 · OH-1004

溶酶体／液泡0.163

排名 4 · LXL04_026412 · OH-1004

内质网0.090

排名 5 · LXL04_026412 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25598.2ARM_PUB44-230 aa

PF04869.21Uso1_p115_head384-703 aa

PF04871.19Uso1_p115_C810-927 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_026412	`PF25598.2`	ARM_PUB	44	230	5.8e-07	29.9
LXL04_026412	`PF04869.21`	Uso1_p115_head	384	703	6.3e-28	98.5
LXL04_026412	`PF04871.19`	Uso1_p115_C	810	927	3.4e-22	79.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B0F9L4`	拟南芥	Golgin candidate 6	64.509%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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