LXL04_011561 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011561

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 167312124-167319466 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2709 bp · LXL04_011561|LXL04_011561|OH1004|cDNA

ATGAATCCCTTCTCGTCTGGGACGCGTCTAAGGGACATGATTCGGGCAATACGTGCCTGTAAAACTGCAGCAGAAGAACGTGCTGTTGTTAGAAAGGAGTGTGCTTCTATTCGTGCAGCAGTTAGTGACAATGACAATGATTACAGACACCGTAATTTGGCAAAGCTCATGTTCATTCACATGTTAGGGTACCCCACACATTTTGGTCAAATGGAATGCCTCAAGTTAATTGCAGCTCCTGGATTTCCAGAAAAGAGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2709 bp · LXL04_011561|LXL04_011561|OH1004|CDS

ATGAATCCCTTCTCGTCTGGGACGCGTCTAAGGGACATGATTCGGGCAATACGTGCCTGTAAAACTGCAGCAGAAGAACGTGCTGTTGTTAGAAAGGAGTGTGCTTCTATTCGTGCAGCAGTTAGTGACAATGACAATGATTACAGACACCGTAATTTGGCAAAGCTCATGTTCATTCACATGTTAGGGTACCCCACACATTTTGGTCAAATGGAATGCCTCAAGTTAATTGCAGCTCCTGGATTTCCAGAAAAGAGGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

902 aa · LXL04_011561|LXL04_011561|OH1004|PROTEIN

MNPFSSGTRLRDMIRAIRACKTAAEERAVVRKECASIRAAVSDNDNDYRHRNLAKLMFIHMLGYPTHFGQMECLKLIAAPGFPEKRIGYLGLMLLLDERQEVLMLVTNSLKQDLNHSNQYIVGLALCALGNISSAEMARDLAPEVERLLQFRDPNVRKKAALCSIRIIKKVPDLAENFVNPVASLLKEKHHGVLLTAIQLCADLCIVSEEALEYFRKKSTEGIVKVLKDAVNSPYAPEYDISGISDPFLQIRLLRMLRIL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011561`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011561

位置 Chr02:167312124-167319466 (+)

描述 Similar to At1g60070: AP-1 complex subunit gamma-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60070`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体 (TGN/EE) 的蛋白质分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g23900`	网格蛋白相关衔接蛋白复合物 1 的亚基，在反式高尔基体网络和早期内体 (TGN/EE) 的蛋白质分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011561 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006896 Golgi to vacuole transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0032438 melanosome organization 生物过程

GO:0035646 endosome to melanosome transport 生物过程

GO:0060155 platelet dense granule organization 生物过程

GO:0090160 Golgi to lysosome transport 生物过程

GO:0110010 basolateral protein secretion 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G23900

ath:AT1G60070

hsa:164

mmu:11765

pon:100173736

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · LXL04_011561 · OH-1004

高尔基体0.420

排名 2 · LXL04_011561 · OH-1004

细胞核0.137

排名 3 · LXL04_011561 · OH-1004

溶酶体／液泡0.134

排名 4 · LXL04_011561 · OH-1004

细胞膜0.131

排名 5 · LXL04_011561 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602.27Adaptin_N26-578 aa

PF12717.14Cnd1123-212 aa

PF22928.3INTS1_R4135-207 aa

PF02883.27Alpha_adaptinC2785-899 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011561	`PF01602.27`	Adaptin_N	26	578	2.1e-150	502.5
LXL04_011561	`PF12717.14`	Cnd1	123	212	2.4e-09	38.2
LXL04_011561	`PF22928.3`	INTS1_R4	135	207	6.5e-10	39.6
LXL04_011561	`PF02883.27`	Alpha_adaptinC2	785	899	2.6e-31	108.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZUI6`	拟南芥	AP-1 complex subunit gamma-2	70.875%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q84K16`	拟南芥	AP-1 complex subunit gamma-1	70.686%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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