LXL04_025097 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025097

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 105931438-105932046 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

609 bp · LXL04_025097|LXL04_025097|OH1004|cDNA

ATGGGTTTGAAGAATTTGTTTAATCGGAAGAAGAAAAGCGGCAAGGACGACAGCAGCCACAACGGCACAAATCCGGTGACGCAGAAGTCTCCGGTTGCATCGCGTACGAGCTCCTTCAACTCTCGCGAGCGGATCGAAGAGGAGTTGGAGCAAGTGTTCAAGAAGTTCGACGTCAATGGGGATGGGAAGATCTCGTGGTCTGAGTTGGGATCGATAATGGGCAGCCTCGGCCACCAGCCTAACGAGGAGGAACTAAAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

609 bp · LXL04_025097|LXL04_025097|OH1004|CDS

ATGGGTTTGAAGAATTTGTTTAATCGGAAGAAGAAAAGCGGCAAGGACGACAGCAGCCACAACGGCACAAATCCGGTGACGCAGAAGTCTCCGGTTGCATCGCGTACGAGCTCCTTCAACTCTCGCGAGCGGATCGAAGAGGAGTTGGAGCAAGTGTTCAAGAAGTTCGACGTCAATGGGGATGGGAAGATCTCGTGGTCTGAGTTGGGATCGATAATGGGCAGCCTCGGCCACCAGCCTAACGAGGAGGAACTAAAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

202 aa · LXL04_025097|LXL04_025097|OH1004|PROTEIN

MGLKNLFNRKKKSGKDDSSHNGTNPVTQKSPVASRTSSFNSRERIEEELEQVFKKFDVNGDGKISWSELGSIMGSLGHQPNEEELKNMIKEVDADGDGFINLQEFVELNTKDIDSAEVLENLKDAFSVFDIDKNGSISAEELHNVLESLGEDCSIAECQKMIAGVDVNGDGMISFDEFKVMMMTGTRFDSIGSKRHVEVKDN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025097`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025097

位置 Chr05:105931438-105932046 (-)

描述 Similar to CML25: Probable calcium-binding protein CML25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g24620`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0949500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os05g0380900`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025097 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G24620

dosa:Os01g0949500

dosa:Os05g0380900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.359

排名 1 · LXL04_025097 · OH-1004

细胞质0.319

排名 2 · LXL04_025097 · OH-1004

细胞核0.203

排名 3 · LXL04_025097 · OH-1004

内质网0.106

排名 4 · LXL04_025097 · OH-1004

溶酶体／液泡0.086

排名 5 · LXL04_025097 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10591.16SPARC_Ca_bdg35-106 aa

PF21008.4AIF-139-108 aa

PF13499.13EF-hand_746-108 aa

PF00036.39EF-hand_148-75 aa

PF13405.13EF-hand_648-77 aa

PF13202.13EF-hand_549-73 aa

PF14658.13EF-hand_951-106 aa

PF30551.1CFAP251_C61-163 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025097	`PF10591.16`	SPARC_Ca_bdg	35	106	5.3e-10	40.3
LXL04_025097	`PF21008.4`	AIF-1	39	108	7.9e-15	56.1
LXL04_025097	`PF13499.13`	EF-hand_7	46	108	1.2e-31	109.6
LXL04_025097	`PF00036.39`	EF-hand_1	48	75	9.6e-35	116.3
LXL04_025097	`PF13405.13`	EF-hand_6	48	77	6.1e-28	94.5
LXL04_025097	`PF13202.13`	EF-hand_5	49	73	2e-27	94.1
LXL04_025097	`PF14658.13`	EF-hand_9	51	106	4.8e-13	50.1
LXL04_025097	`PF30551.1`	CFAP251_C	61	163	2.2e-09	37.9
LXL04_025097	`PF13833.13`	EF-hand_8	71	108	4.8e-21	75.0
LXL04_025097	`PF00036.39`	EF-hand_1	84	108	9.6e-35	116.3
LXL04_025097	`PF13202.13`	EF-hand_5	89	107	2e-27	94.1
LXL04_025097	`PF21008.4`	AIF-1	114	187	7.9e-15	56.1
LXL04_025097	`PF13499.13`	EF-hand_7	120	182	1.2e-31	109.6
LXL04_025097	`PF00036.39`	EF-hand_1	122	148	9.6e-35	116.3
LXL04_025097	`PF13405.13`	EF-hand_6	122	150	6.1e-28	94.5
LXL04_025097	`PF13202.13`	EF-hand_5	122	145	2e-27	94.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FYK2`	拟南芥	Probable calcium-binding protein CML25	59.677%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RZB5`	水稻	Probable calcium-binding protein CML10	49.474%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6L4D4`	水稻	Probable calcium-binding protein CML15	47.651%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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