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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_021152
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122803168-122805459 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1860 bp · LXL04_021152|LXL04_021152|OH1004|cDNA

ATGGCGTCAATGGCGATCTTAACTCGTAAATGGAAACCTCTATCCAAAACCATAAATCCCAAATTCATCACAAGCTACGCCTTTCTCTCACAAGAAGCTCAATTAGCCGAGCAACCACCATCGCCGCCACGGGTTTCCACCAGTCCACTACCACCGAACCCCGCGACAGGGAGCCCACTATACAATGAGAATTGGCGAAATCCTATCCCGAACATCTCCTCTTCAACCTCCCCCTCTCTTATCCCTCTGGGGTTTTCGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1860 bp · LXL04_021152|LXL04_021152|OH1004|CDS

ATGGCGTCAATGGCGATCTTAACTCGTAAATGGAAACCTCTATCCAAAACCATAAATCCCAAATTCATCACAAGCTACGCCTTTCTCTCACAAGAAGCTCAATTAGCCGAGCAACCACCATCGCCGCCACGGGTTTCCACCAGTCCACTACCACCGAACCCCGCGACAGGGAGCCCACTATACAATGAGAATTGGCGAAATCCTATCCCGAACATCTCCTCTTCAACCTCCCCCTCTCTTATCCCTCTGGGGTTTTCGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

619 aa · LXL04_021152|LXL04_021152|OH1004|PROTEIN

MASMAILTRKWKPLSKTINPKFITSYAFLSQEAQLAEQPPSPPRVSTSPLPPNPATGSPLYNENWRNPIPNISSSTSPSLIPLGFSQQHPSSRIEALSQTLDGDAIMNVFADWMTSQRWSDIKQLFEFWIRSLDNNGKPNKPDVSLYNHYLRANLMMGASAGELMDFVAQMEDYKISPNTASFNLVLKAMYQAKEFDAAVKLIDRMIQTGTESKTALPDDESYHLVVRLLLSRNQIDSALKYIDLTLKSGYMLSLEVFTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_021152
TK1151 IDTkA05G358130
OH-1004 IDLXL04_021152
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_021152
位置Chr04:122803168-122805459 (+)
描述Similar to At1g26460: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26460, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g26460 含五肽重复的蛋白 At1g26460，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g09900 含五重复肽结构蛋白 At1g09900。 暂无已核实直接文献
At3g46610 通过与光依赖的机制结合 PSII 亚基 mRNA（如 psbJ、psbN 和 psbA）的 5' 非翻译区，参与光调控的光系统 II (PSII) 生物发生和基粒类囊体形成，并促进 HCF173 与目标 mRNA 的结合，这些 mRNA 编码 PSII 反应中心蛋白（如 J、N 和 D1），从而通过调节核糖体加载调控其表达。
LOW PHOTOSYNTHETIC EFFICIENCY 1 is required for light-regulated photosystem II biogenesis in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1073/pnas.1807364115
The Arabidopsis pentatricopeptide repeat protein LPE1 and its maize ortholog are required for translation of the chloroplast psbJ RNA.2019 · DOI: 10.1111/tpj.14308
At5g41170 含五聚肽重复的线粒体蛋白 At5g41170。 暂无已核实直接文献
At3g06920 含五重复肽序列的蛋白 At3g06920。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021152 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006413 translational initiation 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0010207 photosystem II assembly 生物过程
GO:0032544 plastid translation 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分
GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008494 translation activator activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09900
ath:AT1G26460
ath:AT3G06920
ath:AT3G46610
ath:AT5G41170
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.777
排名 1 · LXL04_021152 · OH-1004
质体0.173
排名 2 · LXL04_021152 · OH-1004
细胞核0.052
排名 3 · LXL04_021152 · OH-1004
细胞质0.044
排名 4 · LXL04_021152 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_021152 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N114-243 aa
PF23276.3TPR_24340-486 aa
PF17177.11PPR_long441-543 aa
PF29070.1MSC6_N476-544 aa
PF13041.13PPR_2495-541 aa
PF23276.3TPR_24511-575 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_021152PF29070.1MSC6_N1142431.2e-1455.0
LXL04_021152PF23276.3TPR_243404865.3e-1865.9
LXL04_021152PF17177.11PPR_long4415435e-1246.4
LXL04_021152PF29070.1MSC6_N4765441.2e-1455.0
LXL04_021152PF13041.13PPR_24955411.5e-2486.5
LXL04_021152PF23276.3TPR_245115755.3e-1865.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FZD1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g26460, mitochondrial60.995%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q3EDF8拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g0990020.650%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SNB7拟南芥Protein LOW PHOTOSYNTHETIC EFFICIENCY 1, chloroplastic21.903%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FLL3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g41170, mitochondrial22.654%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9M907拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g0692021.478%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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