LXL04_021781 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021781

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 136842234-136844424 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

687 bp · LXL04_021781|LXL04_021781|OH1004|cDNA

ATGGACGGCGGAGCGGGGAAGAGGGCGGTGCATCCAGCGATTGAACCTCTGTCGTATCTGCTCGGAACTTGGAGAGGTCAAGGAGAAGGCGGTTTCCCCACCATATCTTCCTTCACGTACGACGAAGAGTTCAATTTCACTCATCCTGGCAACAAGCTTATTCCCACAAGCAGGTCTACTGTTAGTGAAGCAATCATTGATCCTGCTGCCATATTTGCAATGCTTTTTGGGAGTGAGCTATTTGAAGAATACATTGGACA...

CDS

下载 CDS FASTA

660 bp · LXL04_021781|LXL04_021781|OH1004|CDS

ATGGACGGCGGAGCGGGGAAGAGGGCGGTGCATCCAGCGATTGAACCTCTGTCGTATCTGCTCGGAACTTGGAGAGGTCAAGGAGAAGGCGGTTTCCCCACCATATCTTCCTTCACGTACGACGAAGAGTTCAATTTCACTCATCCTGGCAACAAGCTTATTCCCACAAGCAGGTCTACTGTTAGTGAAGCAATCATTGATCCTGCTGCCATATTTGCAATGCTTTTTGGGAGTGAGCTATTTGAAGAATACATTGGACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

219 aa · LXL04_021781|LXL04_021781|OH1004|PROTEIN

MDGGAGKRAVHPAIEPLSYLLGTWRGQGEGGFPTISSFTYDEEFNFTHPGNKLIPTSRSTVSEAIIDPAAIFAMLFGSELFEEYIGQLAMASTASLDIFPEGEQIDAKKLQEKMRVIQKEREEKLIQTLKDRLTPYVQGNKDEFVRNAEAEVLKLSNAGHVPFFCFLFNVFLYIYISNKNIPYFFTAYVVVYLCKTGSKRTWCTCSDSTSRRYEKAIEY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021781`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021781

位置 Chr04:136842234-136844424 (+)

描述 Similar to ATJ10: Chaperone protein dnaJ 10

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76700`	在植物发育中可能持续发挥作用，可能涉及细胞隔间的结构组织。	暂无已核实直接文献
`At1g79260`	血红素结合蛋白能够清除过亚硝酸盐，并通过充当将过亚硝酸盐转化为硝酸盐的过亚硝酸盐异构酶，保护游离 L-酪氨酸免受过亚硝酸盐介导的硝化。	The structure and NO binding properties of the nitrophorin-like heme-binding protein from Arabidopsis thaliana gene locus At1g79260.1.2010 · DOI: 10.1002/prot.22617

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021781 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

GO:0020037 heme binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0062213 peroxynitrite isomerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76700

ath:AT1G79260

mmi:MMAR_1995

msb:LJ00_32495

msg:MSMEI_6396

msm:MSMEG_6574

nfa:NFA_41140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505

排名 1 · LXL04_021781 · OH-1004

细胞核0.314

排名 2 · LXL04_021781 · OH-1004

线粒体0.202

排名 3 · LXL04_021781 · OH-1004

过氧化物酶体0.089

排名 4 · LXL04_021781 · OH-1004

细胞膜0.071

排名 5 · LXL04_021781 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08768.18THAP4_heme-bd14-54 aa

PF14308.12DnaJ-X118-158 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021781	`PF08768.18`	THAP4_heme-bd	14	54	2.3e-11	44.8
LXL04_021781	`PF14308.12`	DnaJ-X	118	158	3.1e-06	27.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYX8`	拟南芥	Chaperone protein dnaJ 10	67.826%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64527`	拟南芥	Peroxynitrite isomerase Rv2717c	60.784%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情