TkA03G439850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA03G439850

当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 109400041-109404039 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2299 bp · TkA03G439850|TK1151|cDNA

GTAAAAAATGCTCATCTTATACAACGTATATACTCAACAAAACCCTCGCAGGCTCGCACATTAGTTGAACACTCTGTTCTGGTTTGTAGTGCCGTCGAGACCAGTAGTAGCAACTGAACTGTTTTCCGGCGGCAGCAGCAGCGGAGGATAGAAAGCCAAAGAAGAGAAGAGAGAATCGAGAATCGAGAAGAATGGGGAAGAAGACGAAGAAGCCGGGAAAGGGAAAGGAGAAAACGGAGAGAAAAACGGCCAAAGCCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1911 bp · TkA03G439850|TK1151|CDS

ATGGGGAAGAAGACGAAGAAGCCGGGAAAGGGAAAGGAGAAAACGGAGAGAAAAACGGCCAAAGCCGATGAGAAAAAAGCTCGTAGAGAGTCTAAGAAAATCTCCCCGGAAGACGACATTGATGCCATTCTGCTAAGCATACAGAAGGAAGAAGCTAAGAAAAAAGAAGTTCATGTCGAAGAAAACGCTCCTCGACCATCTCCCCGGTCAAATTGCTCGCTAAGCATCAATCCATTGAAAGAGACCGAAATGATACTATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

636 aa · TkA03G439850|TK1151|PROTEIN

MGKKTKKPGKGKEKTERKTAKADEKKARRESKKISPEDDIDAILLSIQKEEAKKKEVHVEENAPRPSPRSNCSLSINPLKETEMILYGGEFYNGTKTFVYGDLYRYDVDKGDWKLISSPNSPPPRSAHQAVAWKNYLYVYGGEFTSPNQERFHHYKDFWMLDLKTNQWEQLNYKGCPSPRSGHRMILYKHKLVVFGGFYDTLREVRYFNDLHVFDLDTFKWQEIKPTPGCLWPSARSGFQLFVYQDDIYMYGGYSKEVSS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA03G439850`
TK1151 ID	TkA03G439850
OH-1004 ID	LXL04_009434
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA03G439850`
位置	Chr03:109400041-109404039 (+)
描述	Similar to Klhdc4: Kelch domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_009434` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007165 signal transduction 生物过程 GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程 GO:0061245 establishment or maintenance of bipolar cell polarity 生物过程 GO:1990896 protein localization to cell cortex of cell tip 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005881 cytoplasmic microtubule 细胞组分 GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分 GO:0032153 cell division site 细胞组分 GO:0035838 growing cell tip 细胞组分 GO:0035839 non-growing cell tip 细胞组分 GO:0035840 old growing cell tip 细胞组分 GO:0051285 cell cortex of cell tip 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:54758 pon:100172995 sce:YPL263C spo:2539047 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.633

排名 1 · TkA03G439850 · TK1151

细胞质0.377

排名 2 · TkA03G439850 · TK1151

细胞膜0.051

排名 3 · TkA03G439850 · TK1151

线粒体0.031

排名 4 · TkA03G439850 · TK1151

高尔基体0.024

排名 5 · TkA03G439850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02724CDC4513-40 aa

PF13422DUF411017-61 aa

PF27037DUF834121-55 aa

PF24681Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC741-253 aa

PF13854Kelch_HCF50-199 aa

PF13415Beta-prop_FBX4257-147 aa

PF24981Beta-prop_ATRN-LZTR157-120 aa

PF25852DUF6242_C79-148 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA03G439850	`PF02724`	CDC45	13	40	0.0053	15.8
TkA03G439850	`PF13422`	DUF4110	17	61	1.6e-27	96.1
TkA03G439850	`PF27037`	DUF8341	21	55	0.017	15.8
TkA03G439850	`PF24681`	Kelch_KLHDC2_KLHL20_DRC7	41	253	2.5e-62	210.8
TkA03G439850	`PF13854`	Kelch_HCF	50	199	8.2e-24	85.2
TkA03G439850	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	57	147	4.5e-62	210.0
TkA03G439850	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	57	120	4.5e-47	161.4
TkA03G439850	`PF25852`	DUF6242_C	79	148	0.0084	16.4
TkA03G439850	`PF13415`	Beta-prop_FBX42	81	257	4.5e-62	210.0
TkA03G439850	`PF24981`	Beta-prop_ATRN-LZTR1	84	174	4.5e-47	161.4
TkA03G439850	`PF07646`	Kelch_2	94	118	8.3e-24	83.0
TkA03G439850	`PF13418`	Beta-prop_TYW4	99	148	3.2e-08	34.5
TkA03G439850	`PF13964`	Beta-prop_Calicin	101	222	1.2e-06	28.5
TkA03G439850	`PF01344`	Kelch_1	102	119	7.4e-24	83.6
TkA03G439850	`PF24996`	NANM	103	224	5.6e-15	55.8
TkA03G439850	`PF25210`	Kelch_FKB95	113	266	4.9e-09	36.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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