LXL04_017591 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017591

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 154505972-154509012 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1461 bp · LXL04_017591|LXL04_017591|OH1004|cDNA

ATGACGTGTACTAATTTCATTGGTGAAAACACGTATCTCCCGTCCACGGTATCAAACACAAGAAGGGGTTTTTCTACTCTGCACCCGCAAGGTTTCTTCGTTTTCCGTTCGTCACTTCACCACTGTGTGTTTAAAAGCATGAATCGCTCGGGAAAAGTGTTGATCTTGATTTCTTTCTTCTTGTTATCAGCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCCAGTGGTTCAGCTCACTCCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1461 bp · LXL04_017591|LXL04_017591|OH1004|CDS

ATGACGTGTACTAATTTCATTGGTGAAAACACGTATCTCCCGTCCACGGTATCAAACACAAGAAGGGGTTTTTCTACTCTGCACCCGCAAGGTTTCTTCGTTTTCCGTTCGTCACTTCACCACTGTGTGTTTAAAAGCATGAATCGCTCGGGAAAAGTGTTGATCTTGATTTCTTTCTTCTTGTTATCAGCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCCAGTGGTTCAGCTCACTCCATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

486 aa · LXL04_017591|LXL04_017591|OH1004|PROTEIN

MTCTNFIGENTYLPSTVSNTRRGFSTLHPQGFFVFRSSLHHCVFKSMNRSGKVLILISFFLLSASSNLNLVDAFYGASSPVVQLTPSNFKSKVVNSNSVVLVEFFAPWCGHCQALTPTWEKAASVLKGVATVAAIDADANPSIAQEYGIKGFPTIKVFVPGKPPVDYQGAREAKPIAEFALSQVKALLKDRLSGKTTSSGSSEKKSEPNLSVELTSSNFDETVVRSKDLWVVEFFAPWCGHCKKLAPEWKKAARNLQGKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017591`
TK1151 ID	TkA02G022480
OH-1004 ID	LXL04_017591
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.535 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017591

位置 Chr03:154505972-154509012 (+)

描述 Similar to PDIL2-3: Protein disulfide isomerase-like 2-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04980`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献
`At2g32920`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0451500`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017591 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005793 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04980

ath:AT2G32920

dosa:Os09g0451500

hsa:10130

pon:100173470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.867

排名 1 · LXL04_017591 · OH-1004

细胞质0.109

排名 2 · LXL04_017591 · OH-1004

高尔基体0.076

排名 3 · LXL04_017591 · OH-1004

细胞核0.070

排名 4 · LXL04_017591 · OH-1004

细胞膜0.041

排名 5 · LXL04_017591 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085.27Thioredoxin81-179 aa

PF04756.20OST3_OST6206-298 aa

PF00085.27Thioredoxin212-310 aa

PF13848.13Thioredoxin_6245-432 aa

PF24541.2Thioredox_PDIA6_C319-435 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017591	`PF00085.27`	Thioredoxin	81	179	1e-62	209.3
LXL04_017591	`PF04756.20`	OST3_OST6	206	298	8e-10	39.3
LXL04_017591	`PF00085.27`	Thioredoxin	212	310	1e-62	209.3
LXL04_017591	`PF13848.13`	Thioredoxin_6	245	432	2.5e-11	44.5
LXL04_017591	`PF24541.2`	Thioredox_PDIA6_C	319	435	1.9e-10	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAU6`	拟南芥	Protein disulfide-isomerase like 2-2	74.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O48773`	拟南芥	Protein disulfide-isomerase 2-3	73.697%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67UF5`	水稻	Protein disulfide isomerase-like 2-3	76.627%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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