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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_022502
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 151684598-151688285 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3318 bp · LXL04_022502|LXL04_022502|OH1004|cDNA

ATGAGTAAAACAGTGCAGGTGTATGGATACCCCAATTTAGAATCTGCTGATGTAATTAAAACATCTCTGGAGAGGTATACTGGCACAGGGAGCATTTATGCTCTAGAGGTTAAAAGGTCAAACCGAGGGTCAAGATCATATGCAAAAGTACAGTTTACAACAAGGGAAAAAGCTGACTATATTCTAGAACTGGCTAATTCTAGGCGTTTGTGGTTTGGTACAACGTATTTAAAGGCTTTTGTAATGGATCATGACATTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3318 bp · LXL04_022502|LXL04_022502|OH1004|CDS

ATGAGTAAAACAGTGCAGGTGTATGGATACCCCAATTTAGAATCTGCTGATGTAATTAAAACATCTCTGGAGAGGTATACTGGCACAGGGAGCATTTATGCTCTAGAGGTTAAAAGGTCAAACCGAGGGTCAAGATCATATGCAAAAGTACAGTTTACAACAAGGGAAAAAGCTGACTATATTCTAGAACTGGCTAATTCTAGGCGTTTGTGGTTTGGTACAACGTATTTAAAGGCTTTTGTAATGGATCATGACATTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1105 aa · LXL04_022502|LXL04_022502|OH1004|PROTEIN

MSKTVQVYGYPNLESADVIKTSLERYTGTGSIYALEVKRSNRGSRSYAKVQFTTREKADYILELANSRRLWFGTTYLKAFVMDHDIEQRPKQFAFEMEGATLHFGCQVSKEILHVLCEMRNTSVMFGLRRLYFVVSYPTTCYKLQLSYENIWQVQLRRSRGNSSRFVVIQLYGAPRIYKKVEESVFSYYREVPDDQWVRATDFTPNFSIGQSSHLCLELPRDVDLPNLAHYFPDYEESNRQFSLVAGHSFSQNLDLVPIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_022502
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_022502
位置Chr04:151684598-151688285 (-)
描述Similar to RDR1: RNA-dependent RNA polymerase 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g14790 RNA依赖性直接聚合酶参与抗病毒沉默。
Analysis of the involvement of an inducible Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase in antiviral defense.2003 · DOI: 10.1094/mpmi.2003.16.3.206
Small RNA deep sequencing reveals role for Arabidopsis thaliana RNA-dependent RNA polymerases in viral siRNA biogenesis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0004971
RNAi-mediated viral immunity requires amplification of virus-derived siRNAs in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0904086107
Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerases and dicer-like proteins in antiviral defense and small interfering RNA biogenesis during Turnip Mosaic Virus infection.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073056
At4g11130 RNA 依赖性直接聚合酶参与小干扰 RNA 的产生。
Genetic and functional diversification of small RNA pathways in plants.2004 · DOI: 10.1371/journal.pbio.0020104
MicroRNA-targeted and small interfering RNA-mediated mRNA degradation is regulated by argonaute, dicer, and RNA-dependent RNA polymerase in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.042127
An SNF2 protein associated with nuclear RNA silencing and the spread of a silencing signal between cells in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051540
Nuclear gene silencing directs reception of long-distance mRNA silencing in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706701104
siRNA-mediated methylation of Arabidopsis telomeres.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000986
In vitro transcription activities of Pol IV, Pol V, and RDR2 reveal coupling of Pol IV and RDR2 for dsRNA synthesis in plant RNA silencing.2012 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.09.027
Structure and RNA template requirements of Arabidopsis RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE 2.2021 · DOI: 10.1073/pnas.2115899118
At3g49500 参与转录后基因沉默 的 RNA 依赖性 RNA 聚合酶。
Arabidopsis SGS2 and SGS3 genes are required for posttranscriptional gene silencing and natural virus resistance.2000 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)80863-6
An RNA-dependent RNA polymerase gene in Arabidopsis is required for posttranscriptional gene silencing mediated by a transgene but not by a virus.2000 · DOI: 10.1016/s0092-8674(00)80864-8
Geminivirus VIGS of endogenous genes requires SGS2/SDE1 and SGS3 and defines a new branch in the genetic pathway for silencing in plants.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02103.x
SGS3 and SGS2/SDE1/RDR6 are required for juvenile development and the production of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1101/gad.1231804
The Putative RNA-dependent RNA polymerase RDR6 acts synergistically with ASYMMETRIC LEAVES1 and 2 to repress BREVIPEDICELLUS and MicroRNA165/166 in Arabidopsis leaf development.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.033449
A pathway for the biogenesis of trans-acting siRNAs in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1101/gad.1352605
Endogenous siRNAs derived from a pair of natural cis-antisense transcripts regulate salt tolerance in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.cell.2005.11.035
DRB4-dependent TAS3 trans-acting siRNAs control leaf morphology through AGO7.2006 · DOI: 10.1016/j.cub.2006.03.035
Improperly terminated, unpolyadenylated mRNA of sense transgenes is targeted by RDR6-mediated RNA silencing in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.045724
Biochemical activities of Arabidopsis RNA-dependent RNA polymerase 6.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708983200
Small RNA deep sequencing reveals role for Arabidopsis thaliana RNA-dependent RNA polymerases in viral siRNA biogenesis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0004971
Unique functionality of 22-nt miRNAs in triggering RDR6-dependent siRNA biogenesis from target transcripts in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1038/nsmb.1866

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0736200 可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。 暂无已核实直接文献
Os04g0465700 可能参与RNA沉默途径，并且对小干扰RNA（siRNA）的生成是必需的。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022502 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009615 response to virus 生物过程
GO:0009616 RNAi-mediated antiviral immune response 生物过程
GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程
GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程
GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程
GO:0010495 siRNA-mediated long-distance post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0016441 post-transcriptional gene silencing 生物过程
GO:0030422 siRNA processing 生物过程
GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0048467 gynoecium development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G14790
ath:AT3G49500
ath:AT4G11130
dosa:Os02g0736200
dosa:Os04g0465700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.484
排名 1 · LXL04_022502 · OH-1004
细胞质0.432
排名 2 · LXL04_022502 · OH-1004
细胞膜0.099
排名 3 · LXL04_022502 · OH-1004
内质网0.043
排名 4 · LXL04_022502 · OH-1004
溶酶体／液泡0.042
排名 5 · LXL04_022502 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26250.1RRM_RdRP1_24-81 aa
PF24823.2PH_RDR2102-242 aa
PF26252.1RdRP_helical267-335 aa
PF05183.18RdRP358-921 aa
PF26253.1RdRP_head942-1095 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_022502PF26250.1RRM_RdRP1_24811.5e-1661.3
LXL04_022502PF24823.2PH_RDR21022422.5e-37128.9
LXL04_022502PF26252.1RdRP_helical2673355.1e-1040.0
LXL04_022502PF05183.18RdRP3589211.4e-197658.7
LXL04_022502PF26253.1RdRP_head94210951.8e-45155.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LQV2拟南芥RNA-dependent RNA polymerase 161.096%Swiss-Prot强数据库同源证据
O82504拟南芥RNA-dependent RNA polymerase 239.235%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SG02拟南芥RNA-dependent RNA polymerase 635.671%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0DXS3水稻Probable RNA-dependent RNA polymerase 165.612%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7XM31水稻Probable RNA-dependent RNA polymerase 239.982%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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