LXL04_013794 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013794

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36078494-36081272 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1692 bp · LXL04_013794|LXL04_013794|OH1004|cDNA

ATGGAGAAGCGGATAGCTGCTGCTACTGCTTCTTATCGCCTACTCACCCAAAAGAAGTACGCCTCTAAAAAAATTCTTCATCATCGGCGATTGATCCCTAATTTCAATGAAGTTCACCGATCATGTTCAAATTCAGGAGGTTTCATGCCTCATTGTGGCTCTGCGCCTATCCAGAAATTCCCTCGACGTGATCGTCAGAAATCTTCCCTAATTAACATACAGAATATACCTGGAATCCAGCACAGAACTTTCGGTTCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1692 bp · LXL04_013794|LXL04_013794|OH1004|CDS

ATGGAGAAGCGGATAGCTGCTGCTACTGCTTCTTATCGCCTACTCACCCAAAAGAAGTACGCCTCTAAAAAAATTCTTCATCATCGGCGATTGATCCCTAATTTCAATGAAGTTCACCGATCATGTTCAAATTCAGGAGGTTTCATGCCTCATTGTGGCTCTGCGCCTATCCAGAAATTCCCTCGACGTGATCGTCAGAAATCTTCCCTAATTAACATACAGAATATACCTGGAATCCAGCACAGAACTTTCGGTTCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

563 aa · LXL04_013794|LXL04_013794|OH1004|PROTEIN

MEKRIAAATASYRLLTQKKYASKKILHHRRLIPNFNEVHRSCSNSGGFMPHCGSAPIQKFPRRDRQKSSLINIQNIPGIQHRTFGSAIIQRNPLFSTLNHDDIIYFEKTLGVKNVIQDDEELETANTDWMHKFKGSSKLMLLPENTDQLSQILKHCNSRHLAVVPQGGNTGLVGGSVPVFDEVIINTRRMNNIISFDEVSGVLVCEAGCILENLITFLDQKGFIMPLDLGAKGSCQIGGNVSTNAGGLRLVRYGSLHGTV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013794`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013794

位置 Chr03:36078494-36081272 (-)

描述 Similar to D2HGDH: D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g36400`	可能催化 (R)-2-羟基戊二酸氧化为 2-氧代戊二酸。	Two D-2-hydroxy-acid dehydrogenases in Arabidopsis thaliana with catalytic capacities to participate in the last reactions of the methylglyoxal and beta-oxidation pathways.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.021253

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0187200`	催化 D-2-羟基戊二酸氧化为 α-酮戊二酸。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8B7X6`	催化 D-2-羟基戊二酸氧化为 α-酮戊二酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013794 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006089 lactate metabolic process 生物过程

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0006108 malate metabolic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0010042 response to manganese ion 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0010230 alternative respiration 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

GO:0032025 response to cobalt ion 生物过程

GO:1901275 tartrate metabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G36400

dre:565889

hsa:728294

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.878

排名 1 · LXL04_013794 · OH-1004

细胞质0.065

排名 2 · LXL04_013794 · OH-1004

质体0.060

排名 3 · LXL04_013794 · OH-1004

细胞核0.039

排名 4 · LXL04_013794 · OH-1004

过氧化物酶体0.019

排名 5 · LXL04_013794 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565.29FAD_binding_4139-274 aa

PF02913.25FAD-oxidase_C315-555 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013794	`PF01565.29`	FAD_binding_4	139	274	1.2e-34	119.7
LXL04_013794	`PF02913.25`	FAD-oxidase_C	315	555	8.6e-59	199.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23240`	拟南芥	D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial	70.524%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XI14`	水稻	Probable D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial	68.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8B7X6`	水稻	Probable D-2-hydroxyglutarate dehydrogenase, mitochondrial	67.800%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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