LXL04_015043 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015043

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 62423138-62426565 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1479 bp · LXL04_015043|LXL04_015043|OH1004|cDNA

ATGGCTACTGTCGTTAATGGAGAAGAACGCGAGATTCAGAAGAATTACTGGGTGGAACACTCTGTCGACCTTACAGTTGAGGCTATGATGCTTGATTCTATGGCATCTGATCTTGACAAAGAAGAACGCCCTGAGGTACTGTCACTACTCCCACCTTATGAAGGAAAAACCGTTCTTGAACTAGGAGCTGGAATTGGTCGTTTTACTGGTGAACTAGTCAAAAAGGCTGGAAAGGTCATAGCCCTTGATTTCATTGAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1479 bp · LXL04_015043|LXL04_015043|OH1004|CDS

ATGGCTACTGTCGTTAATGGAGAAGAACGCGAGATTCAGAAGAATTACTGGGTGGAACACTCTGTCGACCTTACAGTTGAGGCTATGATGCTTGATTCTATGGCATCTGATCTTGACAAAGAAGAACGCCCTGAGGTACTGTCACTACTCCCACCTTATGAAGGAAAAACCGTTCTTGAACTAGGAGCTGGAATTGGTCGTTTTACTGGTGAACTAGTCAAAAAGGCTGGAAAGGTCATAGCCCTTGATTTCATTGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

492 aa · LXL04_015043|LXL04_015043|OH1004|PROTEIN

MATVVNGEEREIQKNYWVEHSVDLTVEAMMLDSMASDLDKEERPEVLSLLPPYEGKTVLELGAGIGRFTGELVKKAGKVIALDFIESVVKKNESNNGHHKNVEFMCADVTSPDLKFEAESIDLIFSNWLLMYLSDKEVENIAERLLKWVKVGGHIFFRESCFHQSGDHKRKSNPTHYREPRFYTKVFKECHVSNESGNSYELSLVGSKCIGAYVRNKKNQNQICWIWQKVNAEDDKGFQKFLDNVQYKSSGILRYERIFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015043`
TK1151 ID	TkA02G372710
OH-1004 ID	LXL04_015043
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015043

位置 Chr03:62423138-62426565 (-)

描述 Similar to NMT1: Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18000`	参与磷酸胆碱生物合成。	The xipotl mutant of Arabidopsis reveals a critical role for phospholipid metabolism in root system development and epidermal cell integrity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.103.018648 NMT1 and NMT3 N -Methyltransferase Activity Is Critical to Lipid Homeostasis, Morphogenesis, and Reproduction.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00457 Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1 contributes to maintenance of root apical meristem by affecting ROS and auxin-regulated cell differentiation in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1111/nph.16028
`At1g73600`	参与磷酸胆碱生物合成。	NMT1 and NMT3 N -Methyltransferase Activity Is Critical to Lipid Homeostasis, Morphogenesis, and Reproduction.2018 · DOI: 10.1104/pp.18.00457
`At1g48600`	催化磷酸单甲基乙醇胺和磷酸二甲基乙醇胺的 N-甲基化，这是将磷酸单乙醇胺转化为磷酸胆碱所需的两个甲基化步骤。	Identification of phosphomethylethanolamine N-methyltransferase from Arabidopsis and its role in choline and phospholipid metabolism.2010 · DOI: 10.1074/jbc.m110.112151

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015043 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006651 diacylglycerol biosynthetic process 生物过程

GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0042425 choline biosynthetic process 生物过程

GO:0046337 phosphatidylethanolamine metabolic process 生物过程

GO:0048528 post-embryonic root development 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48600

ath:AT1G73600

ath:AT3G18000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.727

排名 1 · LXL04_015043 · OH-1004

细胞核0.396

排名 2 · LXL04_015043 · OH-1004

线粒体0.070

排名 3 · LXL04_015043 · OH-1004

过氧化物酶体0.053

排名 4 · LXL04_015043 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 5 · LXL04_015043 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01209.25Ubie_methyltran32-157 aa

PF13489.13Methyltransf_2343-164 aa

PF13847.13Methyltransf_3154-178 aa

PF01728.26FtsJ54-126 aa

PF05891.19Methyltransf_PK56-192 aa

PF13649.13Methyltransf_2558-153 aa

PF08241.19Methyltransf_1159-157 aa

PF08242.19Methyltransf_1259-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015043	`PF01209.25`	Ubie_methyltran	32	157	6.3e-20	72.2
LXL04_015043	`PF13489.13`	Methyltransf_23	43	164	1.2e-29	103.9
LXL04_015043	`PF13847.13`	Methyltransf_31	54	178	1.2e-36	126.4
LXL04_015043	`PF01728.26`	FtsJ	54	126	2.2e-08	35.0
LXL04_015043	`PF05891.19`	Methyltransf_PK	56	192	4.6e-12	46.7
LXL04_015043	`PF13649.13`	Methyltransf_25	58	153	9.4e-37	126.3
LXL04_015043	`PF08241.19`	Methyltransf_11	59	157	1e-36	126.1
LXL04_015043	`PF08242.19`	Methyltransf_12	59	155	8.9e-25	88.0
LXL04_015043	`PF05175.21`	MTS	262	355	5.4e-09	36.6
LXL04_015043	`PF01135.26`	PCMT	274	384	3e-09	37.7
LXL04_015043	`PF02353.27`	CMAS	275	461	5.6e-15	56.1
LXL04_015043	`PF01209.25`	Ubie_methyltran	279	390	6.3e-20	72.2
LXL04_015043	`PF13489.13`	Methyltransf_23	280	424	1.2e-29	103.9
LXL04_015043	`PF07021.19`	MetW	281	363	1.5e-06	28.7
LXL04_015043	`PF13847.13`	Methyltransf_31	282	391	1.2e-36	126.4
LXL04_015043	`PF13649.13`	Methyltransf_25	287	380	9.4e-37	126.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FR44`	拟南芥	Phosphoethanolamine N-methyltransferase 1	82.438%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6B9`	拟南芥	Phosphoethanolamine N-methyltransferase 3	81.443%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q944H0`	拟南芥	Phosphoethanolamine N-methyltransferase 2	82.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情