LXL04_021489 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021489

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 131109968-131112474 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1503 bp · LXL04_021489|LXL04_021489|OH1004|cDNA

ATGGATCTGAATAAACGGGGATTTGTTGTTTTAGTTATTGGGTTTGTTGTTCTTCTTGAATTATGTTTGTTGGCATCAGGCAATGTGGTTTTCCAGGTTCAGCATAAGTTTGCTGGTAACAAAAGGTCCTTGACTCAATTTAAAGCTCATGATTCCGACCGTCATCGGAGGATTCTCTCAGCCGTTGACCTTCCCATTGGCGGCGACGGCAGCCCCACTTCAGCAGCGCTCTATTTCACTAAAATTCAAATTGGAACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1503 bp · LXL04_021489|LXL04_021489|OH1004|CDS

ATGGATCTGAATAAACGGGGATTTGTTGTTTTAGTTATTGGGTTTGTTGTTCTTCTTGAATTATGTTTGTTGGCATCAGGCAATGTGGTTTTCCAGGTTCAGCATAAGTTTGCTGGTAACAAAAGGTCCTTGACTCAATTTAAAGCTCATGATTCCGACCGTCATCGGAGGATTCTCTCAGCCGTTGACCTTCCCATTGGCGGCGACGGCAGCCCCACTTCAGCAGCGCTCTATTTCACTAAAATTCAAATTGGAACTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

500 aa · LXL04_021489|LXL04_021489|OH1004|PROTEIN

MDLNKRGFVVLVIGFVVLLELCLLASGNVVFQVQHKFAGNKRSLTQFKAHDSDRHRRILSAVDLPIGGDGSPTSAALYFTKIQIGTPPKDYHVQVDTGSDLLWVNCAGCQKCPKKSDLGISLALYNPQASSTAKMVNCDQDICITTLSDPNIDCKAGMYCSYQVTYGDGSSTMGYFVKDVIRLDKASGNLQTTFMNGSIAFGQVSSFLLISIYRCGSQQSGELGSSEQALDGILGFGQANSSMLSQLAASKRVKKVFSHC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021489`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021489

位置 Chr04:131109968-131112474 (+)

描述 Similar to At1g65240: Aspartic proteinase-like protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g65240`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At5g36260`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g49050`	参与 BAG6 的蛋白水解加工和植物基础免疫。	Aspartyl Protease-Mediated Cleavage of BAG6 Is Necessary for Autophagy and Fungal Resistance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00626
`At3g12700`	以偶氮酪蛋白为底物的天冬氨酸蛋白酶，通过调控淀粉积累和再动员，调节蔗糖、葡萄糖和果糖等内源糖的水平。	Misexpression of a chloroplast aspartyl protease leads to severe growth defects and alters carbohydrate metabolism in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.204016

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0184800`	天冬氨酸蛋白酶Asp1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021489 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49050

ath:AT1G65240

ath:AT3G12700

ath:AT5G36260

dosa:Os11g0184800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.450

排名 1 · LXL04_021489 · OH-1004

溶酶体／液泡0.186

排名 2 · LXL04_021489 · OH-1004

细胞外0.169

排名 3 · LXL04_021489 · OH-1004

细胞质0.146

排名 4 · LXL04_021489 · OH-1004

内质网0.102

排名 5 · LXL04_021489 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14543.12TAXi_N78-273 aa

PF00026.29Asp78-139 aa

PF00026.29Asp161-441 aa

PF14541.12TAXi_C290-442 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021489	`PF14543.12`	TAXi_N	78	273	6.8e-36	124.8
LXL04_021489	`PF00026.29`	Asp	78	139	1.1e-27	98.0
LXL04_021489	`PF00026.29`	Asp	161	441	1.1e-27	98.0
LXL04_021489	`PF14541.12`	TAXi_C	290	442	2.8e-23	83.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S9K4`	拟南芥	Aspartic proteinase 39	49.260%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4V3D2`	拟南芥	Aspartic proteinase 36	49.045%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M9A8`	拟南芥	Aspartyl protease APCB1	27.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LTW4`	拟南芥	Aspartic proteinase NANA, chloroplast	26.636%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q0IU52`	水稻	Aspartic proteinase Asp1	28.710%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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