LXL04_015763 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015763

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 83366145-83368279 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1803 bp · LXL04_015763|LXL04_015763|OH1004|cDNA

ATGGCAAATTACTCCGAACCATCATCGTCCTTAAGCTTTACTTCACCTTCTCATATCTCCAATGGCTCTAATGGCTACCACATATCTTCCTCTTCAATCCCTGAAACACGAACAAATCTCGAAATCATCAGCCTAAACAAACTCAGTACCAACTTAGAAAAGCTCTTGATCCAAACCGATTCCCATTCTGATTCCGATTCCGATTCCGGGTCAAGTTACAGTGATGCAGTGATTGTAGTAGAAGGCAATCATGTAGGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1803 bp · LXL04_015763|LXL04_015763|OH1004|CDS

ATGGCAAATTACTCCGAACCATCATCGTCCTTAAGCTTTACTTCACCTTCTCATATCTCCAATGGCTCTAATGGCTACCACATATCTTCCTCTTCAATCCCTGAAACACGAACAAATCTCGAAATCATCAGCCTAAACAAACTCAGTACCAACTTAGAAAAGCTCTTGATCCAAACCGATTCCCATTCTGATTCCGATTCCGATTCCGGGTCAAGTTACAGTGATGCAGTGATTGTAGTAGAAGGCAATCATGTAGGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

600 aa · LXL04_015763|LXL04_015763|OH1004|PROTEIN

MANYSEPSSSLSFTSPSHISNGSNGYHISSSSIPETRTNLEIISLNKLSTNLEKLLIQTDSHSDSDSDSGSSYSDAVIVVEGNHVGIHRCILAARSKFFSNLFKESNDRVVEDGRLKYIMSEILPFGNVGYDAFLVFLSYLYTGKMKGSPPEVSTCVHGGCPHDACRPAIVFAVELMYASVIFQVPELVSLFQWLIKSFPYETQRRLLNFIEKAFVEDVIPILLVAFHCELTHILTQCIHRVARSDLDDISLEKNLPPEA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015763`
TK1151 ID	TkA02G289000
OH-1004 ID	LXL04_015763
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 80.167 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015763

位置 Chr03:83366145-83368279 (-)

描述 Similar to NPR1: BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45110`	结合水杨酸（SA）的E3泛素蛋白连接酶复合体（CUL3-RBX1-BTB）底物特异性衔接蛋白，响应SA并介导NPR1泛素化及随后的蛋白酶体降解。	Negative regulation of defense responses in Arabidopsis by two NPR1 paralogs.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02903.x NPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants.2012 · DOI: 10.1038/nature11162
`At4g19660`	结合水杨酸（SA）的E3泛素蛋白连接酶复合体（CUL3-RBX1-BTB）底物特异性衔接蛋白，在缺乏SA时介导NPR1泛素化及随后的蛋白酶体降解。	An Arabidopsis NPR1-like gene, NPR4, is required for disease resistance.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02296.x Negative regulation of defense responses in Arabidopsis by two NPR1 paralogs.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02903.x NPR3 and NPR4 are receptors for the immune signal salicylic acid in plants.2012 · DOI: 10.1038/nature11162 Structural basis of salicylic acid perception by Arabidopsis NPR proteins.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2596-y

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0767900`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	Functional analysis of rice NPR1-like genes reveals that OsNPR1/NH1 is the rice orthologue conferring disease resistance with enhanced herbivore susceptibility.2007 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2007.00243.x
`Os03g0667100`	水杨酸（SA）结合的底物特异性适配器，属于E3泛素蛋白连接酶复合物（CUL3-RBX1-BTB），介导目标蛋白的泛素化及随后通过蛋白酶体降解（通过相似性预测）。	Functional analysis of rice NPR1-like genes reveals that OsNPR1/NH1 is the rice orthologue conferring disease resistance with enhanced herbivore susceptibility.2007 · DOI: 10.1111/j.1467-7652.2007.00243.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015763 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009862 systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010112 regulation of systemic acquired resistance 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G19660

ath:AT5G45110

dosa:Os01g0767900

dosa:Os03g0667100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.492

排名 1 · LXL04_015763 · OH-1004

细胞核0.346

排名 2 · LXL04_015763 · OH-1004

细胞膜0.140

排名 3 · LXL04_015763 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_015763 · OH-1004

高尔基体0.077

排名 5 · LXL04_015763 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00651.38BTB71-147 aa

PF11900.15DUF3420246-295 aa

PF12796.14Ank_2295-376 aa

PF13637.13Ank_4323-372 aa

PF13857.13Ank_5338-390 aa

PF12313.14NPR1_like_C394-585 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015763	`PF00651.38`	BTB	71	147	5.2e-11	43.4
LXL04_015763	`PF11900.15`	DUF3420	246	295	1.8e-07	31.9
LXL04_015763	`PF12796.14`	Ank_2	295	376	1.5e-09	39.0
LXL04_015763	`PF13637.13`	Ank_4	323	372	5.4e-07	30.5
LXL04_015763	`PF13857.13`	Ank_5	338	390	7.8e-07	30.1
LXL04_015763	`PF12313.14`	NPR1_like_C	394	585	5.4e-84	281.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L746`	拟南芥	Regulatory protein NPR3	56.204%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5ICL9`	拟南芥	Regulatory protein NPR4	53.628%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JJ01`	水稻	BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR2	54.659%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q75HA6`	水稻	BTB/POZ domain and ankyrin repeat-containing protein NPR3	47.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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