LXL04_013960 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013960

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 39138512-39143365 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1719 bp · LXL04_013960|LXL04_013960|OH1004|cDNA

ATGTCAACCTTGATGCATGATTGTTTGGATGCACCTTCACGATCAGGAAACCTGCTGACAAACAATGCTCGTAGGTGTCAGAGGTTTGTTGAGGAGGGGCTTATATGTAAAAATGGTGAAAGTTGCAAAACAATCGGGATTTTAAAGCTTCGGTATCCCGCCCACCTCGTCACCTTCGTGACCTCCagaaccctagcgccgcgaTGCTGCCTTCCTTGCGAGCTCCGACGGAAATTAGCTGCAGACCCGGCGAGCTCTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1719 bp · LXL04_013960|LXL04_013960|OH1004|CDS

ATGTCAACCTTGATGCATGATTGTTTGGATGCACCTTCACGATCAGGAAACCTGCTGACAAACAATGCTCGTAGGTGTCAGAGGTTTGTTGAGGAGGGGCTTATATGTAAAAATGGTGAAAGTTGCAAAACAATCGGGATTTTAAAGCTTCGGTATCCCGCCCACCTCGTCACCTTCGTGACCTCCAGAACCCTAGCGCCGCGATGCTGCCTTCCTTGCGAGCTCCGACGGAAATTAGCTGCAGACCCGGCGAGCTCTCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

572 aa · LXL04_013960|LXL04_013960|OH1004|PROTEIN

MSTLMHDCLDAPSRSGNLLTNNARRCQRFVEEGLICKNGESCKTIGILKLRYPAHLVTFVTSRTLAPRCCLPCELRRKLAADPASSPAATAFISLHLRRAVIARAVTGIPGRTDDSGVSTPRNPAIISGANPYSDESPAPPFLRLARPHSFPHLVVWLPRRPPQAAFLLLVSGVPIKPSSVSHGLNPHLTRIDPLAQPRSAPFLRHHHTSARVLSFPDGAIPHACSPSSMARSSNFPLHIYPPVEAVENEDPQQTLHLGR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013960`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013960

位置 Chr03:39138512-39143365 (-)

描述 Similar to ARASP: Membrane metalloprotease ARASP, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32480`	对叶绿体和植物发育至关重要的金属蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At1g05140`	对叶绿体和植物发育至关重要的金属蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At1g21170`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013960 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程

GO:0000145 exocyst 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ana:all3971

ath:AT1G05140

ath:AT1G21170

ath:AT2G32480

syn:slr1821

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.396

排名 1 · LXL04_013960 · OH-1004

细胞质0.341

排名 2 · LXL04_013960 · OH-1004

细胞膜0.132

排名 3 · LXL04_013960 · OH-1004

线粒体0.110

排名 4 · LXL04_013960 · OH-1004

质体0.093

排名 5 · LXL04_013960 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80885`	拟南芥	Membrane metalloprotease ARASP, chloroplastic	65.217%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O23053`	拟南芥	Probable membrane metalloprotease ARASP2, chloroplastic	49.102%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4HWE6`	拟南芥	Exocyst complex component SEC5B	61.111%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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