LXL04_016442 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016442

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 123480030-123486077 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3351 bp · LXL04_016442|LXL04_016442|OH1004|cDNA

ATGATAGTTCGGAGTTCTTTGGAGGAAATGCTCGACTCTCTCCAGCGGAAAGAGGAGAGCAAGAAGCCAACGGACTTGCCGCCGGCGTTACCTGCACGGCCCGCATCCAAGGCACGTCTTCCTAAGCGTCCGGGTCTGGCCATGTTTGGCGTGTCGACCGAGGTTGGTGACAGAAGGAGGCCAGAGTTTACAAGCAACGGTAGTTTTGGCCGGAAAAAAGTGTTTGAAACGGCTTCATGTGGTGAGTCGCCTTACACCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3351 bp · LXL04_016442|LXL04_016442|OH1004|CDS

ATGATAGTTCGGAGTTCTTTGGAGGAAATGCTCGACTCTCTCCAGCGGAAAGAGGAGAGCAAGAAGCCAACGGACTTGCCGCCGGCGTTACCTGCACGGCCCGCATCCAAGGCACGTCTTCCTAAGCGTCCGGGTCTGGCCATGTTTGGCGTGTCGACCGAGGTTGGTGACAGAAGGAGGCCAGAGTTTACAAGCAACGGTAGTTTTGGCCGGAAAAAAGTGTTTGAAACGGCTTCATGTGGTGAGTCGCCTTACACCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1116 aa · LXL04_016442|LXL04_016442|OH1004|PROTEIN

MIVRSSLEEMLDSLQRKEESKKPTDLPPALPARPASKARLPKRPGLAMFGVSTEVGDRRRPEFTSNGSFGRKKVFETASCGESPYTMVAVDENRLAENGGANLATPLPPSSRSGWDNSIDYYIKKQLRVWCRLQNGFWELGKIQSDFGGKASVILLDGTVMTVSTRDLFPTNTEILDGVNNLVELGYLNEPSVLYNIQYRYQRDVIYTMAGPVLLAINPFKDVSVSGSDLIMAYKEKILDSPHVYKIADVAYTNMMRDGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016442`
TK1151 ID	TkA02G140780
OH-1004 ID	LXL04_016442
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 67.294 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016442

位置 Chr03:123480030-123486077 (-)

描述 Similar to VIII-2: Myosin-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54280`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At4g27370`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At3g19960`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At1g50360`	肌球蛋白重链，参与细胞周期调控的各种细胞器和蛋白质的运输，以实现它们的分隔。	暂无已核实直接文献
`At1g17580`	肌球蛋白重链，是细胞周期调节的各种细胞器和蛋白质分离所需的重链。	Enzymatic activity and motility of recombinant Arabidopsis myosin XI, MYA1.2007 · DOI: 10.1093/pcp/pcm054 A comparative study of the involvement of 17 Arabidopsis myosin family members on the motility of Golgi and other organelles.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136853 Myosin XIK is a major player in cytoplasm dynamics and is regulated by two amino acids in its tail.2012 · DOI: 10.1093/jxb/err265

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016442 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006897 endocytosis 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0030048 actin filament-based movement 生物过程

GO:0048467 gynoecium development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051645 Golgi localization 生物过程

GO:0051646 mitochondrion localization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17580

ath:AT1G50360

ath:AT3G19960

ath:AT4G27370

ath:AT5G54280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583

排名 1 · LXL04_016442 · OH-1004

细胞核0.235

排名 2 · LXL04_016442 · OH-1004

细胞膜0.147

排名 3 · LXL04_016442 · OH-1004

质体0.081

排名 4 · LXL04_016442 · OH-1004

高尔基体0.050

排名 5 · LXL04_016442 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25369.2SH3_VIII-1_N127-170 aa

PF00063.28Myosin_head179-674 aa

PF00063.28Myosin_head678-798 aa

PF00612.34IQ878-896 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016442	`PF25369.2`	SH3_VIII-1_N	127	170	4.3e-15	55.5
LXL04_016442	`PF00063.28`	Myosin_head	179	674	1.8e-190	635.3
LXL04_016442	`PF00063.28`	Myosin_head	678	798	1.8e-190	635.3
LXL04_016442	`PF00612.34`	IQ	878	896	3.5e-08	33.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K0A6`	拟南芥	Myosin-2	48.321%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JIU4`	拟南芥	Myosin-4	47.170%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHE9`	拟南芥	Myosin-1	46.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4I507`	拟南芥	Myosin-3	45.446%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q39160`	拟南芥	Myosin-5	38.129%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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