基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_025866
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 117923469-117926065
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1284 bp · LXL04_025866|LXL04_025866|OH1004|cDNA
ATGAGTTGTTTAAGAGAATTGGAAGGCAAAATGGCTCATGATCCTCACTTTAACCAAGGCGTTATTGGTCTCCGGCGCCGTGTATGGGTCCCCGGTCCGGTCATTGTCGGGGCTGGGCCCTCTGGGCTTGCGGCTGCTGCCTGTTTGAAGGATAAAGGGGTGCCGAGCATCATTTTGGAGAGATCGAATTGCATCGCTTCTCTCTGGCAATTCAGGACGTATGATCGGCTCCGGTTGCATCTTCCGAAGAAGTTCTGTGA...
CDS
下载 CDS FASTA1284 bp · LXL04_025866|LXL04_025866|OH1004|CDS
ATGAGTTGTTTAAGAGAATTGGAAGGCAAAATGGCTCATGATCCTCACTTTAACCAAGGCGTTATTGGTCTCCGGCGCCGTGTATGGGTCCCCGGTCCGGTCATTGTCGGGGCTGGGCCCTCTGGGCTTGCGGCTGCTGCCTGTTTGAAGGATAAAGGGGTGCCGAGCATCATTTTGGAGAGATCGAATTGCATCGCTTCTCTCTGGCAATTCAGGACGTATGATCGGCTCCGGTTGCATCTTCCGAAGAAGTTCTGTGA...
427 aa · LXL04_025866|LXL04_025866|OH1004|PROTEIN
MSCLRELEGKMAHDPHFNQGVIGLRRRVWVPGPVIVGAGPSGLAAAACLKDKGVPSIILERSNCIASLWQFRTYDRLRLHLPKKFCELPMMPYPEDFPMYPSKQQFVEYLEAYAKRFGIKPVFEQEVESAGYDDSVGLWRVKSVGLKGEETEYVCRWLVVATGENAEAVVPEIKGIENFRGEVQHTAEYRSGSGFRGKKVLVVGCGNSGMEVSLDLCNHDAHPSLVVRNAVHVLPREMLGRSTFGLSMWLLKWLPIRLVD...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_025866 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_025866 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:117923469-117926065 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to YUC6: Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA6 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009635 response to herbicide 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009819 drought recovery 生物过程 GO:0009851 auxin biosynthetic process 生物过程 GO:0010038 response to metal ion 生物过程 GO:0010262 somatic embryogenesis 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G04180 ath:AT1G04610 ath:AT4G13260 ath:AT5G11320 ath:AT5G25620 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞质0.317
线粒体0.191
内质网0.175
细胞核0.155
细胞膜0.095
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13738.13Pyr_redox_334-230 aaPF07992.21Pyr_redox_234-229 aaPF01494.26FAD_binding_334-63 aaPF00743.26FMO-like35-350 aaPF13434.13Lys_Orn_oxgnase99-225 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_025866 | PF13738.13 | Pyr_redox_3 | 34 | 230 | 1.3e-27 | 97.6 |
| LXL04_025866 | PF07992.21 | Pyr_redox_2 | 34 | 229 | 1.5e-13 | 51.5 |
| LXL04_025866 | PF01494.26 | FAD_binding_3 | 34 | 63 | 2e-07 | 31.3 |
| LXL04_025866 | PF00743.26 | FMO-like | 35 | 350 | 3.3e-32 | 112.4 |
| LXL04_025866 | PF13434.13 | Lys_Orn_oxgnase | 99 | 225 | 6.7e-15 | 55.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8VZ59 | 拟南芥 | Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA6 | 67.883% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9SVQ1 | 拟南芥 | Indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA2 | 65.764% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
O64489 | 拟南芥 | Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA9 | 62.010% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
O23024 | 拟南芥 | Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA3 | 60.302% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9LFM5 | 拟南芥 | Probable indole-3-pyruvate monooxygenase YUCCA4 | 60.733% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |