LXL04_023852 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023852

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 71184488-71187192 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

681 bp · LXL04_023852|LXL04_023852|OH1004|cDNA

ATGAATCTACCCCTCACCGTATCTGATACGTCCAAACTAGCGAACCACGTTCCCGATCCACGTTCCCACACTGAAGGTTATGCTAAAAAAAGAGGGATTAATGTCCTTGCTGAACTTGATGTTCGTGGACATGCTGTATACTTGGGTGTTGGTTATCCTGAATTATGGACATCAAAGAATTGCACAGAGCCACTTGATGTCCGCAATGAATTCCCCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAGCAAAATCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

681 bp · LXL04_023852|LXL04_023852|OH1004|CDS

ATGAATCTACCCCTCACCGTATCTGATACGTCCAAACTAGCGAACCACGTTCCCGATCCACGTTCCCACACTGAAGGTTATGCTAAAAAAAGAGGGATTAATGTCCTTGCTGAACTTGATGTTCGTGGACATGCTGTATACTTGGGTGTTGGTTATCCTGAATTATGGACATCAAAGAATTGCACAGAGCCACTTGATGTCCGCAATGAATTCCCCTTCAAGTTAATAAATGGAGTTCTTTCAGATTTCAGCAAAATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

226 aa · LXL04_023852|LXL04_023852|OH1004|PROTEIN

MNLPLTVSDTSKLANHVPDPRSHTEGYAKKRGINVLAELDVRGHAVYLGVGYPELWTSKNCTEPLDVRNEFPFKLINGVLSDFSKIFKYKFVHLGGDEVDTSCWSATPRIKKWLEQKGFNEETFNNFDSKLDRKTVFHNWNQDTWYLDHLDATKQQFYTNEQTIWPRAAAVVERLWTNVGRVAKDPKDMGLRLMHFRCLLNQRVAAAPLDGPGLVASIEPESCYIQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023852`
TK1151 ID	TkA02G465980
OH-1004 ID	LXL04_023852
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.977 / OH-1004 61.504 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023852

位置 Chr05:71184488-71187192 (-)

描述 Similar to HEXO3: Beta-hexosaminidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65590`	具有广泛的底物特异性。	Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200 Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162 Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020
`At3g55260`	具有广泛的底物特异性。	Biosynthesis of truncated N-linked oligosaccharides results from non-orthologous hexosaminidase-mediated mechanisms in nematodes, plants, and insects.2007 · DOI: 10.1074/jbc.m704235200 Enzymatic properties and subcellular localization of Arabidopsis beta-N-acetylhexosaminidases.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.101162 Beta-N-acetylhexosaminidases HEXO1 and HEXO3 are responsible for the formation of paucimannosidic N-glycans in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.178020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023852 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006044 N-acetylglucosamine metabolic process 生物过程

GO:0006491 N-glycan processing 生物过程

GO:0006689 ganglioside catabolic process 生物过程

GO:0007338 single fertilization 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0030203 glycosaminoglycan metabolic process 生物过程

GO:0030207 chondroitin sulfate proteoglycan catabolic process 生物过程

GO:0030209 dermatan sulfate proteoglycan catabolic process 生物过程

GO:0030214 hyaluronan catabolic process 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65590

ath:AT3G55260

ddi:DDB_G0282539

ddi:DDB_G0287033

hsa:3074

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.847

排名 1 · LXL04_023852 · OH-1004

细胞质0.046

排名 2 · LXL04_023852 · OH-1004

内质网0.039

排名 3 · LXL04_023852 · OH-1004

溶酶体／液泡0.033

排名 4 · LXL04_023852 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 5 · LXL04_023852 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00728.29Glyco_hydro_2027-125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023852	`PF00728.29`	Glyco_hydro_20	27	125	8.6e-22	78.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7S6`	拟南芥	Beta-hexosaminidase 3	48.921%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A7WM73`	拟南芥	Beta-hexosaminidase 1	37.722%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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