LXL04_023110 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_023110

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 23468248-23473107 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1968 bp · LXL04_023110|LXL04_023110|OH1004|cDNA

ATGGAATCCATTCAAACAATCATCAAAACCCTTCTAAAGAATCCAACACAAATCAAATCAAAATCTCAAGCCAAACAAATCCATGCTCAAATCCTCAAAAGCTTCCCTACATTTACCTCCACTCTCCTCTCAATCTACTCCAAACTCAACCTCTTACCGGAATCCCTCATTCTCTTCAACACACTCCACTCTCCTCCGATCCTCGCTTGGAAGTCCATCATCAAATGCTACACTTCCAATGCCTGTTACTTACAATCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1968 bp · LXL04_023110|LXL04_023110|OH1004|CDS

ATGGAATCCATTCAAACAATCATCAAAACCCTTCTAAAGAATCCAACACAAATCAAATCAAAATCTCAAGCCAAACAAATCCATGCTCAAATCCTCAAAAGCTTCCCTACATTTACCTCCACTCTCCTCTCAATCTACTCCAAACTCAACCTCTTACCGGAATCCCTCATTCTCTTCAACACACTCCACTCTCCTCCGATCCTCGCTTGGAAGTCCATCATCAAATGCTACACTTCCAATGCCTGTTACTTACAATCCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

655 aa · LXL04_023110|LXL04_023110|OH1004|PROTEIN

MESIQTIIKTLLKNPTQIKSKSQAKQIHAQILKSFPTFTSTLLSIYSKLNLLPESLILFNTLHSPPILAWKSIIKCYTSNACYLQSLNCFLKMRGSGIYPDHNVFPSVLKSCTHLTYFNFGESVHACVIRVGLEFDVFTGNALLSMYSKLQWYTAPQVFDESPERITHLQNPIVFNQMSKVFESMQDPDVVSYNTLILGYTQSNMYNEAMMMIKEMCNINLKSDAFTLSNLLPIVAEFMDIHKGKEIHGYGVRHGFDQNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_023110`
TK1151 ID	TkA06G401790
OH-1004 ID	LXL04_023110
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.336 / OH-1004 88.244 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_023110

位置 Chr05:23468248-23473107 (+)

描述 Similar to PCMP-H32: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23330`	推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。	暂无已核实直接文献
`At4g21300`	含五肽重复的蛋白 At4g21300。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At3g22150`	含五肽重复蛋白的蛋白 At3g22150，存在于叶绿体中。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23330

ath:AT4G21300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.754

排名 1 · LXL04_023110 · OH-1004

质体0.110

排名 2 · LXL04_023110 · OH-1004

细胞核0.049

排名 3 · LXL04_023110 · OH-1004

细胞质0.041

排名 4 · LXL04_023110 · OH-1004

细胞膜0.007

排名 5 · LXL04_023110 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854.14PPR_1187-216 aa

PF13041.13PPR_2188-232 aa

PF01535.27PPR191-218 aa

PF13041.13PPR_2289-338 aa

PF01535.27PPR292-322 aa

PF13041.13PPR_2391-438 aa

PF01535.27PPR393-423 aa

PF17177.11PPR_long399-515 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_023110	`PF12854.14`	PPR_1	187	216	3.2e-23	81.9
LXL04_023110	`PF13041.13`	PPR_2	188	232	9.7e-39	132.0
LXL04_023110	`PF01535.27`	PPR	191	218	2e-38	128.7
LXL04_023110	`PF13041.13`	PPR_2	289	338	9.7e-39	132.0
LXL04_023110	`PF01535.27`	PPR	292	322	2e-38	128.7
LXL04_023110	`PF13041.13`	PPR_2	391	438	9.7e-39	132.0
LXL04_023110	`PF01535.27`	PPR	393	423	2e-38	128.7
LXL04_023110	`PF17177.11`	PPR_long	399	515	2.4e-09	37.6
LXL04_023110	`PF20431.5`	E_motif	509	571	1.7e-12	48.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LW63`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330	49.246%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STE1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21300	33.868%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN01`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	34.138%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LIE7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22150, chloroplastic	34.191%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN39`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	30.243%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情