LXL04_022290 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022290

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 147652242-147655977 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1086 bp · LXL04_022290|LXL04_022290|OH1004|cDNA

ATGATAACTGGGCTTTGTAAAAGGGGTAAACTTGAGGAAACAGAAGACTTACTTTCAAAGATGATTGATAGTGGCGTGTGTGACTATGAACAATGGGACAAAGCCAAGAGACTTTTAGATGACATGCTTGCTCAAAATATCCCGCGCAATATACAAACGTATACCATCTTAGTTGATGCACTGTGTAAAGAAGGGAAAGTAACAGAAGCACACCATCTCTTTGCATCCATGATTAAAGAAGGTGCACTACCTAATACCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · LXL04_022290|LXL04_022290|OH1004|CDS

ATGATAACTGGGCTTTGTAAAAGGGGTAAACTTGAGGAAACAGAAGACTTACTTTCAAAGATGATTGATAGTGGCGTGTGTGACTATGAACAATGGGACAAAGCCAAGAGACTTTTAGATGACATGCTTGCTCAAAATATCCCGCGCAATATACAAACGTATACCATCTTAGTTGATGCACTGTGTAAAGAAGGGAAAGTAACAGAAGCACACCATCTCTTTGCATCCATGATTAAAGAAGGTGCACTACCTAATACCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · LXL04_022290|LXL04_022290|OH1004|PROTEIN

MITGLCKRGKLEETEDLLSKMIDSGVCDYEQWDKAKRLLDDMLAQNIPRNIQTYTILVDALCKEGKVTEAHHLFASMIKEGALPNTVTYNTLMDGYCLVERVDEAKNLLDYMTSHNCAPSVISYNTLINGYCKSKRLDEALSLFKGMSRNGIDPNVATYNTLISGLCHDGRFKDAMMLFDEMKTCGLEADIVTYSTLVDSLCKHKKVEEALEMFAKIDSVGLAPNIVTCNCLIDGLCKDGKLEGANKLFSELSVRGLKPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022290`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_022290

位置 Chr04:147652242-147655977 (+)

描述 Similar to At1g12300: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g12300`	含五螺旋肽重复的蛋白 At1g12300，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g12775`	含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At3g22470`	含五重复肽的蛋白At3g22470，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g12700`	推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62930`	含有五百四十肽重复的蛋白 At1g62930，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022290 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0090615 mitochondrial mRNA processing 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.321

排名 1 · LXL04_022290 · OH-1004

细胞质0.259

排名 2 · LXL04_022290 · OH-1004

细胞核0.160

排名 3 · LXL04_022290 · OH-1004

质体0.116

排名 4 · LXL04_022290 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 5 · LXL04_022290 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535.27PPR1-26 aa

PF13041.13PPR_225-63 aa

PF29070.1MSC6_N32-175 aa

PF17177.11PPR_long32-127 aa

PF13812.13PPR_337-94 aa

PF12854.14PPR_147-77 aa

PF01535.27PPR53-81 aa

PF13041.13PPR_257-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022290	`PF01535.27`	PPR	1	26	3.5e-81	262.7
LXL04_022290	`PF13041.13`	PPR_2	25	63	2.4e-123	402.9
LXL04_022290	`PF29070.1`	MSC6_N	32	175	3.9e-29	102.6
LXL04_022290	`PF17177.11`	PPR_long	32	127	1.4e-23	84.1
LXL04_022290	`PF13812.13`	PPR_3	37	94	9.9e-47	157.6
LXL04_022290	`PF12854.14`	PPR_1	47	77	4.2e-103	337.4
LXL04_022290	`PF01535.27`	PPR	53	81	3.5e-81	262.7
LXL04_022290	`PF13041.13`	PPR_2	57	97	2.4e-123	402.9
LXL04_022290	`PF12854.14`	PPR_1	81	113	4.2e-103	337.4
LXL04_022290	`PF13041.13`	PPR_2	84	124	2.4e-123	402.9
LXL04_022290	`PF01535.27`	PPR	87	117	3.5e-81	262.7
LXL04_022290	`PF23276.3`	TPR_24	107	216	2.3e-23	83.3
LXL04_022290	`PF13812.13`	PPR_3	108	164	9.9e-47	157.6
LXL04_022290	`PF12854.14`	PPR_1	116	147	4.2e-103	337.4
LXL04_022290	`PF13041.13`	PPR_2	119	168	2.4e-123	402.9
LXL04_022290	`PF01535.27`	PPR	122	152	3.5e-81	262.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WKV3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12300, mitochondrial	39.945%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial	39.394%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQ83`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g22470, mitochondrial	39.118%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C7Q7`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial	41.538%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQ14`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62930, chloroplastic	38.587%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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