LXL04_010146 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010146

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 141042079-141047888 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2535 bp · LXL04_010146|LXL04_010146|OH1004|cDNA

ATGGTTTCGTGTTATGAAATTCGCATACCACAGCCAGAGGCTCTGCCTCTTGGATCCCGGAAGGTGTTGCCACCTCTTGACCCACTGTCAGGGGCATTGCTTCCGAACATCCGTTTTTTCAGGGACTTCTCCCCTAAATGCCAGTTTACGTTTAATCAAAATAAACTAAAACAAATGTGCACTCCGCAATTCATTTTACGTCTACCGCTCCTCATTTGTCAAAGAAAGAAATTAATGTTAGCAATTATTACTTCACTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2535 bp · LXL04_010146|LXL04_010146|OH1004|CDS

ATGGTTTCGTGTTATGAAATTCGCATACCACAGCCAGAGGCTCTGCCTCTTGGATCCCGGAAGGTGTTGCCACCTCTTGACCCACTGTCAGGGGCATTGCTTCCGAACATCCGTTTTTTCAGGGACTTCTCCCCTAAATGCCAGTTTACGTTTAATCAAAATAAACTAAAACAAATGTGCACTCCGCAATTCATTTTACGTCTACCGCTCCTCATTTGTCAAAGAAAGAAATTAATGTTAGCAATTATTACTTCACTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

844 aa · LXL04_010146|LXL04_010146|OH1004|PROTEIN

MVSCYEIRIPQPEALPLGSRKVLPPLDPLSGALLPNIRFFRDFSPKCQFTFNQNKLKQMCTPQFILRLPLLICQRKKLMLAIITSLYETYLINMETDEEEVSRIVPFQLQFDKPVASQIKIAEWNPEKDLLAMVTEDSKILLHRFNWQRLWTISPGRCITSLCWRPDGKAIAIGLQDGTISLHDVENGKLLRSMKSHTVAVVCLNWEDDGGGEISDDKFYTSKYEDRTSRFFPPPPRVPRAPGLVPGESGFMDESENLSQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010146`
TK1151 ID	TkA03G502750
OH-1004 ID	LXL04_010146
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	92.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010146

位置 Chr02:141042079-141047888 (+)

描述 Similar to APC4: Anaphase-promoting complex subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g21530`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010146 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070979 protein K11-linked ubiquitination 生物过程

GO:0141198 protein branched polyubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G21530

ddi:DDB_G0285223

hsa:29945

mmu:52206

pon:100172595

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.525

排名 1 · LXL04_010146 · OH-1004

细胞核0.353

排名 2 · LXL04_010146 · OH-1004

高尔基体0.114

排名 3 · LXL04_010146 · OH-1004

内质网0.098

排名 4 · LXL04_010146 · OH-1004

溶酶体／液泡0.069

排名 5 · LXL04_010146 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st113-205 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st115-210 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2115-210 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st116-232 aa

PF23389.2Beta-prop_WDR19_1st116-210 aa

PF24797.2Beta-prop_WDR35_TULP_N117-208 aa

PF24814.2WD40_Prp19117-206 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3118-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010146	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	113	205	5.8e-06	26.6
LXL04_010146	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	115	210	6.6e-09	36.1
LXL04_010146	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	115	210	1.9e-07	31.5
LXL04_010146	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	116	232	1.1e-12	48.7
LXL04_010146	`PF23389.2`	Beta-prop_WDR19_1st	116	210	9.3e-08	32.2
LXL04_010146	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	117	208	7e-07	29.4
LXL04_010146	`PF24814.2`	WD40_Prp19	117	206	1.1e-06	28.7
LXL04_010146	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	118	210	7.8e-09	35.7
LXL04_010146	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	118	209	3.5e-08	33.8
LXL04_010146	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	121	209	3.1e-11	43.8
LXL04_010146	`PF12894.14`	ANAPC4_WD40	123	208	1.2e-29	103.1
LXL04_010146	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	158	210	7.6e-08	33.0
LXL04_010146	`PF12896.13`	ANAPC4	351	553	7.5e-59	199.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65418`	拟南芥	Anaphase-promoting complex subunit 4	64.714%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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