LXL04_014409 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014409

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 48581453-48582415 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · LXL04_014409|LXL04_014409|OH1004|cDNA

ATGACCCAACTGAAGCCAATTCACTCTCACGTCGATAACATCTCGTCGACCGCCGGAAATTTCAAACCCAACAAATCTTCTCTCTATTACATCCACTATCGTCTCCGGTACCAAACTTCCTTCCCCAATTTTACAATTTGGTCGACCATGTTTCTCTCATTGATTGTTCTGTTCTTCTTCTTATCCCCTCTTGCCACCCCCGCCCCCCTCCGTTGCCTCCGTACAACCAAGTTATCTGCAAAACCCCGCTTCCCGAACTG...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · LXL04_014409|LXL04_014409|OH1004|CDS

ATGACCCAACTGAAGCCAATTCACTCTCACGTCGATAACATCTCGTCGACCGCCGGAAATTTCAAACCCAACAAATCTTCTCTCTATTACATCCACTATCGTCTCCGGTACCAAACTTCCTTCCCCAATTTTACAATTTGGTCGACCATGTTTCTCTCATTGATTGTTCTGTTCTTCTTCTTATCCCCTCTTGCCACCCCCGCCCCCCTCCGTTGCCTCCGTACAACCAAGTTATCTGCAAAACCCCGCTTCCCGAACTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · LXL04_014409|LXL04_014409|OH1004|PROTEIN

MTQLKPIHSHVDNISSTAGNFKPNKSSLYYIHYRLRYQTSFPNFTIWSTMFLSLIVLFFFLSPLATPAPLRCLRTTKLSAKPRFPNWSYSGNDVVGLDSKVPFSEKDRTDQSASLCAATKKAGEEIAHAYNHIYGLSITGLRCFTVYGPWGRPDMAYFFFTKDILNRKQISIFEGPNHGTIARDFTYIDDIVNGCLSVIDTAKKSTGTGGKKKGEAQFRIINLGNTSPVSVYKLVNILEKLLKVKARKKMVLMPRNGDVP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014409`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014409

位置 Chr03:48581453-48582415 (+)

描述 Similar to GAE4: UDP-glucuronate 4-epimerase 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g45310`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At1g02000`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At4g00110`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献
`At3g23820`	参与带负电荷的单糖的合成，该单糖形成果胶细胞壁成分的主链。	Identification and characterization of a UDP-D-glucuronate 4-epimerase in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/j.febslet.2004.06.005
`At4g12250`	参与形成带负电荷的单糖，该单糖构成果胶细胞壁组分的骨架。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014409 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0032580 Golgi cisterna membrane 细胞组分

GO:0016854 racemase and epimerase activity 分子功能

GO:0050378 UDP-glucuronate 4-epimerase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02000

ath:AT2G45310

ath:AT4G00110

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.231

排名 1 · LXL04_014409 · OH-1004

内质网0.206

排名 2 · LXL04_014409 · OH-1004

细胞核0.153

排名 3 · LXL04_014409 · OH-1004

线粒体0.142

排名 4 · LXL04_014409 · OH-1004

质体0.095

排名 5 · LXL04_014409 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16363.12GDP_Man_Dehyd70-204 aa

PF01370.28Epimerase92-203 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014409	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	70	204	3.4e-08	34.1
LXL04_014409	`PF01370.28`	Epimerase	92	203	1.4e-16	61.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O22141`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 4	75.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LPC1`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 2	76.087%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81312`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 3	73.936%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LIS3`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 6	69.399%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STI6`	拟南芥	UDP-glucuronate 4-epimerase 5	74.468%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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