LXL04_018264 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_018264

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 10050151-10054763 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2112 bp · LXL04_018264|LXL04_018264|OH1004|cDNA

ATGGAGGACAGAAAAGCCAACATCATCGCTGTTTCTTCAGTCATCTTCCTCATCGGTGTCATCATCGTCGCCCGAGTAGTTCTAGATCTAAAAAGATCATTTTTCCTAATCGTCGGCGCCGCCGTTGCTGCTATTCTGCCAATCATTGCTTTCTACTTCATCCGGCGGCATCTCAGCCACAGACGTACGATGATGGAGACTAGACTTGCATCGGAAGGAAAAGAGCTCCGAATCGAGTACAGCTTTCTCCGGAAAGTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2112 bp · LXL04_018264|LXL04_018264|OH1004|CDS

ATGGAGGACAGAAAAGCCAACATCATCGCTGTTTCTTCAGTCATCTTCCTCATCGGTGTCATCATCGTCGCCCGAGTAGTTCTAGATCTAAAAAGATCATTTTTCCTAATCGTCGGCGCCGCCGTTGCTGCTATTCTGCCAATCATTGCTTTCTACTTCATCCGGCGGCATCTCAGCCACAGACGTACGATGATGGAGACTAGACTTGCATCGGAAGGAAAAGAGCTCCGAATCGAGTACAGCTTTCTCCGGAAAGTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

703 aa · LXL04_018264|LXL04_018264|OH1004|PROTEIN

MEDRKANIIAVSSVIFLIGVIIVARVVLDLKRSFFLIVGAAVAAILPIIAFYFIRRHLSHRRTMMETRLASEGKELRIEYSFLRKVAGLPTKFRYKELEEITDNWKSLIGRGASASVFKGITKDGTAVAVKRIQHEEERGEKEFRSEIAAIASVQHVNLVRLFGYCIHNNLRFLVYEFIPNGSLANWIFSRPRLTARGCESSGGCLSWGLRSAVALDVAKALAYLHHDCRSRVLHLDVKPENILLDENHRAIVSDFGLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_018264`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_018264

位置 Chr04:10050151-10054763 (+)

描述 Similar to At5g20050: Probable receptor-like protein kinase At5g20050

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20050`	可能的受体样蛋白激酶At5g20050。	暂无已核实直接文献
`At4g32300`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶SD2-5。	暂无已核实直接文献
`At5g24080`	G型凝集素S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g24080。	暂无已核实直接文献
`At1g34300`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g34300。	暂无已核实直接文献
`At5g35370`	G型凝集素S-受体类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g35370。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018264 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34300

ath:AT4G32300

ath:AT5G20050

ath:AT5G24080

ath:AT5G35370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.551

排名 1 · LXL04_018264 · OH-1004

细胞质0.227

排名 2 · LXL04_018264 · OH-1004

细胞核0.209

排名 3 · LXL04_018264 · OH-1004

内质网0.080

排名 4 · LXL04_018264 · OH-1004

质体0.045

排名 5 · LXL04_018264 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase106-390 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr106-389 aa

PF02230.23Abhydrolase_2473-694 aa

PF12697.14Abhydrolase_6485-594 aa

PF03959.20FSH1530-652 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_018264	`PF00069.32`	Pkinase	106	390	2.6e-44	152.3
LXL04_018264	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	106	389	7.1e-37	127.8
LXL04_018264	`PF02230.23`	Abhydrolase_2	473	694	5.4e-40	138.3
LXL04_018264	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	485	594	8.6e-06	27.2
LXL04_018264	`PF03959.20`	FSH1	530	652	2e-07	31.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94C25`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g20050	60.442%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8RWZ5`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SD2-5	44.350%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLV4`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g24080	40.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XID3`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g34300	42.470%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O65238`	拟南芥	G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g35370	39.943%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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