LXL04_016519 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016519

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 125292051-125296497 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2394 bp · LXL04_016519|LXL04_016519|OH1004|cDNA

ATGATAATGGAGCACTCATCTGAATTCGGTTCTTCAGAAGCTTCAATTCGAAACCCTCAACCAATTCCATCGGGCCATGATTCCGGAGTCATAACAGAGGAATGGAAACAGCGACTCCCAAGAAACCACAAAGACGTTGTTACCTTACGACAATGGTTAGATAACAGAAACCAAGTCGTTGATGCCTTTGAATGCTTGCATATATTTATACAAATTGTAGAAATTGTGAATTTATCACATTCGAAAGGAATTGTCGTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2394 bp · LXL04_016519|LXL04_016519|OH1004|CDS

ATGATAATGGAGCACTCATCTGAATTCGGTTCTTCAGAAGCTTCAATTCGAAACCCTCAACCAATTCCATCGGGCCATGATTCCGGAGTCATAACAGAGGAATGGAAACAGCGACTCCCAAGAAACCACAAAGACGTTGTTACCTTACGACAATGGTTAGATAACAGAAACCAAGTCGTTGATGCCTTTGAATGCTTGCATATATTTATACAAATTGTAGAAATTGTGAATTTATCACATTCGAAAGGAATTGTCGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

797 aa · LXL04_016519|LXL04_016519|OH1004|PROTEIN

MIMEHSSEFGSSEASIRNPQPIPSGHDSGVITEEWKQRLPRNHKDVVTLRQWLDNRNQVVDAFECLHIFIQIVEIVNLSHSKGIVVHNLRPSCFTISSLNHISFIEPVSCSDSDSGFTGSLQSGLENLDEDRNQRFQRLQMESNWYTSPEEANGGPSSCASDVYRLGALLFELYCMCSSMEEKKATMSSLRHRVFPPQLLLKWPKEALFCLWLLHPDPASRPKIDEVLKSEFLTGLKENLDERLAAIELKQRIEEQELLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016519`
TK1151 ID	TkA02G130820
OH-1004 ID	LXL04_016519
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.252 / OH-1004 49.937 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016519

位置 Chr03:125292051-125296497 (+)

描述 Similar to SPA3: Protein SPA1-RELATED 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g15354`	光形态发生的阻遏物。	The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
`At1g53090`	光形态发生的阻遏物。	The SPA1-like proteins SPA3 and SPA4 repress photomorphogenesis in the light.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01813.x Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x Arabidopsis SPA proteins regulate photoperiodic flowering and interact with the floral inducer CONSTANS to regulate its stability.2006 · DOI: 10.1242/dev.02481
`UniProt: Q9SYX2`	控制正常光周期开花并调节昼夜节律。	暂无已核实直接文献
`At4g11110`	参与抑制黑暗生长的幼苗的光形态建成。	The SPA quartet: a family of WD-repeat proteins with a central role in suppression of photomorphogenesis in arabidopsis.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.024216 Functional and expression analysis of Arabidopsis SPA genes during seedling photomorphogenesis and adult growth.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02812.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016519 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0048575 short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53090

ath:AT2G46340

ath:AT3G15354

ath:AT4G11110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.467

排名 1 · LXL04_016519 · OH-1004

细胞质0.419

排名 2 · LXL04_016519 · OH-1004

细胞膜0.086

排名 3 · LXL04_016519 · OH-1004

溶酶体／液泡0.069

排名 4 · LXL04_016519 · OH-1004

高尔基体0.061

排名 5 · LXL04_016519 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase49-233 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st430-558 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st435-567 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5436-561 aa

PF24796.2WDR55436-560 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3437-518 aa

PF25391.2WD40_Gbeta437-613 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2446-560 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016519	`PF00069.32`	Pkinase	49	233	1.1e-06	29.0
LXL04_016519	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	430	558	1.7e-08	34.6
LXL04_016519	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	435	567	2e-25	90.3
LXL04_016519	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	436	561	1.7e-26	93.9
LXL04_016519	`PF24796.2`	WDR55	436	560	2.5e-12	47.2
LXL04_016519	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	437	518	1e-22	81.2
LXL04_016519	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	437	613	1.2e-09	38.3
LXL04_016519	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	446	560	2.7e-17	63.7
LXL04_016519	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	448	518	2.6e-12	47.5
LXL04_016519	`PF24805.2`	EIF3I	481	588	6.1e-09	36.2
LXL04_016519	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	484	585	2.8e-24	86.7
LXL04_016519	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	485	739	1e-22	81.2
LXL04_016519	`PF23609.2`	Beta-prop_EIPR1	485	555	1.3e-12	48.5
LXL04_016519	`PF29037.1`	DSE1_N	486	562	4.8e-11	43.1
LXL04_016519	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	489	563	3.7e-25	89.5
LXL04_016519	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	499	570	1e-09	38.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LJR3`	拟南芥	Protein SPA1-RELATED 3	55.690%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94BM7`	拟南芥	Protein SPA1-RELATED 4	58.134%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SYX2`	拟南芥	Protein SUPPRESSOR OF PHYA-105 1	41.763%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9T014`	拟南芥	Protein SPA1-RELATED 2	41.580%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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