TkA02G022480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G022480

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 5331976-5335214 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1635 bp · TkA02G022480|TK1151|cDNA

CATTGGTGAAAACACGTATCTCCCGTCCACGGTATCAAACACAAGAAGGGGTTTTTCTACTCTGCACCCGCAAGGTTTCTTCGTTTTCCGTTCGTCACTTCACCACTGTGTGTTTAGTTAGTGTAAGAAAGCATGAATCGCTCGGGAAAAGTGTTGATCTTGATTTCTTTCTTCTTGTTATCAGCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCCAGTGGTTCAGCTCACTCCATCAAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · TkA02G022480|TK1151|CDS

ATGAATCGCTCGGGAAAAGTGTTGATCTTGATTTCTTTCTTCTTGTTATCAGCTAGCTCAAATTTAAATCTCGTTGATGCATTCTACGGAGCATCATCGCCAGTGGTTCAGCTCACTCCATCAAATTTCAAGTCTAAGGTTGTAAATTCAAACAGTGTTGTCCTAGTTGAATTCTTTGCACCATGGTGTGGTCACTGTCAAGCTTTAACACCAACATGGGAAAAAGCAGCTTCAGTTTTGAAAGGTGTAGCAACCGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

440 aa · TkA02G022480|TK1151|PROTEIN

MNRSGKVLILISFFLLSASSNLNLVDAFYGASSPVVQLTPSNFKSKVVNSNSVVLVEFFAPWCGHCQALTPTWEKAASVLKGVATVAAIDADANPSIAQEYGIKGFPTIKVFVPGKPPVDYQGAREAKPIAEFALSQVKALLKDRLSGKTTSSGSSEKKSEPNLSVELTSSNFDETVVKSKDLWVVEFFAPWCGHCKKLAPEWKKAARNLQGKVKLGHVNCDDEKSLMSRFKVQGFPTILVFGADKESPVPYEGARTASA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G022480`
TK1151 ID	TkA02G022480
OH-1004 ID	LXL04_017591
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 90.535 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G022480

位置 Chr02:5331976-5335214 (-)

描述 Similar to PDIL2-3: Protein disulfide isomerase-like 2-3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04980`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献
`At2g32920`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0451500`	作为蛋白质折叠催化剂，与新生多肽相互作用，催化二硫键的形成、异构化以及还原或氧化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017591 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005788 endoplasmic reticulum lumen 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005793 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04980

ath:AT2G32920

dosa:Os09g0451500

hsa:10130

pon:100173470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.898

排名 1 · TkA02G022480 · TK1151

细胞质0.106

排名 2 · TkA02G022480 · TK1151

细胞核0.059

排名 3 · TkA02G022480 · TK1151

高尔基体0.056

排名 4 · TkA02G022480 · TK1151

线粒体0.039

排名 5 · TkA02G022480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04756OST3_OST633-131 aa

PF00085Thioredoxin35-133 aa

PF26981Thioredoxin-like_PDI35-71 aa

PF20207PedC-like38-116 aa

PF08534Redoxin38-94 aa

PF13098Thioredoxin_249-125 aa

PF14595Thioredoxin_949-109 aa

PF00578AhpC-TSA50-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G022480	`PF04756`	OST3_OST6	33	131	3.6e-10	40.5
TkA02G022480	`PF00085`	Thioredoxin	35	133	2.7e-63	211.1
TkA02G022480	`PF26981`	Thioredoxin-like_PDI	35	71	0.0049	17.5
TkA02G022480	`PF20207`	PedC-like	38	116	5.3e-08	33.6
TkA02G022480	`PF08534`	Redoxin	38	94	8.9e-05	23.0
TkA02G022480	`PF13098`	Thioredoxin_2	49	125	7.8e-10	39.8
TkA02G022480	`PF14595`	Thioredoxin_9	49	109	3e-06	27.9
TkA02G022480	`PF00578`	AhpC-TSA	50	95	3e-05	24.7
TkA02G022480	`PF13728`	TraF	50	117	0.0072	16.9
TkA02G022480	`PF13905`	Thioredoxin_8	52	81	7.1e-08	33.5
TkA02G022480	`PF13899`	Thioredoxin_7	52	111	1.5e-05	25.8
TkA02G022480	`PF13462`	Thioredoxin_4	52	73	0.12	13.3
TkA02G022480	`PF01323`	DSBA	55	82	0.34	11.4
TkA02G022480	`PF13192`	Thioredoxin_3	59	109	6.8e-06	26.7
TkA02G022480	`PF26958`	tRNA-like_Thioredoxin-liek	63	112	1.7e-05	25.3
TkA02G022480	`PF13848`	Thioredoxin_6	72	135	1.7e-11	45.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MAU6`	拟南芥	sp\|Q9MAU6\|PDI22_ARATH Protein disulfide-isomerase like 2-2	76.100%	Swiss-Prot	高置信
`O48773`	拟南芥	sp\|O48773\|PDI23_ARATH Protein disulfide-isomerase 2-3	73.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q67UF5`	水稻	sp\|Q67UF5\|PDI23_ORYSJ Protein disulfide isomerase-like 2-3	75.700%	Swiss-Prot	高置信

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