LXL04_017720 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017720

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 326297-330592 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2535 bp · LXL04_017720|LXL04_017720|OH1004|cDNA

ATGAAGGGGGTGGATCTTGAGAGCGTTGAGATCGACCCTATGGACCAaaaatcttttgcaacaaatGTAAAAGATCGAGCATCAAAACGTGTCGACAATGGAGGCAAGCCAGGCGGTTTGTTACCAATGTTGAGCCGCAACTCCAGTAAGGCAAAATCTAACACAAAAAAGGCGCCCACTACTGGTGGGGCCCCTAAGATGGGACGAACAACCTCAAGCGCAGCCAAAGGGCTTAACAGCTTGCGGTTTCTTGATAGGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2535 bp · LXL04_017720|LXL04_017720|OH1004|CDS

ATGAAGGGGGTGGATCTTGAGAGCGTTGAGATCGACCCTATGGACCAAAAATCTTTTGCAACAAATGTAAAAGATCGAGCATCAAAACGTGTCGACAATGGAGGCAAGCCAGGCGGTTTGTTACCAATGTTGAGCCGCAACTCCAGTAAGGCAAAATCTAACACAAAAAAGGCGCCCACTACTGGTGGGGCCCCTAAGATGGGACGAACAACCTCAAGCGCAGCCAAAGGGCTTAACAGCTTGCGGTTTCTTGATAGGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

844 aa · LXL04_017720|LXL04_017720|OH1004|PROTEIN

MKGVDLESVEIDPMDQKSFATNVKDRASKRVDNGGKPGGLLPMLSRNSSKAKSNTKKAPTTGGAPKMGRTTSSAAKGLNSLRFLDRTVTGKEGDAWRAIERRFNQFSVDGKLPRDKFGICVGMGDSIEFAGELYDAMSRRRNIDGEIGLTKDQVRSFWEEMTKKDLDARLSIFFDMCDKNGDGILSEDEVKEVLIMSASANKLSNFKNQAGTYAALIMDELDPDHRGYIEMWQLEILLTGMVSNDQTKPQLTNIKKKNED...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017720`
TK1151 ID	TkA08G054080
OH-1004 ID	LXL04_017720
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.820 / OH-1004 39.692 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017720

位置 Chr04:326297-330592 (+)

描述 Similar to RBOHH: Putative respiratory burst oxidase homolog protein H

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60010`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	暂无已核实直接文献
`At3g45810`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	暂无已核实直接文献
`At1g64060`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Arabidopsis gp91phox homologues AtrbohD and AtrbohF are required for accumulation of reactive oxygen intermediates in the plant defense response.2002 · DOI: 10.1073/pnas.012452499 NADPH oxidase AtrbohD and AtrbohF genes function in ROS-dependent ABA signaling in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg277 Extracellular ATP induces the accumulation of superoxide via NADPH oxidases in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.073072 Ethylene-induced stomatal closure in Arabidopsis occurs via AtrbohF-mediated hydrogen peroxide synthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02842.x
`At5g51060`	钙依赖性 NADPH 氧化酶，可产生超氧化物。	Reactive oxygen species produced by NADPH oxidase regulate plant cell growth.2003 · DOI: 10.1038/nature01485 Hydrogen peroxide mediates plant root cell response to nutrient deprivation.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0401707101

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017720 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002679 respiratory burst involved in defense response 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007231 osmosensory signaling pathway 生物过程

GO:0009060 aerobic respiration 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0033198 response to ATP 生物过程

GO:0033500 carbohydrate homeostasis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G64060

ath:AT3G45810

ath:AT5G51060

ath:AT5G60010

sot:102603596

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.840

排名 1 · LXL04_017720 · OH-1004

细胞质0.115

排名 2 · LXL04_017720 · OH-1004

内质网0.090

排名 3 · LXL04_017720 · OH-1004

细胞核0.036

排名 4 · LXL04_017720 · OH-1004

高尔基体0.035

排名 5 · LXL04_017720 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08414.17NADPH_Ox66-168 aa

PF13499.13EF-hand_7172-230 aa

PF01794.26Ferric_reduct345-489 aa

PF08022.19FAD_binding_8531-665 aa

PF08030.18NAD_binding_6671-825 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017720	`PF08414.17`	NADPH_Ox	66	168	9.2e-32	110.1
LXL04_017720	`PF13499.13`	EF-hand_7	172	230	2.7e-06	28.4
LXL04_017720	`PF01794.26`	Ferric_reduct	345	489	7.7e-10	39.6
LXL04_017720	`PF08022.19`	FAD_binding_8	531	665	5.5e-28	97.9
LXL04_017720	`PF08030.18`	NAD_binding_6	671	825	2.5e-44	151.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJD6`	拟南芥	Putative respiratory burst oxidase homolog protein H	57.835%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LZU9`	拟南芥	Putative respiratory burst oxidase homolog protein J	55.434%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48538`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein F	47.958%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81210`	拟南芥	Respiratory burst oxidase homolog protein C	49.377%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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