LXL04_025892 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025892

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 118217574-118235191 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7464 bp · LXL04_025892|LXL04_025892|OH1004|cDNA

ATGGCTTTCTCCGGAGCCAAAATTATCCAGCCTCTCTCTCTCCACGCCAGTACCAGTATCAGATCCGACAAGAACCTTCTCTGCGATCCCGCGGCCAAGCCTATCGCCACTTCATCCCCTTTCCTCGGATCAACCCGGACCCTCCGCCTTAAACAATCCGTTGTAGCTCCTCAATGTCGACCTGCTTCCCGTATCGTTGCTGTCTCCGAAGTTGTTAAGGAAAAGAAGCTCAAATCGAAAACAAATCTCCTACTTACAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

7464 bp · LXL04_025892|LXL04_025892|OH1004|CDS

ATGGCTTTCTCCGGAGCCAAAATTATCCAGCCTCTCTCTCTCCACGCCAGTACCAGTATCAGATCCGACAAGAACCTTCTCTGCGATCCCGCGGCCAAGCCTATCGCCACTTCATCCCCTTTCCTCGGATCAACCCGGACCCTCCGCCTTAAACAATCCGTTGTAGCTCCTCAATGTCGACCTGCTTCCCGTATCGTTGCTGTCTCCGAAGTTGTTAAGGAAAAGAAGCTCAAATCGAAAACAAATCTCCTACTTACAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2487 aa · LXL04_025892|LXL04_025892|OH1004|PROTEIN

MAFSGAKIIQPLSLHASTSIRSDKNLLCDPAAKPIATSSPFLGSTRTLRLKQSVVAPQCRPASRIVAVSEVVKEKKLKSKTNLLLTKEEGLEVYEDMILGRAFEDMCAQMYYRGKMFGFVHLYNGQEAVSSGFIKLLKKEDSVVSTYRDHVHALSKGVPARAVMSELFGKKTGCCRGQGGSMHMFSSEHNVLGGFAFIGEGIPVATGAAFSSKYRKEVLKQSDCDHVTLAFFGDGTCNNGQFFECLNMAALWKLPIVFVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025892`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025892

位置 Chr05:118217574-118235191 (+)

描述 Similar to PDH-E1 ALPHA: Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha-3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01090`	丙酮酸脱氢酶复合体催化丙酮酸总体转化为乙酰辅酶A和CO₂。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0119400`	丙酮酸脱氢酶复合体催化丙酮酸总体转化为乙酰辅酶A和CO₂。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025892 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006086 pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0045254 pyruvate dehydrogenase complex 细胞组分

GO:0004739 pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01090

dosa:Os04g0119400

rco:RC0347

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · LXL04_025892 · OH-1004

细胞核0.415

排名 2 · LXL04_025892 · OH-1004

细胞膜0.082

排名 3 · LXL04_025892 · OH-1004

内质网0.064

排名 4 · LXL04_025892 · OH-1004

线粒体0.057

排名 5 · LXL04_025892 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00676.26E1_dh97-397 aa

PF00646.39F-box534-573 aa

PF00646.39F-box1170-1208 aa

PF00646.39F-box1571-1609 aa

PF00646.39F-box1972-2010 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025892	`PF00676.26`	E1_dh	97	397	2.5e-81	273.7
LXL04_025892	`PF00646.39`	F-box	534	573	7.2e-24	83.4
LXL04_025892	`PF00646.39`	F-box	1170	1208	7.2e-24	83.4
LXL04_025892	`PF00646.39`	F-box	1571	1609	7.2e-24	83.4
LXL04_025892	`PF00646.39`	F-box	1972	2010	7.2e-24	83.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24457`	拟南芥	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha-3, chloroplastic	80.370%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XTJ3`	水稻	Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit alpha-3, chloroplastic	80.052%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情