LXL04_009416 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009416

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 125589177-125590653 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1302 bp · LXL04_009416|LXL04_009416|OH1004|cDNA

ATGAATAGAAACGAACCGGCCATCGGCATTGACCTCGGAACAACCTACACATGCGTCGCCGTTTGGAAGTATGATCGCATCGAAATCATTCCCAATAATCAAGGCAATAGAACGACACCGTCTTGTGTTGTTTTCGTTGATGCAGCACGTCTCATTGGGGATGGCGCCAAGAACCAAGCCGCCATCAACCCTACTAACACCATATTTGATGCTAAGAGGTTGATTGGAAGGAAGTTTAGTGATTCCAAAGTGCAAGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1302 bp · LXL04_009416|LXL04_009416|OH1004|CDS

ATGAATAGAAACGAACCGGCCATCGGCATTGACCTCGGAACAACCTACACATGCGTCGCCGTTTGGAAGTATGATCGCATCGAAATCATTCCCAATAATCAAGGCAATAGAACGACACCGTCTTGTGTTGTTTTCGTTGATGCAGCACGTCTCATTGGGGATGGCGCCAAGAACCAAGCCGCCATCAACCCTACTAACACCATATTTGATGCTAAGAGGTTGATTGGAAGGAAGTTTAGTGATTCCAAAGTGCAAGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

433 aa · LXL04_009416|LXL04_009416|OH1004|PROTEIN

MNRNEPAIGIDLGTTYTCVAVWKYDRIEIIPNNQGNRTTPSCVVFVDAARLIGDGAKNQAAINPTNTIFDAKRLIGRKFSDSKVQDDMKLWPFKVIEGPADTPKIAVSYQGEEKEFLAEEISFMILGKMKEISEAYMGKPVKNAVITVPAYFTDSQCQATKDAGTIAGPKVRSMLQNLFNGKELYKSLNPDEAVAILAEKLSGDHENDKRCRDLVLLDVTPLSLGVQSKGEVLTVVVPRNTPIPTKKFKRCYTFKSSINI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009416`
TK1151 ID	TkA03G435440
OH-1004 ID	LXL04_009416
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	73.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009416

位置 Chr02:125589177-125590653 (-)

描述 Similar to HSC-I: Heat shock cognate 70 kDa protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02500`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Physiological and molecular assessment of altered expression of Hsc70-1 in Arabidopsis. Evidence for pleiotropic consequences.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.019398 Interaction between SGT1 and cytosolic/nuclear HSC70 chaperones regulates Arabidopsis immune responses.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.051896 WPP-domain proteins mimic the activity of the HSC70-1 chaperone in preventing mistargeting of RanGAP1-anchoring protein WIT1.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.143404 The cytosolic/nuclear HSC70 and HSP90 molecular chaperones are important for stomatal closure and modulate abscisic acid-dependent physiological responses in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.174425
`At1g56410`	热休克70 kDa蛋白18。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009416 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0090332 stomatal closure 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.587

排名 1 · LXL04_009416 · OH-1004

细胞核0.258

排名 2 · LXL04_009416 · OH-1004

线粒体0.125

排名 3 · LXL04_009416 · OH-1004

细胞膜0.083

排名 4 · LXL04_009416 · OH-1004

细胞外0.071

排名 5 · LXL04_009416 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00012.27HSP707-168 aa

PF00012.27HSP70169-406 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009416	`PF00012.27`	HSP70	7	168	1.8e-117	393.8
LXL04_009416	`PF00012.27`	HSP70	169	406	1.8e-117	393.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P22953`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 1	71.765%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C7X7`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein 18	70.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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