LXL04_018826 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018826

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 18784123-18791084 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1950 bp · LXL04_018826|LXL04_018826|OH1004|cDNA

ATGTCAGGTAATTCACCGGAGGGGACGACCGCCTCCAGTCGCCGGAGTACCGTCCGCGTCGTAGTTGTCGGTGATCACGCGACTGGTAAATCAAGCCTAATCGCCGCAGCTGCCTCCGATATTTTTCCCGAAAATGTTCCACTTGTTCTTCCTATCACTCTTCTTCCTGCCGATTACTTCCCCGATGGCATTCCCGTCACAATCATTGATACTCCATCCAGTTTGGAAGGTAAAGCTAAGGTAGAGAAAGAACTGAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1950 bp · LXL04_018826|LXL04_018826|OH1004|CDS

ATGTCAGGTAATTCACCGGAGGGGACGACCGCCTCCAGTCGCCGGAGTACCGTCCGCGTCGTAGTTGTCGGTGATCACGCGACTGGTAAATCAAGCCTAATCGCCGCAGCTGCCTCCGATATTTTTCCCGAAAATGTTCCACTTGTTCTTCCTATCACTCTTCTTCCTGCCGATTACTTCCCCGATGGCATTCCCGTCACAATCATTGATACTCCATCCAGTTTGGAAGGTAAAGCTAAGGTAGAGAAAGAACTGAAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

649 aa · LXL04_018826|LXL04_018826|OH1004|PROTEIN

MSGNSPEGTTASSRRSTVRVVVVGDHATGKSSLIAAAASDIFPENVPLVLPITLLPADYFPDGIPVTIIDTPSSLEGKAKVEKELKRADAIVLTYACDQPETLTRLQNFWLPEIRRLKVKIPVIVVGCKLDLRDEHYPINLELVMGPIMQQFREIETCIECSAANLVQVVEVFYYAQKAVLHPTAPLFDQESQTLQPRCIRALKRIFLLCDQDMDSALNDHELNEFQVKCFNAPLQPSEIVDVKRVVREKIPDGVNRLGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018826`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018826

位置 Chr04:18784123-18791084 (-)

描述 Similar to MIRO2: Mitochondrial Rho GTPase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g63150`	钙结合线粒体GTP酶，参与盐胁迫响应期间的钙信号传导。	Arabidopsis thaliana MIRO1 and MIRO2 GTPases are unequally redundant in pollen tube growth and fusion of polar nuclei during female gametogenesis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0018530
`At5g27540`	线粒体 GTP 酶需要维持线粒体的正常发育、形态和细胞内分布，而这对于胚胎细胞分裂、单倍体雄性和雌性配子的发育以及花粉管生长的进展至关重要。	EMB2473/MIRO1, an Arabidopsis Miro GTPase, is required for embryogenesis and influences mitochondrial morphology in pollen.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.055756 MIRO1 influences the morphology and intracellular distribution of mitochondria during embryonic cell division in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1007/s00299-010-0926-5 Arabidopsis thaliana MIRO1 and MIRO2 GTPases are unequally redundant in pollen tube growth and fusion of polar nuclei during female gametogenesis.2011 · DOI: 10.1371/journal.pone.0018530
`At3g05310`	线粒体 GTP 酶，可能参与线粒体发育。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018826 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000001 mitochondrion inheritance 生物过程

GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010821 regulation of mitochondrion organization 生物过程

GO:0015886 heme transport 生物过程

GO:0055091 phospholipid homeostasis 生物过程

GO:1990456 mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05310

ath:AT3G63150

ath:AT5G27540

cnb:CNBF0860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.349

排名 1 · LXL04_018826 · OH-1004

细胞膜0.223

排名 2 · LXL04_018826 · OH-1004

线粒体0.202

排名 3 · LXL04_018826 · OH-1004

细胞核0.170

排名 4 · LXL04_018826 · OH-1004

高尔基体0.114

排名 5 · LXL04_018826 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00071.29Ras19-180 aa

PF08477.20Roc19-131 aa

PF01926.30MMR_HSR119-125 aa

PF08356.19EF_assoc_2234-318 aa

PF08355.18EF_assoc_1355-422 aa

PF00071.29Ras432-592 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018826	`PF00071.29`	Ras	19	180	4e-20	72.7
LXL04_018826	`PF08477.20`	Roc	19	131	2.4e-10	41.4
LXL04_018826	`PF01926.30`	MMR_HSR1	19	125	3.2e-08	34.4
LXL04_018826	`PF08356.19`	EF_assoc_2	234	318	2.9e-29	101.6
LXL04_018826	`PF08355.18`	EF_assoc_1	355	422	1.7e-20	73.1
LXL04_018826	`PF00071.29`	Ras	432	592	4e-20	72.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J0W4`	拟南芥	Mitochondrial Rho GTPase 2	60.031%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RXF8`	拟南芥	Mitochondrial Rho GTPase 1	62.025%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9MA88`	拟南芥	Mitochondrial Rho GTPase 3	50.078%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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