LXL04_008743 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008743

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 107595102-107598930 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2805 bp · LXL04_008743|LXL04_008743|OH1004|cDNA

ATGAAAATCAGATCAATGAAACTACGGGAGGCTCACAAGAACAATGGTGGAAGCTCCTACTGTACCATCCTGTGGGACCTCACTGCGGAGCACATCGTCACCGCTTCTTCTTCCGACGCCTCCATTTCCATTCACGATGCTCTTTTAACTTCAAATACTCCACGAATTCTTCGGAATCATAGAGATGGAGTCACCACTTTGGCTCTCAGCCCTAATTCAACATGCCTAGCTTCTGGATCTAATGACCGCTCCGTCAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

2805 bp · LXL04_008743|LXL04_008743|OH1004|CDS

ATGAAAATCAGATCAATGAAACTACGGGAGGCTCACAAGAACAATGGTGGAAGCTCCTACTGTACCATCCTGTGGGACCTCACTGCGGAGCACATCGTCACCGCTTCTTCTTCCGACGCCTCCATTTCCATTCACGATGCTCTTTTAACTTCAAATACTCCACGAATTCTTCGGAATCATAGAGATGGAGTCACCACTTTGGCTCTCAGCCCTAATTCAACATGCCTAGCTTCTGGATCTAATGACCGCTCCGTCAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

934 aa · LXL04_008743|LXL04_008743|OH1004|PROTEIN

MKIRSMKLREAHKNNGGSSYCTILWDLTAEHIVTASSSDASISIHDALLTSNTPRILRNHRDGVTTLALSPNSTCLASGSNDRSVKLYKFPGKMSINFISSGGEFESNITRFTLPIRALSFNRSGTMLAAGGDDDGIKLINTIDGSVARVLKGHRGSITSISFDPKSEYLASVDSLGTVTIWELQSGTTIHTLKNISPPTPPDFTTLTALGWSPDGEILAVSGFKNDVVMYDRDTAEKLFTLRGDHTQPVCFLTFSVNGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008743`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008743

位置 Chr02:107595102-107598930 (+)

描述 Similar to wdhd1: WD repeat and HMG-box DNA-binding protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g42660`	在复制过程中与 LHP1-PRC2 复合物相互作用，参与维持靶基因上的 H3K27me3 标记，从而有助于 H3K27me3 遗传。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0033044 regulation of chromosome organization 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0140462 pericentric heterochromatin organization 生物过程

GO:1903461 Okazaki fragment processing involved in mitotic DNA replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G42660

hsa:11169

mmu:218973

spo:2543387

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.949

排名 1 · LXL04_008743 · OH-1004

细胞质0.126

排名 2 · LXL04_008743 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 3 · LXL04_008743 · OH-1004

线粒体0.012

排名 4 · LXL04_008743 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_008743 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC34-145 aa

PF25391.2WD40_Gbeta11-140 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz18-147 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st22-88 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st28-94 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st30-93 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd31-192 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR532-195 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008743	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	4	145	6.5e-38	131.0
LXL04_008743	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	11	140	3.8e-10	40.0
LXL04_008743	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	18	147	3.9e-30	105.9
LXL04_008743	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	22	88	1.5e-32	113.5
LXL04_008743	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	28	94	2.5e-41	142.5
LXL04_008743	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	30	93	4.9e-65	220.3
LXL04_008743	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	31	192	2.9e-17	63.4
LXL04_008743	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	32	195	1.1e-37	130.6
LXL04_008743	`PF24814.2`	WD40_Prp19	32	134	3.1e-33	115.8
LXL04_008743	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	34	184	1.2e-10	41.6
LXL04_008743	`PF00400.39`	WD40	55	88	8.4e-32	109.0
LXL04_008743	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	58	289	5.6e-12	46.4
LXL04_008743	`PF24796.2`	WDR55	61	195	3.8e-15	56.4
LXL04_008743	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	102	314	4.9e-65	220.3
LXL04_008743	`PF24814.2`	WD40_Prp19	103	306	3.1e-33	115.8
LXL04_008743	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	108	222	9.2e-22	78.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JF14`	拟南芥	Protein ENHANCER OF LHP1 1	55.751%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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