LXL04_015311 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015311

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 68317570-68320069 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2001 bp · LXL04_015311|LXL04_015311|OH1004|cDNA

ATGCAAACCACTGgatcaagaacaacaactcaaAGAAGAAGACCAATCTCTCTAATGGGTAGAAAAATCAAAGCCAAACAAAAACAGCAATCGGTGAACAAAACAGGTAATCAAGTAGAATCCATTACCCAGGAAACAAAGATGATCAATACTTCAAGTCTCAGTAACAAATATCAGCCAAGACTCTTCCAAGAGATTGTGGGGCATAGTATTGTAATCAAAACCCTTTCTAACGCCATCCAGAAGAAAAAAATCGCGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2001 bp · LXL04_015311|LXL04_015311|OH1004|CDS

ATGCAAACCACTGGATCAAGAACAACAACTCAAAGAAGAAGACCAATCTCTCTAATGGGTAGAAAAATCAAAGCCAAACAAAAACAGCAATCGGTGAACAAAACAGGTAATCAAGTAGAATCCATTACCCAGGAAACAAAGATGATCAATACTTCAAGTCTCAGTAACAAATATCAGCCAAGACTCTTCCAAGAGATTGTGGGGCATAGTATTGTAATCAAAACCCTTTCTAACGCCATCCAGAAGAAAAAAATCGCGCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

666 aa · LXL04_015311|LXL04_015311|OH1004|PROTEIN

MQTTGSRTTTQRRRPISLMGRKIKAKQKQQSVNKTGNQVESITQETKMINTSSLSNKYQPRLFQEIVGHSIVIKTLSNAIQKKKIAPLYLFHGPTGTGKTSTARVFAMALNCESTFHNTKPCCSCKGCSRSLYTMDLCSANGFGKIKTILHNTSFAQAIPGMKVFIIEECQLLTMDTWDELMRLVEGPYASNLVFLLITTDANSIAGNISSRCHKFCFKKLKDEDVAEKISRILVHERLGIETEALKLIVAKSEGSLRDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015311`
TK1151 ID	TkA02G347360
OH-1004 ID	LXL04_015311
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 91.742 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015311

位置 Chr03:68317570-68320069 (+)

描述 Similar to At5g45720: Protein STICHEL-like 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45720`	类 STICHEL 蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At4g18820`	STICHEL样蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At1g14460`	类STICHEL蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At2g02480`	通过一种与内重复无关的途径，作为毛状体分枝的关键调控因子。	暂无已核实直接文献
`At4g24790`	STICHEL样蛋白2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005663 DNA replication factor C complex 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009360 DNA polymerase III complex 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14460

ath:AT2G02480

ath:AT4G18820

ath:AT4G24790

ath:AT5G45720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.698

排名 1 · LXL04_015311 · OH-1004

细胞质0.214

排名 2 · LXL04_015311 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 3 · LXL04_015311 · OH-1004

质体0.046

排名 4 · LXL04_015311 · OH-1004

内质网0.031

排名 5 · LXL04_015311 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13177.13DNA_pol3_delta269-221 aa

PF00004.36AAA89-218 aa

PF22608.3DNAX_ATPase_lid226-266 aa

PF23007.2DnaA_N-like_STI435-513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015311	`PF13177.13`	DNA_pol3_delta2	69	221	6.3e-21	75.8
LXL04_015311	`PF00004.36`	AAA	89	218	1.7e-06	29.2
LXL04_015311	`PF22608.3`	DNAX_ATPase_lid	226	266	2.8e-07	30.9
LXL04_015311	`PF23007.2`	DnaA_N-like_STI	435	513	1.2e-16	61.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KEM0`	拟南芥	Protein STICHEL-like 4	35.908%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JRP0`	拟南芥	Protein STICHEL-like 3	34.362%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4HW65`	拟南芥	Protein STICHEL-like 1	40.576%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O64728`	拟南芥	Protein STICHEL	39.250%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JRP8`	拟南芥	Protein STICHEL-like 2	32.465%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情