LXL04_018525 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018525

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 14267297-14270599 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1516 bp · LXL04_018525|LXL04_018525|OH1004|cDNA

CCAAACCCTAAACCACTGATCGCTACTGTATTCATCATCTTCTCATCATCGTCAAGCAATCATGGGTTCAGGTGAGGTTAAGCTTCATGATTTCTTACTTACGGGTTCAATTTCAGCCACTCAAATCATCCATCTGCAGAAACGCACCGATGCGAAGTGTTTATTGCTTAAGCATGTACTTACaattctctttctctctcattTAGATGCAGACATGGAGGATTATGGATTTGAGTACTccgaggaggaacctgaagagC...

CDS

下载 CDS FASTA

1491 bp · LXL04_018525|LXL04_018525|OH1004|CDS

CTGTATTCATCATCTTCTCATCATCGTCAAGCAATCATGGGTTCAGGTGAGGTTAAGCTTCATGATTTCTTACTTACGGGTTCAATTTCAGCCACTCAAATCATCCATCTGCAGAAACGCACCGATGCGAAGTGTTTATTGCTTAAGCATGTACTTACAATTCTCTTTCTCTCTCATTTAGATGCAGACATGGAGGATTATGGATTTGAGTACTCCGAGGAGGAACCTGAAGAGCAAGATGTCGACATTGAAAATCAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

496 aa · LXL04_018525|LXL04_018525|OH1004|PROTEIN

MYSSSSHHRQAIMGSGEVKLHDFLLTGSISATQIIHLQKRTDAKCLLLKHVLTILFLSHLDADMEDYGFEYSEEEPEEQDVDIENQYYNSKGLVETDPEGALTGFAEVVQMEPEKAEWGFKALKQTVKLYYRLGRYKEMTEAYREMLTYIKSAVTRNYSEKCINNIMDFVSGSASQNFGLLQEFYQTTLKALEEAKNERLWFKTNLKLCKIWFDMGEYGRMNKILKELHKSCQKADGSDDQKKGTQLLEVYAIEIQMYTE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018525`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018525

位置 Chr04:14267297-14270599 (+)

描述 Similar to CSN2: COP9 signalosome complex subunit 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26990`	COP9 信号体复合物的组成部分，该复合物参与各种细胞和发育过程，例如光形态发生以及生长素和茉莉酸反应。	Characterization of the last subunit of the Arabidopsis COP9 signalosome: implications for the overall structure and origin of the complex.2003 · DOI: 10.1105/tpc.009092

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018525 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000338 protein deneddylation 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0045116 protein neddylation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:2000434 regulation of protein neddylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26990

hsa:9318

mmu:12848

rno:261736

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.549

排名 1 · LXL04_018525 · OH-1004

细胞质0.518

排名 2 · LXL04_018525 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_018525 · OH-1004

内质网0.067

排名 4 · LXL04_018525 · OH-1004

高尔基体0.066

排名 5 · LXL04_018525 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01399.34PCI383-463 aa

PF25983.1COPS2_C471-495 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018525	`PF01399.34`	PCI	383	463	1.3e-23	83.7
LXL04_018525	`PF25983.1`	COPS2_C	471	495	4.8e-13	49.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W207`	拟南芥	COP9 signalosome complex subunit 2	86.437%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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