LXL04_009434 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009434

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 126547308-126550912 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1905 bp · LXL04_009434|LXL04_009434|OH1004|cDNA

ATGGGGAAGAAGACGAAGAAGCCGGGAAAGGGAAAGGAGAAAACGGAGAGAAAAACGGCCAAAGCCGATGAGAAAAAAGCTCGTAGAGAGTCTAAGAAAATCTCCCCGGAAGACGACATTGATGCCATTCTGCTAAGCATACAGAAGGAAGAAGCTAAGAAAAAAGAAGTTCATGTCGAAGAAAACGCTCCTCGACCATCTCCCCGGTCAAATTGCTCGCTAAGCATCAATCCATTGAAAGAGACCGAAATGATACTATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1905 bp · LXL04_009434|LXL04_009434|OH1004|CDS

ATGGGGAAGAAGACGAAGAAGCCGGGAAAGGGAAAGGAGAAAACGGAGAGAAAAACGGCCAAAGCCGATGAGAAAAAAGCTCGTAGAGAGTCTAAGAAAATCTCCCCGGAAGACGACATTGATGCCATTCTGCTAAGCATACAGAAGGAAGAAGCTAAGAAAAAAGAAGTTCATGTCGAAGAAAACGCTCCTCGACCATCTCCCCGGTCAAATTGCTCGCTAAGCATCAATCCATTGAAAGAGACCGAAATGATACTATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

634 aa · LXL04_009434|LXL04_009434|OH1004|PROTEIN

MGKKTKKPGKGKEKTERKTAKADEKKARRESKKISPEDDIDAILLSIQKEEAKKKEVHVEENAPRPSPRSNCSLSINPLKETEMILYGGEFYNGTKTFVYGDLYRYDVDKGDWKLISSPNSPPPRSAHQAVAWKNYLYVYGGEFTSPNQERFHHYKDFWMLDLKTNQWEQLNYKGCPSPRSGHRMILYKHKLVVFGGFYDTLREVRYFNDLHVFDLDTFKWQEIKPTPGCLWPSARSGFQLFVYQDDIYMYGGYSKEVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009434`
TK1151 ID	TkA03G439850
OH-1004 ID	LXL04_009434
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_009434`
位置	Chr02:126547308-126550912 (+)
描述	Similar to Klhdc4: Kelch domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009434` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程 GO:0061245 establishment or maintenance of bipolar cell polarity 生物过程 GO:1990896 protein localization to cell cortex of cell tip 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005881 cytoplasmic microtubule 细胞组分 GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0035838 growing cell tip 细胞组分 GO:0035839 non-growing cell tip 细胞组分 GO:0035840 old growing cell tip 细胞组分 GO:0051285 cell cortex of cell tip 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:54758 pon:100172995 sce:YPL263C spo:2539047 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.647

排名 1 · LXL04_009434 · OH-1004

细胞质0.364

排名 2 · LXL04_009434 · OH-1004

细胞膜0.049

排名 3 · LXL04_009434 · OH-1004

线粒体0.030

排名 4 · LXL04_009434 · OH-1004

高尔基体0.024

排名 5 · LXL04_009434 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24681.2Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC741-253 aa

PF13854.13Kelch_HCF50-199 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX4257-147 aa

PF13415.13Beta-prop_FBX4281-257 aa

PF24981.2Beta-prop_ATRN-LZTR184-174 aa

PF13964.13Beta-prop_Calicin101-222 aa

PF24996.1NANM103-224 aa

PF25210.2Kelch_FKB95113-266 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009434	`PF24681.2`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	41	253	2.4e-62	210.8
LXL04_009434	`PF13854.13`	Kelch_HCF	50	199	8.2e-24	85.2
LXL04_009434	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	57	147	4.3e-62	210.1
LXL04_009434	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	81	257	4.3e-62	210.1
LXL04_009434	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	84	174	4.3e-47	161.5
LXL04_009434	`PF13964.13`	Beta-prop_Calicin	101	222	1.2e-06	28.5
LXL04_009434	`PF24996.1`	NANM	103	224	5.5e-15	55.8
LXL04_009434	`PF25210.2`	Kelch_FKB95	113	266	1.3e-09	38.8
LXL04_009434	`PF13418.13`	Beta-prop_TYW4	122	316	3.6e-08	34.3
LXL04_009434	`PF01344.32`	Kelch_1	124	171	7.1e-24	83.7
LXL04_009434	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	155	226	4.3e-47	161.5
LXL04_009434	`PF01344.32`	Kelch_1	179	226	7.1e-24	83.7
LXL04_009434	`PF07646.22`	Kelch_2	179	227	9.8e-24	82.8
LXL04_009434	`PF24981.2`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	209	289	4.3e-47	161.5
LXL04_009434	`PF07646.22`	Kelch_2	243	289	9.8e-24	82.8
LXL04_009434	`PF13415.13`	Beta-prop_FBX42	266	349	4.3e-62	210.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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