LXL04_022059 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_022059

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 144100009-144104570 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4467 bp · LXL04_022059|LXL04_022059|OH1004|cDNA

ATGCCTCCCAAACCTGAAAACATGGGTGATGAACTCCTCACCACTGAAGATCAATTACAAGGCCTCCTCCGCCTAACCACTGCCACCAACACTAAACTCGATACACTCTCCACTAACATGGCAAACCTGGTCACAATCCTTACCAATCAAAGATTgaatcaaccaccaccaccaccaccaccaccaccacctccaccaccaccaccacctccaccaccaccaccaccaccgccacctcATCCCCCCAACCTCCGACCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

4467 bp · LXL04_022059|LXL04_022059|OH1004|CDS

ATGCCTCCCAAACCTGAAAACATGGGTGATGAACTCCTCACCACTGAAGATCAATTACAAGGCCTCCTCCGCCTAACCACTGCCACCAACACTAAACTCGATACACTCTCCACTAACATGGCAAACCTGGTCACAATCCTTACCAATCAAAGATTGAATCAACCACCACCACCACCACCACCACCACCACCTCCACCACCACCACCACCTCCACCACCACCACCACCACCGCCACCTCATCCCCCCAACCTCCGACCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1488 aa · LXL04_022059|LXL04_022059|OH1004|PROTEIN

MPPKPENMGDELLTTEDQLQGLLRLTTATNTKLDTLSTNMANLVTILTNQRLNQPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPPHPPNLRPPKILLPNFDGSNPLDWLFHANNYFEYYAVAIDQRVALSVFYFNGDALSWYKYLASNQLLGTWPDFSRQLELRFGPSTFENHQATLFKLRQTTTVAAYQTEFERVSNCVTGLDNNALLNCFLSGLKTDIQSELAIHQPSSLHHAYGLAKLVEDKTNQQRSRFTYSRSHTFQASAT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_022059`
TK1151 ID	TkA05G443170
OH-1004 ID	LXL04_022059
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.671 / OH-1004 94.556 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_022059`
位置	Chr04:144100009-144104570 (-)
描述	Similar to Tf2-6: Transposon Tf2-6 polyprotein (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_022059` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0006508 proteolysis 生物过程 GO:0015074 DNA integration 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0003677 DNA binding 分子功能 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能 GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能 GO:0004519 endonuclease activity 分子功能 GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	spo:2538755 spo:2541833 spo:2541991 spo:3361422 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.648

排名 1 · LXL04_022059 · OH-1004

细胞核0.459

排名 2 · LXL04_022059 · OH-1004

线粒体0.102

排名 3 · LXL04_022059 · OH-1004

过氧化物酶体0.028

排名 4 · LXL04_022059 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 5 · LXL04_022059 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03732.25PEG10_N-capsid89-159 aa

PF19259.5Ty3_capsid119-250 aa

PF30901.1PEG10-RTL1_C-capsid170-227 aa

PF08284.17RVP_2366-462 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL1383-467 aa

PF00078.33RVT_1578-745 aa

PF17919.8RT_RNaseH_2807-900 aa

PF17917.8RT_RNaseH833-929 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_022059	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	89	159	8.7e-08	33.1
LXL04_022059	`PF19259.5`	Ty3_capsid	119	250	1.8e-07	31.5
LXL04_022059	`PF30901.1`	PEG10-RTL1_C-capsid	170	227	1.1e-07	32.5
LXL04_022059	`PF08284.17`	RVP_2	366	462	9.2e-10	39.2
LXL04_022059	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	383	467	2.1e-06	28.9
LXL04_022059	`PF00078.33`	RVT_1	578	745	5.3e-25	89.2
LXL04_022059	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	807	900	4.3e-23	82.0
LXL04_022059	`PF17917.8`	RT_RNaseH	833	929	3.3e-24	85.8
LXL04_022059	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1017	1072	1.8e-17	63.9
LXL04_022059	`PF00665.33`	rve	1094	1185	6.5e-11	43.1
LXL04_022059	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	1303	1366	1.8e-22	79.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情