LXL04_025619 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025619

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 114369642-114377071 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5529 bp · LXL04_025619|LXL04_025619|OH1004|cDNA

ATGATGAATTACAATATTGTTCTGTGTGTTGAAATTTATAACAGGCGACAGAGAAAATGTCATCCAATGGGCACTGTTTTAGAAGAAAACCACGCCAACCAGTTGCTGCTAATTTGGATGTTGACTCACTGGTATCTTgatgaaaatttagaacaatGGCCACATCTAAATGAACTTGTTCAATGCTACAAGACTGATTGGATTAAAGATGAAAACAAGTATGGGCACTATGAAAGTGTTGGAAGTATATCCTTTCAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

5529 bp · LXL04_025619|LXL04_025619|OH1004|CDS

ATGATGAATTACAATATTGTTCTGTGTGTTGAAATTTATAACAGGCGACAGAGAAAATGTCATCCAATGGGCACTGTTTTAGAAGAAAACCACGCCAACCAGTTGCTGCTAATTTGGATGTTGACTCACTGGTATCTTGATGAAAATTTAGAACAATGGCCACATCTAAATGAACTTGTTCAATGCTACAAGACTGATTGGATTAAAGATGAAAACAAGTATGGGCACTATGAAAGTGTTGGAAGTATATCCTTTCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1842 aa · LXL04_025619|LXL04_025619|OH1004|PROTEIN

MMNYNIVLCVEIYNRRQRKCHPMGTVLEENHANQLLLIWMLTHWYLDENLEQWPHLNELVQCYKTDWIKDENKYGHYESVGSISFQNQIFEGPDTDIETEMHLANARHDKIEDITDDDVPSTSGRQLTEHYGESPLPAYEPVFDWENERSMIFGQRIPESNMPQSSSGLKISVKVLSLSFQAGLVEPFYGTISLYNKERREKLSEDFIFRVLPSEMQDASSSSESRGLFYLDAPSSSICLLIQLEKCATEEGGVTPSVYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025619`
TK1151 ID	TkA06G048590
OH-1004 ID	LXL04_025619
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.628 / OH-1004 97.557 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025619

位置 Chr05:114369642-114377071 (-)

描述 Similar to SPK1: Guanine nucleotide exchange factor SPIKE 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g16340`	Rho 和 Rac 的鸟嘌呤核苷酸交换因子。	SPIKE1 signals originate from and assemble specialized domains of the endoplasmic reticulum.2010 · DOI: 10.1016/j.cub.2010.11.016 A ROP GTPase-dependent auxin signaling pathway regulates the subcellular distribution of PIN2 in Arabidopsis roots.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.05.019

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025619 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007264 small GTPase-mediated signal transduction 生物过程

GO:0008064 regulation of actin polymerization or depolymerization 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0035023 regulation of Rho protein signal transduction 生物过程

GO:0043547 positive regulation of GTPase activity 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0048446 petal morphogenesis 生物过程

GO:0051211 anisotropic cell growth 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16340

mmu:76088

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.610

排名 1 · LXL04_025619 · OH-1004

高尔基体0.205

排名 2 · LXL04_025619 · OH-1004

细胞核0.187

排名 3 · LXL04_025619 · OH-1004

细胞膜0.145

排名 4 · LXL04_025619 · OH-1004

溶酶体／液泡0.126

排名 5 · LXL04_025619 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14429.13DOCK-C2470-637 aa

PF28208.1TPR_DOCK9667-897 aa

PF06920.20DHR-2_Lobe_A1387-1540 aa

PF20422.4DHR-2_Lobe_B1608-1690 aa

PF20421.5DHR-2_Lobe_C1740-1834 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025619	`PF14429.13`	DOCK-C2	470	637	4.2e-33	115.6
LXL04_025619	`PF28208.1`	TPR_DOCK9	667	897	2.9e-62	211.2
LXL04_025619	`PF06920.20`	DHR-2_Lobe_A	1387	1540	1.7e-36	126.6
LXL04_025619	`PF20422.4`	DHR-2_Lobe_B	1608	1690	1.2e-21	77.3
LXL04_025619	`PF20421.5`	DHR-2_Lobe_C	1740	1834	1.7e-27	96.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8SAB7`	拟南芥	Guanine nucleotide exchange factor SPIKE 1	79.008%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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