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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G401790
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 99498384-99500216 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1698 bp · TkA06G401790|TK1151|cDNA

ATGGAATCCATTCAAACAATCATCAAAACCCTTCTAAAGAATCCAACACAAATCAAATCAAAATCTCAAGCCAAACAAATCCATGCTCAAATCCTCAAAAGCTTCCCTACATTTACCTCCACTCTCCTCTCAATCTACTCCAAACTCAACCTCTTACCGGAATCCCTCATTCTCTTCAACACACTCCACTCTCCTCCGATCCTCGCTTGGAAATCCATCATCAAATGCTACACTTCCAGTGCCTGTTATTTAAATTCCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1698 bp · TkA06G401790|TK1151|CDS

ATGGAATCCATTCAAACAATCATCAAAACCCTTCTAAAGAATCCAACACAAATCAAATCAAAATCTCAAGCCAAACAAATCCATGCTCAAATCCTCAAAAGCTTCCCTACATTTACCTCCACTCTCCTCTCAATCTACTCCAAACTCAACCTCTTACCGGAATCCCTCATTCTCTTCAACACACTCCACTCTCCTCCGATCCTCGCTTGGAAATCCATCATCAAATGCTACACTTCCAGTGCCTGTTATTTAAATTCCTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

565 aa · TkA06G401790|TK1151|PROTEIN

MESIQTIIKTLLKNPTQIKSKSQAKQIHAQILKSFPTFTSTLLSIYSKLNLLPESLILFNTLHSPPILAWKSIIKCYTSSACYLNSLIYFIKMRGSGIYPDHNVFPSVLKSCTHLTYFNFGESVHACVIRVGLEFDVFTGNALLSMYSKLQWFTAPQVFDESPERTTHLQNPIVFNQMSKVFESMQDPDVVSYNTLILGYTQSNMYNEAMMMIKEMCNINLKPDAFTLSNLLPIVAEFMDIHKGKEIHGYGVRHGFDQNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G401790
TK1151 IDTkA06G401790
OH-1004 IDLXL04_023110
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.336 / OH-1004 88.244
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G401790
位置Chr06:99498384-99500216 (-)
描述Similar to PCMP-H32: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g02010 推定含有五重复肽重复的蛋白质 At2g01510。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At5g27110 含五重复肽的蛋白质 At5g27110。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023110 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G23330
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.705
排名 1 · TkA06G401790 · TK1151
质体0.132
排名 2 · TkA06G401790 · TK1151
细胞核0.042
排名 3 · TkA06G401790 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA06G401790 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA06G401790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276TPR_243-23 aa
PF24172CdiI_ImmP12-37 aa
PF17832Pre-PUA12-45 aa
PF01535PPR40-60 aa
PF13041PPR_241-60 aa
PF13041PPR_268-112 aa
PF01535PPR69-98 aa
PF23276TPR_2471-105 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G401790PF23276TPR_243230.002518.5
TkA06G401790PF24172CdiI_ImmP12370.1612.8
TkA06G401790PF17832Pre-PUA12450.3112.4
TkA06G401790PF01535PPR40603.7e-30102.7
TkA06G401790PF13041PPR_241602.4e-35121.1
TkA06G401790PF13041PPR_2681122.4e-35121.1
TkA06G401790PF01535PPR69983.7e-30102.7
TkA06G401790PF23276TPR_24711050.002518.5
TkA06G401790PF17832Pre-PUA731000.3112.4
TkA06G401790PF17177PPR_long891141.6e-0525.1
TkA06G401790PF13812PPR_3921122.6e-1969.8
TkA06G401790PF13812PPR_31301482.6e-1969.8
TkA06G401790PF12854PPR_11321471.8e-1969.9
TkA06G401790PF13041PPR_21361492.4e-35121.1
TkA06G401790PF01535PPR1411503.7e-30102.7
TkA06G401790PF24172CdiI_ImmP1692020.1612.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333045.900%Swiss-Prot中等置信
Q9STE1拟南芥sp|Q9STE1|PP333_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130028.900%Swiss-Prot低置信
Q9S7F4拟南芥sp|Q9S7F4|PP206_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At2g0151030.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic31.000%Swiss-Prot中等置信
O04659拟南芥sp|O04659|PP398_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g2711028.000%Swiss-Prot低置信

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