LXL04_021138 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_021138

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 122217068-122218345 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

846 bp · LXL04_021138|LXL04_021138|OH1004|cDNA

ATGTTTGGGTTCAGAAGACAGGCTCCACCTCCTGCCAAACCCGCAGAACCAGAAGCCGATAAGAAAGAAGCCGATAAAAAAGACGCAACTAAAAAAGACGCACCTGCTAAAAAGACATCAGAAGCAGCACACCATGATAAAAAAAGCAACCCCATTAACGACGACGACGACGACGATGATTTCTTCGGAAAAGGGAAAACACAAATCAAGAAAAAAAGTAAAGCTGAGCTGGACAACATGTCGAATCAGGAGTTAGAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · LXL04_021138|LXL04_021138|OH1004|CDS

ATGTTTGGGTTCAGAAGACAGGCTCCACCTCCTGCCAAACCCGCAGAACCAGAAGCCGATAAGAAAGAAGCCGATAAAAAAGACGCAACTAAAAAAGACGCACCTGCTAAAAAGACATCAGAAGCAGCACACCATGATAAAAAAAGCAACCCCATTAACGACGACGACGACGACGATGATTTCTTCGGAAAAGGGAAAACACAAATCAAGAAAAAAAGTAAAGCTGAGCTGGACAACATGTCGAATCAGGAGTTAGAGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · LXL04_021138|LXL04_021138|OH1004|PROTEIN

MFGFRRQAPPPAKPAEPEADKKEADKKDATKKDAPAKKTSEAAHHDKKSNPINDDDDDDDFFGKGKTQIKKKSKAELDNMSNQELEHYAVDQAQDTTKSVNNALKIAEDIKSDAGKTLDTLHAQGEQIHRTHEKAADMEKDLSRGEKILGSLGGMFSMTWKPKKGKEVKGPEPLDNKADKKASKEQREKLLEKDKKGKKDNKKGHAEPKNAMQKVEAEKEKQDEALDDLSDILGDLKGMATEMGSELDRQNKALDDLSDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_021138`
TK1151 ID	TkA05G355790
OH-1004 ID	LXL04_021138
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_021138

位置 Chr04:122217068-122218345 (-)

描述 Similar to SNAP30: Putative SNAP25 homologous protein SNAP30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13890`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At5g61210`	t-SNARE，参与多种囊泡运输和膜融合过程，包括细胞板形成。	暂无已核实直接文献
`At5g07880`	SNAREs，可溶性 N-乙基马来酰亚胺敏感因子结合蛋白受体，是细胞膜融合的必需蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0437200`	t-SNARE 参与多种囊泡运输和膜融合过程（可能）。	OsSYP121 Accumulates at Fungal Penetration Sites and Mediates Host Resistance to Rice Blast.2019 · DOI: 10.1104/pp.18.01013

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0016197 endosomal transport 生物过程

GO:0031340 positive regulation of vesicle fusion 生物过程

GO:0035493 SNARE complex assembly 生物过程

GO:0046887 positive regulation of hormone secretion 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13890

ath:AT5G07880

ath:AT5G61210

dosa:Os02g0437200

osa:4329226

rno:25012

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.519

排名 1 · LXL04_021138 · OH-1004

细胞质0.433

排名 2 · LXL04_021138 · OH-1004

细胞核0.174

排名 3 · LXL04_021138 · OH-1004

细胞外0.044

排名 4 · LXL04_021138 · OH-1004

高尔基体0.044

排名 5 · LXL04_021138 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12352.14V-SNARE_C94-151 aa

PF05739.27SNARE218-278 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_021138	`PF12352.14`	V-SNARE_C	94	151	7.8e-06	26.8
LXL04_021138	`PF05739.27`	SNARE	218	278	3e-12	46.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LMG8`	拟南芥	Putative SNAP25 homologous protein SNAP30	58.190%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S7P9`	拟南芥	SNAP25 homologous protein SNAP33	56.250%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SD96`	拟南芥	SNAP25 homologous protein SNAP29	50.725%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0E1I7`	水稻	SNAP25 homologous protein SNAP32	51.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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