LXL04_019065 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_019065

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 23017119-23026242 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3840 bp · LXL04_019065|LXL04_019065|OH1004|cDNA

ATGGTGCCCATCGAGCACAACAAGATCGGCCTTTCCCTTCTAATACTCTTCTGCATTTTAACCCAAGATTATTGTGCACATTCCATTCCATTAGAAAACCAAAATATCAACGTAAATAACAATATTGCACTAGATATTGGATTCATTGTAGATATGGAGTCATGGGTAGGGAAGTCCATTCACCAGTGCATTACCATGGCGATATCTAACTTTTATGCTCTTAATCCAAGTTACAAAACAAGGATAGTTGTACACACTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

3840 bp · LXL04_019065|LXL04_019065|OH1004|CDS

ATGGTGCCCATCGAGCACAACAAGATCGGCCTTTCCCTTCTAATACTCTTCTGCATTTTAACCCAAGATTATTGTGCACATTCCATTCCATTAGAAAACCAAAATATCAACGTAAATAACAATATTGCACTAGATATTGGATTCATTGTAGATATGGAGTCATGGGTAGGGAAGTCCATTCACCAGTGCATTACCATGGCGATATCTAACTTTTATGCTCTTAATCCAAGTTACAAAACAAGGATAGTTGTACACACTAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1279 aa · LXL04_019065|LXL04_019065|OH1004|PROTEIN

MVPIEHNKIGLSLLILFCILTQDYCAHSIPLENQNINVNNNIALDIGFIVDMESWVGKSIHQCITMAISNFYALNPSYKTRIVVHTRDSKGDLVKVLSAVDDLLKNVKVQAIIGPEIFLQSKLLSMFADKAKVPIFSFSSRSSKEFPYLFQIKSEESTMAKSIAALVESYKWRNVIFIHEDTDDGREILPYLVESFQENNIQISYISAISSSATLDEITDELTKLINYETTIIIVHMSPSLASNLLLNAKRLGMVTEEYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_019065`
TK1151 ID	TkA05G015890
OH-1004 ID	LXL04_019065
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	92.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.663 / OH-1004 27.052 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_019065

位置 Chr04:23017119-23026242 (-)

描述 Similar to GLR1.3: Glutamate receptor 1.3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48410`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g48400`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g07520`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	Arabidopsis thaliana glutamate receptor ion channel function demonstrated by ion pore transplantation.2008 · DOI: 10.1016/j.jmb.2008.06.076
`At2g29120`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g29110`	谷氨酸门控受体，可能作为非选择性阳离子通道发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019065 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019722 calcium-mediated signaling 生物过程

GO:0030003 intracellular monoatomic cation homeostasis 生物过程

GO:0071230 cellular response to amino acid stimulus 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005261 monoatomic cation channel activity 分子功能

GO:0005262 calcium channel activity 分子功能

GO:0008066 glutamate receptor activity 分子功能

GO:0015276 ligand-gated monoatomic ion channel activity 分子功能

GO:0038023 signaling receptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07520

ath:AT5G48400

ath:AT5G48410

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.663

排名 1 · LXL04_019065 · OH-1004

细胞外0.095

排名 2 · LXL04_019065 · OH-1004

细胞质0.088

排名 3 · LXL04_019065 · OH-1004

内质网0.085

排名 4 · LXL04_019065 · OH-1004

溶酶体／液泡0.050

排名 5 · LXL04_019065 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13458.13Peripla_BP_646-368 aa

PF01094.35ANF_receptor62-385 aa

PF10613.15Lig_chan-Glu_bd446-545 aa

PF00497.26SBP_bac_3465-741 aa

PF00060.33Lig_chan583-771 aa

PF13458.13Peripla_BP_6808-1114 aa

PF01094.35ANF_receptor817-1125 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_019065	`PF13458.13`	Peripla_BP_6	46	368	4.9e-23	83.0
LXL04_019065	`PF01094.35`	ANF_receptor	62	385	2.3e-120	402.6
LXL04_019065	`PF10613.15`	Lig_chan-Glu_bd	446	545	1.3e-07	32.4
LXL04_019065	`PF00497.26`	SBP_bac_3	465	741	1.5e-14	54.6
LXL04_019065	`PF00060.33`	Lig_chan	583	771	5.5e-11	43.2
LXL04_019065	`PF13458.13`	Peripla_BP_6	808	1114	4.9e-23	83.0
LXL04_019065	`PF01094.35`	ANF_receptor	817	1125	2.3e-120	402.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FH75`	拟南芥	Glutamate receptor 1.3	35.088%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LV72`	拟南芥	Glutamate receptor 1.2	35.088%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LGN1`	拟南芥	Glutamate receptor 1.4	36.454%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LGN0`	拟南芥	Glutamate receptor 2.7	34.601%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5V5`	拟南芥	Glutamate receptor 2.8	35.810%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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