LXL04_009395 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009395

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 125326700-125332290 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4038 bp · LXL04_009395|LXL04_009395|OH1004|cDNA

ATGGACATTTCCTTGTCGCGTTATCAGAACACATCAGTCTTCGAAAATAGCTCTTGCTCGTTAACGGATTTAAAATTAGCTCATGAAAGACACTGGCTTTCTGCGTCGTCCCCTTTTAAAAGAGTACGAAAACCCCATGTGTCTGCGATTAATTACCGATTTGTAGAACAGGGATTACATCCAAAACCCAAGCCGAAGCCACTTAATACTGGTCATGATGTAGTAAAGAAAGAAACTGATGTCCACGACTCGCGTCAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4038 bp · LXL04_009395|LXL04_009395|OH1004|CDS

ATGGACATTTCCTTGTCGCGTTATCAGAACACATCAGTCTTCGAAAATAGCTCTTGCTCGTTAACGGATTTAAAATTAGCTCATGAAAGACACTGGCTTTCTGCGTCGTCCCCTTTTAAAAGAGTACGAAAACCCCATGTGTCTGCGATTAATTACCGATTTGTAGAACAGGGATTACATCCAAAACCCAAGCCGAAGCCACTTAATACTGGTCATGATGTAGTAAAGAAAGAAACTGATGTCCACGACTCGCGTCAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1345 aa · LXL04_009395|LXL04_009395|OH1004|PROTEIN

MDISLSRYQNTSVFENSSCSLTDLKLAHERHWLSASSPFKRVRKPHVSAINYRFVEQGLHPKPKPKPLNTGHDVVKKETDVHDSRQINGSSSGLCGQIEKLVLCKRYRDALEMFEILEIECEYDVHVGKSTYDALVVACISLKSIRGVKRVFNYMINTGFEPDLYLKNRILLMHVKCGMMIDARTLFDEMPEKNLVSWNTIIAGLVDSRDYLEAFRLFLTMWEEQSDATSRTFATMMRASAGLEIISPGQQLHACSLKMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009395`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009395

位置 Chr02:125326700-125332290 (+)

描述 Similar to PAP27: Probable inactive purple acid phosphatase 27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50400`	可能失活的紫色酸性磷酸酶27。	暂无已核实直接文献
`At4g24890`	可能失活的紫色酸性磷酸酶24。	暂无已核实直接文献
`At1g13750`	可能失活的紫酸性磷酸酶1。	暂无已核实直接文献
`At5g50390`	含五十二肽重复结构的蛋白质At5g50390，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009395 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003993 acid phosphatase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0016787 hydrolase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13750

ath:AT4G24890

ath:AT5G50390

ath:AT5G50400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.740

排名 1 · LXL04_009395 · OH-1004

溶酶体／液泡0.075

排名 2 · LXL04_009395 · OH-1004

细胞膜0.053

排名 3 · LXL04_009395 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_009395 · OH-1004

细胞质0.043

排名 5 · LXL04_009395 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2194-239 aa

PF13041.13PPR_2295-341 aa

PF01535.27PPR299-327 aa

PF13041.13PPR_2395-442 aa

PF13812.13PPR_3396-442 aa

PF01535.27PPR398-426 aa

PF17177.11PPR_long415-562 aa

PF20431.5E_motif513-575 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009395	`PF13041.13`	PPR_2	194	239	6.2e-51	171.0
LXL04_009395	`PF13041.13`	PPR_2	295	341	6.2e-51	171.0
LXL04_009395	`PF01535.27`	PPR	299	327	1e-46	154.7
LXL04_009395	`PF13041.13`	PPR_2	395	442	6.2e-51	171.0
LXL04_009395	`PF13812.13`	PPR_3	396	442	1.7e-21	76.7
LXL04_009395	`PF01535.27`	PPR	398	426	1e-46	154.7
LXL04_009395	`PF17177.11`	PPR_long	415	562	4.2e-10	40.1
LXL04_009395	`PF20431.5`	E_motif	513	575	2.3e-11	44.5
LXL04_009395	`PF14432.13`	DYW_deaminase	611	695	4.6e-25	88.0
LXL04_009395	`PF17808.8`	fn3_PAP	779	898	1.8e-43	148.1
LXL04_009395	`PF16656.12`	Pur_ac_phosph_N	906	1009	7.9e-13	49.5
LXL04_009395	`PF00149.34`	Metallophos	1021	1236	7.2e-12	46.9
LXL04_009395	`PF14008.12`	Metallophos_C	1261	1320	9.7e-15	55.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5MAU8`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 27	68.297%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H1R2`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 24	65.928%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LMX4`	拟南芥	Probable inactive purple acid phosphatase 1	64.055%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FK33`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g50390, chloroplastic	57.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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