基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_023156
当前版本: OH-1004
染色体: Chr05
坐标: 25055073-25056155
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1083 bp · LXL04_023156|LXL04_023156|OH1004|cDNA
ATGTCGACTCTCTTCTCTCGTTATCTTCACACCATTTCATCCACATCGCCATCTAAATCCTCCATTATAACTTACCTCACAGAATCCTTAGGATTTTCCAAATTACGAGCCGTCTCAATATCTACTCGATTTTCATCCCCAGATACCAACCCACAAACCGTTATTGAGCTCTTGAACTCTCTCGGATTCAGCAACAACGATATTCAAACTTGGATAAATGCATCTCCTCAAATCCTTTTCATAGACGCCGAAAAAGCCCT...
CDS
下载 CDS FASTA1083 bp · LXL04_023156|LXL04_023156|OH1004|CDS
ATGTCGACTCTCTTCTCTCGTTATCTTCACACCATTTCATCCACATCGCCATCTAAATCCTCCATTATAACTTACCTCACAGAATCCTTAGGATTTTCCAAATTACGAGCCGTCTCAATATCTACTCGATTTTCATCCCCAGATACCAACCCACAAACCGTTATTGAGCTCTTGAACTCTCTCGGATTCAGCAACAACGATATTCAAACTTGGATAAATGCATCTCCTCAAATCCTTTTCATAGACGCCGAAAAAGCCCT...
360 aa · LXL04_023156|LXL04_023156|OH1004|PROTEIN
MSTLFSRYLHTISSTSPSKSSIITYLTESLGFSKLRAVSISTRFSSPDTNPQTVIELLNSLGFSNNDIQTWINASPQILFIDAEKALKPRILYFQDLGLAGSELGKFISKNPSFLSDRFERIKPCVDVLKTLMINDHANENLLRTLRRCNWADIKQPVTRISANIKYLEQCGIVGSQLATIISRQPRLIIRGESELKDLVSKVLKMGFSIDSRMLVHALYSFSCLSDETIKRKHELFQSVGFTKAECLVMFKKAPALLRV...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_023156 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_023156 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr05:25055073-25056155 (+) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to MTERF4: Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006393 termination of mitochondrial transcription 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0009651 response to salt stress 生物过程 GO:0009658 chloroplast organization 生物过程 GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0015979 photosynthesis 生物过程 GO:0032502 developmental process 生物过程 GO:0042793 plastid transcription 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G21710 ath:AT4G02990 ath:AT4G14605 ath:AT5G54180 dosa:Os05g0404000 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
线粒体0.643
质体0.227
细胞核0.042
细胞质0.036
细胞膜0.007
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF02536.20mTERF55-136 aaPF02536.20mTERF121-331 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_023156 | PF02536.20 | mTERF | 55 | 136 | 5.2e-36 | 124.9 |
| LXL04_023156 | PF02536.20 | mTERF | 121 | 331 | 5.2e-36 | 124.9 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9ZT96 | 拟南芥 | Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic | 23.906% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
F4JVI3 | 拟南芥 | Transcription termination factor MTERF5, chloroplastic | 24.254% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9FK23 | 拟南芥 | Transcription termination factor MTERF8, chloroplastic | 21.888% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
F4IHL3 | 拟南芥 | Transcription termination factor MTERF2, chloroplastic | 20.323% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q6AUK6 | 水稻 | Transcription termination factor MTERF4, chloroplastic | 22.394% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |