LXL04_024045 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_024045

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 78597409-78598952 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1119 bp · LXL04_024045|LXL04_024045|OH1004|cDNA

ATGGAACTCGAAAGAATGGCACCCACCTCGGGTGATGACGAAAACCAGACACGAGTCAAAGTGACACCTATCGATTGTTGGTGTCAGCCGACTTTTCTCTCTCACCGGATCCGTCCAAACGACATGACGAACGCAGTGACACCACCGGCGATGGGGCCATCCTCCTACGCGTCGCCTTCTCATTCGCACAATCCACCCCTCCAAgctttttgttgttttataGTTCTCACAGAAAGCGAGGGCTGCGGTCAATACTCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1119 bp · LXL04_024045|LXL04_024045|OH1004|CDS

ATGGAACTCGAAAGAATGGCACCCACCTCGGGTGATGACGAAAACCAGACACGAGTCAAAGTGACACCTATCGATTGTTGGTGTCAGCCGACTTTTCTCTCTCACCGGATCCGTCCAAACGACATGACGAACGCAGTGACACCACCGGCGATGGGGCCATCCTCCTACGCGTCGCCTTCTCATTCGCACAATCCACCCCTCCAAGCTTTTTGTTGTTTTATAGTTCTCACAGAAAGCGAGGGCTGCGGTCAATACTCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

372 aa · LXL04_024045|LXL04_024045|OH1004|PROTEIN

MELERMAPTSGDDENQTRVKVTPIDCWCQPTFLSHRIRPNDMTNAVTPPAMGPSSYASPSHSHNPPLQAFCCFIVLTESEGCGQYSIPQEQPRIKAFLSKQLILSHARSSKPRFQVPDSILHPIYVPIIAEIDLYKFDPWQLPDMALYGEKEWYFFSPRDRKYPNGSRPNRAAGTGYWKATGADKPIGKPKPVGIKKALVFYAGKAPRGVKTNWIMHEYRLANVDRSAGKRNNNLRLDDWVLCRIYNKKGTLEKHYVNDN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_024045`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_024045

位置 Chr05:78597409-78598952 (-)

描述 Similar to NAC002: NAC domain-containing protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g01720`	含 NAC 结构域蛋白 2。	暂无已核实直接文献
`At5g08790`	参与抗病反应。	The transcription factor ATAF2 represses the expression of pathogenesis-related genes in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02488.x Interaction of the Tobacco mosaic virus replicase protein with a NAC domain transcription factor is associated with the suppression of systemic host defenses.2009 · DOI: 10.1128/jvi.00941-09 ATAF2, a NAC transcription factor, binds to the promoter and regulates NIT2 gene expression involved in auxin biosynthesis.2012 · DOI: 10.1007/s10059-012-0122-2 ATAF2 integrates Arabidopsis brassinosteroid inactivation and seedling photomorphogenesis.2015 · DOI: 10.1242/dev.124347
`At5g63790`	可能参与淹水条件下种子萌发的调控。	暂无已核实直接文献
`At1g77450`	转录激活因子，正向调控依赖年龄的衰老、光照引起的叶衰老及压力诱导的衰老。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0884300`	与应激反应基因 LEA19 的启动子结合的转录激活剂。	Functional analysis of a NAC-type transcription factor OsNAC6 involved in abiotic and biotic stress-responsive gene expression in rice.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03168.x Characterization of transcription factor gene SNAC2 conferring cold and salt tolerance in rice.2008 · DOI: 10.1007/s11103-008-9309-5 The histone deacetylase OsHDAC1 epigenetically regulates the OsNAC6 gene that controls seedling root growth in rice.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03908.x The abiotic stress-responsive NAC-type transcription factor OsNAC5 regulates stress-inducible genes and stress tolerance in rice.2010 · DOI: 10.1007/s00438-010-0557-0 The rice OsNAC6 transcription factor orchestrates multiple molecular mechanisms involving root structural adaptions and nicotianamine biosynthesis for drought tolerance.2017 · DOI: 10.1111/pbi.12673

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G01720

ath:AT1G77450

ath:AT5G08790

ath:AT5G63790

dosa:Os01g0884300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.881

排名 1 · LXL04_024045 · OH-1004

细胞质0.182

排名 2 · LXL04_024045 · OH-1004

细胞膜0.055

排名 3 · LXL04_024045 · OH-1004

内质网0.051

排名 4 · LXL04_024045 · OH-1004

质体0.019

排名 5 · LXL04_024045 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02365.21NAM123-221 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_024045	`PF02365.21`	NAM	123	221	1.6e-35	123.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39013`	拟南芥	NAC domain-containing protein 2	60.806%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C598`	拟南芥	Protein ATAF2	55.597%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8H115`	拟南芥	NAC domain-containing protein 102	54.826%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAR0`	拟南芥	NAC transcription factor 32	60.538%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q7F2L3`	水稻	NAC domain-containing protein 48	56.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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